世界观
冷战期间，为了在洲际导弹所书写的“对等毁灭”恐怖法则下拥有另一种能够高效消灭敌人有生力量的大规模杀伤武器，美国国防部高级计划署（darpa）联合陆军部，于1962年6月9日秘密成立了“第一生物战部队”，代号“黑色守望”（blackh），总部位于马里兰州的翠克堡。在进行dx－1118a生物战剂的制造过程中，研究人员意外发现了一些拥有特殊基因的活体实验对象会产生身体机能和形态的突变，高层认为这是一种能够制造强力士兵的途径，从而对此展开了针对性研究。
他们以“验证在核战争条件下设立自给自足型幸存者定居点”为由，在爱达荷州的cklig)的针对性研究，许多军人家庭在“爱国”大旗的感召下被骗往这个死亡集中营。1969年，有意泄露的病毒找到了完美的寄生对象，只有怀有身孕的19岁女性伊丽莎白（elizabetreene）存活下来，而整个小镇的居民则因为病毒感染而变异。在“圆满”完成任务目标后，黑色守望部队以一场核爆消灭了所有僵尸，以及在当地医院的最后一部分还未感染的居民。他们将小镇夷为平地，销毁了所有的罪恶证据，只带走了伊丽莎白和她未出生的儿子，作为日后生化研究的宝贵财富。
在观看军方在rui”行动后，就连铁石心肠的军方高层人员也对这次惨剧带来的骇人画面产生了极端恐惧。他们立刻下令停止在国内进行生物武器的开发，以免在大城市发生类似的“事故”。同时也对黑色守望部队的定位作出了改变：不再负责生物武器的开发，而变为侦察封锁和预防美国本土发生不明病毒爆发。然后利欲熏心的五角大楼又不甘心红光病毒永远被封存在地下冷冻库中，因此，在科学家rayentek后，黑色守望又找到了新的合作对象。既是病毒的研究者，也是病毒的保护者。正是因为这个原因，在后来发生的“曼哈顿浩劫”中黑色守望不惜要毁灭纽约也要控制病毒漫延的原因。
gentek基因公司的创建者，ullen因为感觉自己的合作对象，美国军方似乎一直在向自己隐藏关键信息，所以他以中止合作作为威胁，换取了所有的机密资料，以及整个实验的核心研究对象－－－几十年来一直处于冰冻状态的伊丽莎白。于是，“红光”病毒的进化稳定版本，“黑光病毒”得以出现并进行更完善的研究。然后即使在gentek内部，也只有极少数高层人物了解这一项目的真实目的。基层科学家们只知道自己所研究的是一种能够促进身体组织和器官快速愈合的新药，用于治疗那些严重影响人类生命健康的不治之症，却不知道自己的研究成果已被另一个秘密团队（d－code）小组拿走，还制造了161名没有自主意识的基因超级士兵。
在研发过程中，项目小组的首席科学家alex博士对于实验过程中造成的大量动物死亡，以及高达14种人造病毒株的事实产生了疑惑。出于公众安全和社会责任考虑，他携带了一个病毒植株作为证物，准备将gentek和军方的罪恶计划向世人公布，然而因为同事的告密，亚历克斯在宾州车站与赶来拦截的黑色守望士兵发生冲突并被逼入绝境。走投无路的亚历克斯摔碎了罐体，导致整个曼哈顿岛被感染，自己也被高浓度的黑光病毒所吞噬。不过幸运的是，黑光病毒无法通过水和空气传播，因此哈德逊河阻隔了病毒向纽约市中心的扩散。
同时，在gentek实验室，本应该已经中枪死亡的alex却慢慢苏醒过来。这时的“他”
游戏杂志egm虐杀原型2封面
已经不是人类，而是作为“黑光”第一个感染的人类的人格化的宿主，也就是原型体（ype）。因为人类的alex已死，所以此时的原型体空有alex的人格，外貌，却丧失了原来的全部记忆。蜂拥而来的黑色守望士兵让alex了解到自己是人人欲诛的重要目标，同时也发现了自己拥有常人不可能拥有的“超能力”。所以他更想知道“我是什么”而不是“我是谁”。
在利用自己的能力吸收了数名“bw”高级官员的记忆之后，原型体alex也了解到自己不是人的事实已经这一切惨剧的内幕。真相大白让alex陷入了短暂的迷失，然后他并没有将接下来的时间用来思考人生，而是着手开始了“救赎”式的行动。一个神秘线人通过公用电话向alex提供了关键情报－－－军方的重装备和火力已经迫使变异怪物无法在地表立足－但是它们转入纽约复杂的地铁和下水道系统之后，反而使人类的清剿部队陷入了游击战的泥潭之中。如果alex可以把军方最新研制的“血毒”（bloodtox）解毒剂带入地下，就能把怪物们逼出地表，从而达到歼灭目的。alex不仅成功履行了这一任务，还击杀了怪物们的首脑elizabeth吸收后，alex获知黑色守望打算发射核弹，摧毁整个纽约。在经过和超级猎手的最终决战后，alex消灭了黑色守望的野心家们，驾驶着直升机把核弹投入了大西洋，自己也因为核爆粉身碎骨，其中有一片残骸飞入曼哈顿岛，被一只乌鸦啄食。谁知病毒却吞噬了乌鸦，alex二度复活。
生化暴乱平息后，alex离开了纽约，开始环游世界，并且了解人类。在
《虐杀原型2》实际画面
《虐杀原型2》实际画面(16张)
旅途的过程中他看透了人类的丑恶，对人类彻底丧失了信心。他在二代中组建自己的进化体大军，