御史赵炳麟趁机火上浇油，上疏密陈用人之大计，称曰：袁世凯当军机大臣令人担心，理由有二：
其一、袁世凯为人变化多端，“善构骨肉”，光绪皇帝“以三十余年之长君尚束手就箱，终身郁结，而世凯得以树植私党，挟制朝廷。方今主少国疑，似此包藏祸心、罔知大义者久在枢恒，他日必生意外之变。”
其二、“今日袁世凯党羽虽多，幸皆富贵利达之人，世凯一出军机，必多解散。若待其党根深固结，谋定后动，他日监国摄政王虽欲去之，亦无可如何。至是时唯有敢怒不敢言，俯首听其所为而已”。
因此，必须迅速将其罢斥，“以奠国本而杜后患。”
善愭和载泽同时秘密向载沣进言：“此时若不速作处置，则内外军政方面皆是袁之党羽；从前袁所畏惧的是慈禧太后，太后一死，在袁心目中已无人可以钳制他了，异日势力养成，削除更为不易，且恐祸在不测。”主张果断的除掉袁世凯。
袁世凯现在简直是墙倒众人推，而在这个时候，御史陈田紧接着又恨恨奏了袁世凯一本。
他揭奏袁世凯如何反对和阻挠度支部尚书、镇国公载泽清理直隶财政，说明其是害怕在直隶总督任上的乱帐被揭露。还说袁世凯擅用军机处名义发电，企图鼓动隆裕太后垂帘听政，其阴险用心是挑拨隆裕太后和摄政王的关系。
陈田，字崧山，清朝贵州贵阳人。著名学者。出身书香门第，自幼勤奋好学。清同治八年（一八六九年）与兄陈灿同科举人，且名列第一，光绪十二年（一八八六年）进士，授翰林院编修，改官御史。为人刚正不阿，不畏**，敢仗义直言，在朝堂威信极高，他的这一奏折分量极重，几乎成了“压到骆驼的最后一根稻草”。
陈田也是一位诗人，留下好些妙笔生花的诗篇。御史任上反而是参奏袁世凯使他名震天下。
载沣，这位年轻的摄政王谁也不知道他在想什么？一切都好像视而不见、听而不闻。
但袁世凯已经明显感觉到自己正在被边缘化。很多交办给军机处的事务，都绕过他，而是通过张之洞等人去办，他预感到了凶多吉少。
十二月二十五日，朝廷重组了禁卫军，直属于摄政王载沣。
此时，所有的军权都掌握在载沣的亲兄弟手中，载沣要对袁世凯动手了。
原来，摄政王载沣早就打定主意要除掉袁世凯，只是在等待着时机的成熟。
奕劻听到了风声，急忙通知了袁世凯，让他赶紧出去躲避。
袁世凯本来早有思想准备，但事到临头还是吓得惊恐万状。
他换上了便装，只身逃到了天津，住在英租界利顺德饭店，想通过直隶总督杨士骧搭船逃亡日本避祸。
杨士骧认为事情不至于那么糟，为了避嫌自己没有出面，而是让自己的儿子杨毓瑛找到袁世凯陈说厉害。劝袁世凯返回京城，不要落人口实，被人说成是畏罪潜逃。
袁世凯权衡利弊后，听了杨士骧的劝告，鼓足勇气，返回了京城。
载沣本意是要杀袁世凯的，在征求奕劻和张之洞的意见时，首先遭到奕劻的反对。
奕劻说杀袁世凯容易，但北洋军起来造反怎么办？
张之洞也不同意杀袁世凯。他说他所以不同意杀袁世凯，不是为了袁世凯而是为了国家。
言道：“主少国疑，不可轻于诛戮大臣。”
都知道张之洞和袁世凯关系很不好，他出来说话，自然令人信服。
载沣似乎也没下定杀袁世凯的决心，他不会不知道大清王朝到了他手里，国势有多艰难。如果因为杀袁世凯引起动乱，实在是得不偿失。而且，国家也未必能经得起这样的折腾。
最终，对袁世凯的处置变为“开缺回籍养病”。
此上谕于一九零九年一月二日发布：“军机大臣，外务部尚书袁世凯，夙承先朝屡加擢用，朕御极后复予懋赏。正以其才可用，俾效驰驱，不意袁世凯现患足疾，步履维艰，难胜职任。袁世凯着即开缺回籍养疴，以示体恤之至意。”
本来是罢官，但被很客气的被说成是照顾回老家养病。
而这也不完全是借口，因为上年的十月七日，袁世凯曾因为足疾请假五日。而近一段时间以来，常称足疾，让人搀扶上朝。
命保住了，在袁世凯看来，无论如何这是不幸中的大幸。
但他还是如惊弓之鸟，不敢有丝毫的大意。
为了防备清室亲贵对其下手，他既不敢在京都停留，也不敢乘京汉铁路火车回河南老家。而是换上便服先到天津，驻进了租界。
待了几天，做了严密的布置后，才只带着五姨太和七姨太前往彰德。
有书这样描写袁世凯离开天津的场景：“一九零一年一月六日，天气阴霾，朔风怒吼，滴水成冰，寒气砭骨，袁世凯在天津东站乘火车南下。
“到车站送行的只有从北京赶来的严修、杨度等三、四人，专车更没有，昔日的威风排场一变而为冷冷清清，凄凄惨惨戚戚，其心情之悲凉可想而知。
“他握住严修的手说：＇好冷啊！＇语意双关，实感于宦情之冷也。”
袁世凯被开缺以后，在朝廷还是有很大地反响的。
很多人发声，开缺袁世凯是排斥汉臣。更有人说这是对立宪运动的清算，因为袁世凯是立宪的积极推动者。
有人则则针锋相对，说这些声音是来自袁世凯的党羽。在蛊惑