“请不要惊扰那些安息灵魂。”
这是一封来自全美犹太人协会邮件，为了以速方法送达，他们用电报将这份信件给发了过来。内容非常简短，但是却让斯皮尔伯格陷入了沉思。而杰德刚到他休息房间，也听说了这封邮件。虽然杰德骨子里是一个无神论者，但是他现也有些踌躇，到底要不要真实场景里拍摄这个真实故事。原本杰德也认为这样一部史实作品，当然要真实经历过地方拍摄。
但是他现犹豫了，奥斯维辛集中营里阴暗并没有随着它消失而结束，相反，那种沉浸建筑里痛苦和绝望随着岁月积累而越发地明显起来。杰德也认为，如果真奥斯维辛集中营拍摄这部电影，无论对于演员、导演和剧组来说，还是对于那些不幸集中罹难逝者，亦或者那些幸存者或逝者家属来说，都太过严苛了。
管杰德信奉“悲剧就是将有价值东西毁灭给人看”，但是将原本已经结痂且没有人愿意触碰伤口再度撕开确是太残忍了。想到这，杰德深吸了一口气，敲开了斯皮尔伯格门。
没有人知道杰德和斯皮尔伯格房间里深谈一夜为是什么，因为这部电影从开始筹拍开始，无论是斯皮尔伯格还是杰德都拒绝有纪录人员侧拍这部电影拍摄工作，也没有安排文字记者随行采访，所以有关这部电影拍摄过程一直就成了电影史上谜。无论是斯皮尔伯格还是杰德，都没有各自回忆录详细描述这次拍摄过程。但是两人回忆这段拍摄经历时候，用多词语就是“痛苦”和“救赎”。
因为杰德和斯皮尔伯格都赞同不奥斯维辛集中营取景，因此剧组必须附近地方搭建这个场景。好这部电影不仅得到了全美犹太人协会支持，德国政府和波兰政府也对这部电影表示了密切关注。大量人力和物力支持下，一个仿真集中营不到一周时间里便基本搭建完成。虽然这个集中营是仿建自奥斯维辛集中营，但是由于是全建筑，无论是导演还是演员，都没有觉得难以融入到场景里去。拍摄手法上，斯皮尔伯格接受了杰德建议，采用黑白胶片和手持摄像机拍摄，因此让整部电影看上去仿佛一个真实回忆。
其实对于这部电影痛苦拍摄过程，杰德早有了准备，但是他没有料到现实居然如此残酷。虽然德国政府对于那段历史有深切反省，可是东欧国家苏联阵营时候不知道因为什么原因并没有反思“纳粹主义”和“反犹主义”。就《辛德勒名单》拍摄基地波兰克拉科夫，剧组会时不时地受到“反犹主义”份子骚扰。每天早上去剧组时候，经常会剧组外围看到一些反犹标志和口号，这让原本心情沉重剧组变得越发难过起来。
杰德不得不一次剧组会议上呼吁道：“我们拍摄这部电影目就是为了让那些人知道历史上曾经真实发生过多么恐怖事情！而这些悲剧开始时候就是因为他们自认为无害标语开始，所以，我们必须无视他们骚扰，将这部电影拍摄完成。等到这部电影上映时候，等到他们看到这部电影时候，如果他们内心还有良知话，他们会忏悔。”
事实上剧组成员痛苦远远赶不上斯皮尔伯格痛苦，因为整部电影等于是将那场可怕悲剧再度呈现出来。而导演这场悲剧人却换成了受害者斯皮尔伯格，这等于是将斯皮尔伯格内心伤疤撕裂开撒上一把盐。因为杰德早就知道斯皮尔伯格情绪可能无法坚持，因此他不仅安排斯皮尔伯格家人一直剧组陪伴他，还安排了心理医师随时对斯皮尔伯格进行干预。遇到一些异常残忍镜头，斯皮尔伯格只能委托杰德去拍摄，因为他觉得他已经没有任何勇气去直面那些镜头。相反，由于杰德没有亲历过，反而能拍摄得比较顺利。
“今天拍摄让我感到十分痛苦。”杰德他私人日记里写道，“今天这个镜头让我不忍卒睹，我甚至想将这个镜头删减掉。但是斯皮尔伯格先生告诉我，这是一个真实故事，我必须将它拍出来。我让饰演纳粹医生反复折磨一个饰演犹太老人演员，甚至那个饰演医生演员都于心不忍了。但是我告诉他，你必须镜头里收起你同情心，因为你饰演是没有同情心人，如果你镜头前表现出了你同情心，那么你就侮辱那段历史！他按照我要求做了，他折磨那个老人，并不断羞辱他，后还强迫他裸身场景里拍摄。这个镜头让我无法去看监视器，甚至连剧组成员都纷纷避开了这次拍摄。拍摄结束之后，饰演医师那名演员说他需要心理医师和牧师，他说他为他今天所做一切感到难过，他要忏悔。我去看望了那么老人，他说如果他演出能警示后人话，那么就值得了。”
由于当年拍摄《辛德勒名单》所留下资料非常少，因此杰德私人日记就成了研究这部电影拍摄过程第一手资料。有后世研究人员指出，杰德私人日记一向都是非常积极，但惟独拍摄《辛德勒名单》时，那段时间日记字词都非常消沉。有人认为，正是由于杰德参与了《辛德勒名单》拍摄，让他以后作品都多了一丝悲天悯人情绪。而不像他早期作品，除了批判和嘲讽之外，极少有任何同情情绪。
因为电影是采用黑白胶片拍摄，因此对演员妆容和服装都有了大挑战。毕竟彩色电影中，不同颜色可以表现出不同情绪，而且颜色与颜色之间差别可以很好地区分人物和场景，以及各个人物之间特征。但是黑白电影中，摄影只能通过颜色深浅和光影变化来区分这一切。为不让角色被淹