独立后，以巫统居支配地位的同盟政府，肩负着全面建设自己国家的重要任务，但它一开始就面临着许多重大的困难，其中包括如何深入巩固自己（主要指巫统）初步取得的这一政治上的支配地位，如何改善以农村人口居多数的马来人的整体落后状态，如何面对华人等少数族群对于联盟政府的文化教育政策的严重不满，以及如何应对反对党愈来愈具威胁性的政治挑战等。不仅如此，在将马来亚进一步扩大到马来西亚（即将新加坡、砂拉越和北婆罗洲都包括在一个国家政治实体之中）的过程中，还要面对来自印度尼西亚的“对抗”和菲律宾对北婆罗洲的领土要求，以及新加坡的进入和退出所带来的一系列问题等。实践证明，联盟政府在上述许多重大问题上，都显示出了自己较强的执政能力，尤其是很好地应对了国际上的挑战。值得注意的是，在与印度尼西亚和菲律宾的关系处于紧张的关键时刻，马来亚／马来西亚的族群关系也经受住了严峻的考验。可是，长期积累下来的国内问题尤其是族群问题却使这一执政能力经受了严重考验，结果是问题不仅没能得到解决或缓和，相反却被一再激化，以致最后走入一度严重失控的状态。
一、政治背景：反对党与反对政治独立后，以dunku abdul raan为首的联盟党（联盟在1959年联合邦大选前一年正式以一个统一政党的名义注册）连续取得了几次大选的胜利，以此进一步巩固了自己的执政地位。
如，独立后首次举行的马来亚联合邦议会大选（1959年）中，在总共104个国会议席中，联盟赢得了74席（巫统52席，马华公会19席，印度人国大党3席）；1964年首次举行的马来西亚联合邦议会大选中，同样是在104个国会议席中，再次赢得89席（巫统59席，马华公会27席，印度人国大党3席），多出15个席位，巫统和马华公会都有斩获，这次大选的胜利与印度尼西亚对马来西亚建国采取的“对抗”行动有关，它无疑有助于提升马来西亚人对联盟党的信心。无论如何，独立后两次大选的获胜，说明各族群的广大选民对联盟党这个多元族群的政治运作方式的认可、支持与期待，而联盟本身也因此获得了极大的巩固。正是在此背景下，1963年9月16日马来西亚宣告成立，其国土在原马来亚的基础上，又包括了新加坡、砂拉越和北婆罗洲（改名为“沙巴”）。然而，在谈判建国过程中，却受到了来自印度尼西亚和菲律宾的干扰，当然，这最终都未能阻止马来西亚建国计划的成功实施。只是，新加坡的一度加入和退出（1965年8月9日正式退出马来西亚联合邦），对马来西亚政治发展进程一直到1969年的影响，却不可以轻易地一笔带过。
联盟党在1964年大选中获得骄人的政治优势，在下一届即1969年大选来临前却愈来愈多地受到了来自马来人和华人两个阵营的反对党的威胁。在此期间反对党的发展势头迅猛，也就成了马来西亚议会民主制政体中一个令人关注的现象。的确，自独立前以巫统为首的党派联盟以及联盟政府的建立始，被排除在联盟之外的其他政党就都被视为政治上的反对党。反对党及反对政治的存在，是马来西亚议会民主制的重要特征之一，也是马来西亚乐于示人的政治杰作之一。然而，许多政治和社会问题也由此而来，且不说反对派政治人物受到不公正对待甚至迫害事件层出不穷，单单是他们所带来的各种“麻烦”就令执政党穷于应对而吃尽苦头。
迄今为止，在以马来人为主组成的反对党中，经常对巫统构成某种威胁的是“泛马来西亚伊斯兰党”( ysia，马来西亚华人称之为“回教党”)。该党原是巫统下面的一个协会——“泛马来亚伊斯兰协会”(tion)，1955年联合邦议会部分选举前成为独立党，并改为现名（当时称“泛马来伊斯兰党”，yu）。
当年，联盟在52个议席中唯一未能赢得的席位，就为该党所得，因此，它也最早获得了“反对先生”(ion)的雅号。该党后来一个时期的竞选业绩为：1955年获得13席，1964年9席。该党支持宪法中全部有利于马来人、马来语和伊斯兰教的条款，在马来半岛的东海岸和北部诸州中响应者众，尤其以吉兰丹为根据地，在这些地区内是巫统的“天然竞争者”。这些州马来人社会长期相对落后的发展状况亦有利于该党执行保守的路线，有利于其打马来（穆斯林）民族主义和伊斯兰主义的牌。
华人方面的反对党几乎都有某些共同特征，就是尽管其成员主要来自马来西亚华人，但却都以超族群党的面目出现，并且．与马来人反对党如伊斯兰党的拥护者大都在农村不同，其社会群众基础主要是在城镇中。以华人为基础的最早的反对党是成立于1954年的“劳工党”(ty)，该党是由此前分散在各州的一些小型劳工组织组合而来的，领导者为英文教育出身的知识分子和工会运动领导人，其支持者则主要是城镇工人、尤其是小商小贩，并在槟城、雪兰莪和霹雳等州较有影响，1956年12月地方选举后，获得乔治市市议会(town il)控制权，1959年大选再次赢得6个联合邦议会席位和13个州议会席位。该党后来主要受华文教育出身的活动分子掌控，因此支持华文教育。1966年，联盟政府借口其已被马来亚**所渗透而将其取缔，尽管如此，其影响却未被完全消除。