八月以后，江南战场上，武昌军逐渐压倒了苏峻叛军；而且沈充也受命重新整合了吴郡、吴兴两郡戍卒，对马雄再次采取攻势。
九月初的一场大战，王敦之兄王含率陆路兵马，于丹阳、于湖之间大败管商、张健，旋即挺进秣陵。而王敦以舟船载兵，陆续增援白鹭洲，岛上亦近万众，对近在咫尺的建康城造成了极大威胁。苏峻被迫将裴氏和司马冲等迁至已修建得颇为牢固的石头城，而将朝臣多数迁入宫城，据险而守。
邓岳向王敦建议说：“建康易攻，然苏峻增筑石头和宫苑，某遣人密觇，势颇牢固，难以遽克。且今我军久战疲惫，粮秣物资亦不充足，而马雄为沈士居牵制于阳羡，张建、管商为令兄处弘（王含）围之于秣陵，倘若三贼奋力突围来救，与苏峻合于一处，恐怕形势又将逆转。不如挑选精兵锐卒，发舟东下，绕至覆舟山侧，突袭建康，先取外城，围苏峻于石头、宫苑。
“若事顺遂，可灭苏峻；若不顺遂，也能切断苏峻与三将的联系，再破三将，以息苏峻望援之心。”
王敦与参谋钱凤等商议后，采纳了邓岳之计，即命其率领三千精兵，悄悄放船北上，绕过卢龙山、幕府山，在建康东北方向登陆，随即直向覆舟山杀来。
覆舟山虽然不怎么高，终究是建康宫苑北面的重要制高点，若能据之而守，则宫苑的状况可半收眼底，对于武昌军绝对有利。然而苏峻的反应很快，一闻警讯，即先登覆舟，居高临下，猛攻来袭的武昌军。
邓岳攘臂高呼道：“我等非自港而下，若退，不及归舟，必为叛贼所败，恐怕死无葬身之地，今日唯有奋力向前，斩杀苏贼，以息此乱！”身先士卒，悍战不退，苏峻一时间竟然也奈何不了他。
于此同时，趁着苏峻的注意力都被吸引在建康城东北方向，王敦用钱凤之计，以大舟巡弋于石头山和运渎之间，乱箭齐发，压制岸上叛军，复以小舟载兵，逆运渎而上，来取宫苑。苏峻闻报大惊，便命其子苏硕率十数骑当先，自将步兵合后，下山直突武昌军，打算一举将邓岳打垮，好尽快解除这一方向的威胁，回援宫城。
可是这会儿邓岳也已经接到了王敦派来的传令，乃不再妄图攻下覆舟山，而在白木陂列阵，改为守势，以牵制叛军主力，这就导致了苏硕接连三次冲锋，都不得其门而入。
苏峻大怒，斥退苏硕，亲自领兵冲锋，身冒箭矢，还真被他杀入了武昌军阵之中。邓岳见势不好，急命将身旁部曲亲兵全都押上，以长矛投掷，终于穿透重甲，将苏峻刺落马下，随即割取了首级。
苏峻既死，其部奔散，苏硕虽然奋战而透重围，却不敢再归宫城，被迫南下去投马雄了。于是王敦、邓岳合力攻克了建康城，复临宫苑，王彬、诸葛恢等见叛军星散，急忙打开大门，跪迎王敦。王敦没搭理王彬，却命将诸葛恢绑缚起来，即于门前正法。
——诸葛恢终究是司马睿的表舅，倘若事后处刑，说不定司马睿还会为他求情，还不如现在就砍了，然后死人身上的罪名，还不是想怎么安就怎么安吗？
唯有苏峻之弟苏逸还苦守着石头城，所部尚有三千余众，因为地势险要，城防牢固，武昌军一时间也杀不上去。但邓岳随即用长竿挑着苏峻的人头在山下叫骂，却难免使得山上人心惶惶，苏逸拼命弹压，警告众人说：“南人恨我等切齿，若降，俱不得好死。不如固守，城中尚足月半食水，且候张、马等将军回师，必能转败为胜。”
此时裴妃和司马冲在城中，被苏逸遣人围困，隔绝内外，尚且不知苏峻已死，而建康已克的消息。但外界的喧哗之声，他们还是能够听得到的，裴氏就安慰司马冲，说：“大军四合，贼将殄灭，吾儿勿惊。”
司马冲仰着小脸问祖母：“若阿爷来时，可会杀我么？”他虽然还是个小孩子，但久经政治风波，也不可能真的啥都不懂啊。
裴妃安慰他道：“吾侄昔日曾云：‘虎虽毒恶而不食子。’况且汝父慈厚，岂能杀汝？彼若要杀汝，除非先杀了吾！”
司马冲却问：“然而昔日苏贼要害我，祖母为何欲推我去与他杀啊？”
裴妃一时语塞，正在琢磨该怎么解释才好，忽然门外传报，说尚书令徐玮请求入觐。裴氏没好气地回了一声：“不见！”
可是她拒绝也没用，话音才落，徐玮就直接大步走进屋来。裴妃愠怒道：“汝等皇帝在此，岂可如此无礼？！”
徐玮躬身施礼，随即低声反问道：“太妃真欲大王久居此僭主之位么？”
听他口称“太妃”而不是“太皇太后”，又称司马冲为“僭主”，裴氏不禁疑惑，就问：“徐卿此言，究竟是何意啊？”
徐玮这才拜倒在地，解释说：“臣本无叛华之心，被迫至此，曾劝苏贼奉太妃与吴兴王，占据建康，以迎华军，奈何苏贼不听，反迫吴兴王僭位。臣之所以不死谏，且不走者，为留此有用之身，以觇混乱之际，援救太妃与大王脱出虎口……”随即从怀里掏出一封信来，双手呈上：“裴公有书信在此，太妃一见，便知臣所言无虚了。”
裴妃还在琢磨是哪个“裴公”，难道是裴嶷千里迢迢从洛阳送来的书信不成么？接过来展开一瞧，才知道原来是指的裴仁……
苏峻为了方便控制裴氏祖孙，既迫司马冲称帝，搬入宫城，当然就把裴仁等老家人都给轰走了