一、锦衣卫
锦衣卫本身是一个军事组织，皇帝的亲军，“上二十二卫”之一，下设17个千户所，分掌仪仗、宿卫等。锦衣卫无定员，便于安置闲人，后来很多宫廷画家、工匠、艺人等统统塞到锦衣卫里，造成锦衣卫异常庞杂。
真正带有特务组织性质的是锦衣卫中的“北镇抚司”。明制，卫指挥使下设经历司、镇抚司等机构，其中镇抚司掌管本卫的司法、刑狱。锦衣卫比较特殊，永乐时增加了一个“北镇抚司”，并且把原来的镇抚司改叫“南镇抚司”。北镇抚司专管诏狱（天牢），直接向皇帝禀报，并不通过其上级锦衣卫指挥使。
所以，“北镇抚司”只是名义上属于锦衣卫的“编制”，实际上全无关系。以“北镇抚司”代指整个锦衣卫是不合适的。锦衣“缇骑”奉命抓人是有的，因为“北镇抚司”直接承命于皇帝，“缇骑”当然也要听从派遣。
与“廷杖”相比，朱元璋的另一项发明更是让朝野上下闻之毛骨悚然，这便是“锦衣卫”，亦即秘密特务组织及刑狱机构。身世坎坷的朱元璋生性多疑，在贵为人主之后更是缺乏安全感，生怕臣下对自己不忠，更担心千辛万苦得来的江山与荣华富贵会化为乌有，因而他时时处处充满戒备之心，对臣下的一举一动都不放过。他不仅要求大臣们当面对他毕恭毕敬，言听计从，忠心不贰，就是出朝回府之后的言行也要在他的监视与掌握之中。为此，朱元璋煞费苦心，派出密探四处巡视，保证以最快的速度向他汇报各位大臣的动向。
二、东厂
东厂的发明者是明成祖朱棣。在发动“靖难之役”夺取了侄子的皇位后，朱棣的精神一直处在高度紧张中，一方面，建文帝未死的流言不是出现，另一方面，朝廷中的很多大臣对新政权并不十分支持。为了巩固政权，朱棣迫切需要一个强有力的专制机构，但他觉得设在宫外的锦衣卫使用起来并不是很方便，于是决定建立一个新的机构。在朱棣起兵的过程中，一些宦官和和尚出过很大力（如著名的郑和、道衍），所以在他心目中，还是觉得宦官比较可靠，而且他们身处皇宫，联系起来也比较方便。
就这样，在明成祖迁都北京之后，建立了一个由宦官掌领的侦缉机构，由于其地址位于东安门北侧（今王府井大街北部东厂胡同），因此被命名为东厂。东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势”，起初，东厂只负责侦缉、抓人，并没有审讯犯人的权利，抓住的嫌疑犯要交给锦衣卫北镇抚司审理，但到了明末，东厂也有了自己的监狱。东厂的首领称为东厂掌印太监也称厂主和厂督，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。除此以外，东厂中设千户一名，百户一名，掌班、领班、司房若干，具体负责侦缉工作的是役长和番役，役长相当于小队长，也称档头，番役就是我们俗称的番子。
东厂的侦缉范围非常广，朝廷会审大案、锦衣卫北镇抚司拷问重犯，东厂都要派人听审；朝廷的各个衙门都有东厂人员坐班，监视官员们的一举一动；一些重要衙门的文件，如兵部的各种边报、塘报，东厂都要派人查看；甚至连普通百姓的日常生活，柴米油盐的价格，也在东厂的侦察范围之内。东厂获得的情报，可以直接向皇帝报告，相比锦衣卫必须采用奏章的形式进行汇报，要方便的多。
东厂府衙的布置比较搞笑，大厅旁边的小厅，供着岳飞的雕像，厅右的影壁上，刻着胰式芏案的故事。历届东厂厂主的牌位，供奉在大厅西侧的祠堂里，堂前还有一座“百世流芳”的牌坊。
可惜东厂人员的所作所为与他们这些偶像实在相差太远，东厂番子每天在京城大街小巷里面活动，并非完全为朝廷办事，更多的是为自己谋私利。他们常常罗织罪名，诬赖良民，之后就屈打成招，趁机敲诈勒索。到了明中后期，东厂的侦缉范围甚至扩大到了全国，连远州僻壤，也出现了“鲜衣怒马作京师语者”，搞的举国上下人人自危，民不聊生。
在与锦衣卫的关系上，东厂则是后来居上。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系，在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。
三、西厂与内行厂。
西厂在明朝历史上只短期存在过，明宪宗成化年间，先是京城内出现了“妖狐夜出”的神秘案件，接着又有一个妖道李子龙用旁门左道蛊惑人心，甚至网罗了很多太监，意图不轨。虽然李子龙和他的党徒最终被锦衣卫一网打尽，但宪宗由此深感侦刺力量的不足。于是他身边机灵的小太监汪直被选中，派往宫外打探消息。汪直抓住了这个机会，到处捕风捉影，搜罗了不少所谓的“秘密消息”报告给了宪宗。宪宗认为这些消息很有价值，对汪直的表现也十分满意，要他继续做下去。
几个月后，宪宗成立了一个新的内廷机构——西厂，首领便是汪直。西厂厂址设在灵济宫前，以旧灰厂为厂署总部。西厂的军官主要从禁卫军中选拔，这些人再自行选置部下，短短几个月内，西厂人员极度扩充，其势力甚至超过了老前辈东厂。