看到郭巩落到如此下场，朝野上下顿时一片兔死狐悲之声。可朱由校却不为所动，又连下几道谕旨，让兵部和都察院抽调人手，准备分派到各地清点卫所兵丁。
此旨一出，朝廷上便一片寂然。此后，和地方军将有牵连的官员纷纷写信，告诫军将小心从事。而兵部和都察院却磨叽了数天，才提出了一份出京调查的人员名单。
名单到了御前，朱由校却一反常态，不紧不慢的搁置了数日，才下旨给内阁，让内阁拟定出京日期。内阁会意，也是不紧不慢的拖延着，最后定了个九月出京的日子上奏……
这下大家都明白了，皇上只是想敲打一下那些军将，并没有赶尽杀绝之意。但圣心难测，这么大的阵仗，肯定是看几个脑袋的，也不能不防。于是，便纷纷写信，告诉京外的军将亲友，让他们小心行事，莫要被皇上找了典型，误了性命。
与这些冠冕文章相比的，是皇上阅兵当日，便选派精干内侍，会同内阁中书舍人，带着圣旨快马赶赴辽东，清点辽东新军，务必要打辽东练兵大使朱童蒙一个措手不及……
但侥幸的是，朱童蒙不愧是干员，不但兵练得好，将基础的队列、军纪一一训练完毕，还加练了体能，每天早晨，朱童蒙带着兵卒亲自跑操已成辽阳街头一景……
接到辽东熊廷弼、杨涟、袁应泰、骆养性等人联名的奏章后，朱由校和朝廷上下都同时松了口气，两个练兵点尚有一个是在实心练兵，总算给皇上、给新军留了点面子。
朱由校慎重考虑后，索性把直隶的三千新兵调到了辽东，和辽东新兵合在一起，以军校首批毕业生为基层骨干，组建大明新军第一师，暂交辽东经略府统帅，又授命朱童蒙，继续训练新兵。
大明新军第一师并不满员，目前只有六千兵力，还不足一个旅。在这只新的军队里，朱由校开创性的设置了一系列制度。在各级主官下，分设参谋部、政治部、后勤部，以参谋长、政治部主事、后勤部主事分掌军队的训练、作战、忠诚、后勤等事务。
新军以营为基础作战单位，营下辖四哨二什，合计作战兵力为四百二十人。主官为营长，另设参谋长、文书、后勤主事为佐官，又分派后备新兵八十人为日常勤务。并规定，每年老兵退役人数为八十人，新兵补充也是八十人。新兵入伍先做一年杂役，然后服役六年，战时另行规定。
营以下，设哨、什两级，分别设哨官和十夫长。哨辖十个十人队，哨官兼任第一什十夫，不算在内，也不参加战斗，只做战后记功。
营以上，团辖四营一哨，总兵力二千一百人；旅辖四团一营，总兵力八千九百人；师辖四旅一团，总兵力三万七千七百人，作战兵力三万一千多人。
在新的军制下，参谋部、政治部、后勤部虽然是主将佐官，但都是由兵部选派，部队主官并无任免撤免权利，而一旦起了纠葛，必将分别调开，有效的制约了主将权力。
同时，参谋部、政治部、后勤部分级设置，自成体系。其中，政治部选派的文书，更是下设到队级，以教士兵读书识字、记录军功，帮忙写信等措施，称为基层除主官外的另一兵头。
为了有效地区分官兵阶级，新军中采用了军衔制。师长定为少将军衔，师参谋长、师政治部主事、师后勤部主事与旅长同级，定为上校军衔；以此类推，十夫长定为少尉军衔，军校刚刚毕业分配的学生定为准尉军衔。但遗憾的是，新军军衔并没有考虑到优秀士兵、老兵的晋升问题。
此外，朱由校还规定，新军军饷由士兵凭身份牌支取，由隔一级的上级后勤部门在宪兵的监督下发放。而宪兵，则是由皇帝直属的一支纪律军队。
新军第一师成军后，便在辽东经略府的直接指挥下分批出击，以不间断的小规模战斗，淬炼自己的刀芒，迅速成为辽东战场上最亮眼的军队，成为了大明皇帝的一只王牌师……
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大明皇宫弘德殿内
在朱由校的寝宫内，皇后张嫣正脸色苍白的躺在床上，无力的将一只欺雪胜霜的玉臂伸出纱帐外，任凭一个白胡子御医把脉。不远处，她的丈夫、大明天子朱由校正在一旁焦急的等待。
“李太医，皇后这是怎么啦？”见御医起身，朱由校便急切的问道。他刚刚听到皇后突然呕吐的消息，便火急火燎的赶了过来，尚不清楚缘由。
“恭喜皇上，大喜啊。”李太医猛一回头，却发现皇上正站在身后，连忙跪倒叩头，口中却贺喜道。
“大喜？”朱由校脑子里灵光一闪，却不敢肯定，他试探着问道：“你是说皇后有喜了？”声音细微，还带着几丝不确定。
“正是，”李太医就跪在皇上脚底下，听了个清清楚楚，连忙恭贺道：“皇上大喜啊，皇后有喜了……”
“噢~~”朱由校怪叫一声，一把推开老御医便冲到床前，在众人目瞪口呆中，兴奋的大声问道：“你怀孕了？……”
“皇上，”张嫣羞得满脸通红，娇嗔的朱由校一眼，便把头埋到了被子里，再也不肯回头。
朱由校这才醒悟过来，忙回过头，对着正在偷笑的内侍宫人们大声喊道：“出去，都给朕出去。去告诉曹化淳，今天当值的统统有赏……”
宫人内侍们带了御医，一路偷笑着退了出去。刚一出门，便又听见皇帝在皇后面前的讨好声……
张嫣和皇帝耍了