幻想乡，一个与世隔绝的地方，不为外人所知的世外桃源。它位于东方国家的边境之中，以日本东北及四国为原型的地区。各种非人的生物，例如妖怪都住在这里，亦有少数人类居住于此地。由于有强大的结界将幻想乡外部遮断，幻想乡外部是无法确认幻想乡的存在的，而且也无法由外部进入幻想乡。同样地幻想乡内部也无法确认幻想乡外部的样貌，亦不能离开幻想乡。由于这样，妖怪们在此建立了一个与外地相异的文明。
这原本是日本一个人烟稀少、有妖怪出没的区域，许多勇士为了驱除、消灭妖怪而来到幻想乡。人类与妖怪间断断续续的战斗持续到公元1884年。那年，博丽大结界建立，把幻想乡从逐渐科学化、怀疑精神存在的现代社会隔离开来；从那时开始，幻想乡就与现实世界几无接触了。唯一为人所知，可沟通幻想乡与现实世界的门户，就是孤零零的座落在极东深山中、结界边境处的博丽神社。
幻想乡的住民以妖怪为主，但人类与其他动物也同样生活其中。有许多住民本在外界无处容身─如同在外界，自然的黑暗已不复存在一样，使他们出于逃亡、躲藏或寻找庇护的目的进入幻想乡。
就在这个平静的幻想乡里，因为一个意外的来客而发生了变化……
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1998年秋，魔法之森。
魔理沙一人独自在森林中前行，脚下不时发出唦唦的踩踏声，阳光穿过叶缝，斑斑点点地落在布满枯叶的泥土上。
她背着一个竹箩，里面装着半满的蘑菇，看起来是她这些天的成果。
“记得这里附近有个洞穴来着……”
四处观察了一会儿，她没有发现任何和印象中相符的标志，她那可爱的秀眉皱了起来。
难道我迷路了？
魔理沙在这里生活了五年，这个森林也被她摸得一清二楚，再复杂地形也难不倒她。她决定再往前走一段路，看看自己做的标志物在哪。
参天大树那粗壮的根深深地扎在地上，露出来的是坚硬又黝黑的树皮，无数如触手一样的根缠绕在一起，魔理沙需要不断地跨过这些天然障碍才能前进。
“啊咧……奇怪，为什么不在……”
魔理沙忽然站在一棵大树面前，双手叉腰，不解地自言自语。
眼前的这棵大树相当粗壮，大概要四五个人合抱才能围住，树干、树枝被无数藤蔓缠绕着，就像被绑住一样。
“我记得印记就是做在这里的。”拿出一把锋锐的小刀，魔理沙把树干上的藤蔓一条条地割掉，树干的本来面貌渐渐地暴露出来了。
这棵树的树干部分出现了无数道凹痕，显然是这些藤蔓勒的；在凹痕和凹痕之间，魔理沙看到自己做的魔法印记，虽然已经变形了，不过她还是能认出来。
“这些藤蔓到底是……”
拾起地上其中一条被割断的藤蔓，魔理沙饶有兴趣地观察起来。
不同于一般的藤蔓，这些藤蔓看起来就像是活着一样，暗绿色的表皮虽然粗糙，但显得异常有力，而且粗细也远远超出一般藤蔓的大小，就像被什么东西催化过一样。
魔理沙在这里生活了这么久，从来没有见过大树会被这么厉害的藤蔓勒紧，甚至连凹痕也出现了，这还是第一次。
“呼呼……说不定有什么秘密在里面？”魔理沙一旦被挑起了兴趣就要寻根究底，不找出个为什么就不会收手。
本来这次出来是找蘑菇的——前天红魔馆那边来个妖精女仆，说是帕琪需要些魔药，一口答应了以后才发现蘑菇在前几天的一次魔法试验中用完了——于是她跑了出来采集材料。
在地上又捡了几条藤蔓，魔理沙熟练地扔到身后的竹箩里面，又兴致勃勃地四处查看，试图找出一些蛛丝马迹。
经过观察，她发现在这一带的树木都被这些藤蔓所捆绑住——虽然这些树木看不出有什么奇怪的地方，但魔理沙依旧很仔细地都看了一遍，直到没有问题为止。
令她意外的是，这些树木的生长状况都很好，有些甚至比森林边缘的一些大树长得还茂盛，这一点，引起了她的注意。
一般这些藤蔓都会大量地吸收树木的养分，而树木会渐渐地衰落，然后死亡——然而这些藤蔓居然起到了促进生长的作用（至少目前看起来是这样）——魔理沙更加确定这些藤蔓绝不是什么平常的东西。
似乎想起了什么，魔理沙又检查了行囊，发现里面的水和干粮都所剩无几，只得无奈地轻叹一声。
看来必须离开了，她是这么想的。
再次在这一带逛了一圈，把不同区域不同树木上的藤蔓都分别割下来一点，把竹箩剩下的空间都塞满，魔理沙才满意地拍了拍手，打算离开。
回家的路上，她很幸运地看到了不少蘑菇，于是毫不犹豫地扔掉一大部分藤蔓来空出位置给蘑菇——正当她这么想的时候，她又犹豫了。
结果又再次捡起一些藤蔓，然后才采集那些仿佛从天上掉下来的蘑菇。
直到竹箩满了她才拍了拍身上的泥土，欣然回家。
翌日。
“灵梦——”
红白巫女依旧悠闲地喝着茶，端坐在走廊上，仿佛听不见那个每天都元气十足的声音。
“我来了！”
毫不客气地，魔理沙一屁股坐在灵梦的身边，小手便理所