以最强神奇宝贝为目标旅行的皮卡丘和他的司机小智,现在来到了这个叫大傻谷的地方。这里是以大峡谷景色闻名整个神奇宝贝世界的地方。
“……而且，最近也传出这里被发现了绝种的神奇宝贝化石，引起了一阵寻找神奇宝贝化石的热潮来着。”小智面前大量带着挖掘工具的人们络绎不绝的进入大傻谷，但小智的眼神却一直看相自己的斜后方，“但我还真没想到你也来了。”
小智转头，盯住身后穿着穿着考古服装的某富二……不，富三代；“小茂。”
“而且仔细看看，你这根本就不是考古服装，只是背了一个包拿着一个鹤嘴锄的牛仔而已……”
“这种细节就不要在意啦。”正如小智所说穿着牛仔打扮的小茂向小智打了一个招呼后就背着背包?提着鹤嘴锄进入了大傻谷，“再聊下去珍贵的化石就要被别人挖走了，所以我先走了小智。”
……
大傻谷之中，到处都是熙熙攘攘的。到处都是人在挥舞着铁镐和鹤嘴锄，看着架势哪里想一个观光景点，分明是矿山……
“？”挥舞着鹤嘴锄的小茂好像挖到了一些什么。
再刨了两下，一块化石状的物体出现在小茂眼前。
“太好了！”小茂拿起化石，“我挖到神奇宝贝的化石了！”
“小茂小茂一级棒！小茂小茂一级棒……”然后，小茂的那群“女朋友”担任着类似啦啦队的任务。
“谢谢，谢谢……”就在小茂满（一）面（脸）春（臭）风（屁）的接受啦啦队的赞赏时，一个老学者突然拿过小茂手中的化石用放大镜观察起来。
“怎么样？我第一次挖就挖到了化石！你能看出这是什么神奇宝贝的化石吗？”小茂得意的向那个老学者问道。
“这个是……”老学究仔细观察了一下，然后很肯定的说，“……这是神奇宝贝的大便化石。”
“扑通！”小茂倒地。
“……小茂到底还是不成熟啊。”站在峡谷上方小智看着下面的闹剧，当看到那个老学者在小茂倒地后就偷偷把那块“神奇宝贝的大便化石”放到了自己口袋里后小智才缓缓出声，“那哪里是什么大便化石，是菊石兽的化石吧。”
（是啊，虽然保存的不是很完整，但价值也比所谓的大便化石有价值的多。小茂这算是交了学费吧。）
“话说皮卡丘。”小智站了位置很高，周围没有别人，小智也就大大方方的和皮卡丘交流了，“话说这种行为，算不算挖人祖坟？”
（应该算吧，但又有谁去关心这个？）
“也是。”小智身后有着一个天然形成的石台。小智拿出一个精灵球，“不过我也差不多要开始布置了。”
原著中，关于大傻谷的剧情差不多是这样的：
小智发现火箭队妄图使用炸药炸毁大傻谷底部的岩盘来获得神奇宝贝化石，小智阻止火箭队炸毁大傻谷失败，又在试图浇灭导火线时因为小次郎的“神之摔倒”而与火箭队等人一起掉进古代神奇宝贝沉睡的洞窟，引出了菊石兽、多刺菊石兽、化石盔、镰刀盔等从长眠中被吵醒的化石神奇宝贝。
在一阵混乱之後，一只突然出现的化石翼龙咬着小智飞出洞窟。而而原著中那个小智的那只进化后就变成国中二年纪的火恐龙为了救小智，强迫自己进化成喷火龙与化石翼龙决斗并表现出了相当优秀的战斗智商。
当然，最后解决一切的还是胖丁的催眠曲。一曲下去，整个大傻谷内所有人和神奇宝贝无一例外的中招了。而且相当巧的是，睡着的化石翼龙好死不死的直接摔进之前炸出来的洞窟里，落地时产生的震动又好死不死的把洞给堵上了……
最后，一切都只是用梦来蒙混过关极为勉强的封住了训练家们的口。而原著中的小智，则还见到了一颗蛋，就是日后孵化出波克比的蛋。
……
“不过我怎么可能只要这一点？”小智看着手中的精灵球，头也不抬的问向皮卡丘，“你先去，还是我先去？”
（……你先去吧。）
“也好。”小智站在整个大傻谷的最高处向下俯瞰，看到下方不远处的一个小山峰下站立着的一只喵喵，露出了一个意味深长的微笑，将手中的精灵球叫到皮卡丘手里，“胖丁交给你了。我得先去……”
推动一下“剧情”……
……
“以他们过去的记录，不知道可不可以依靠啊喵”，小山峰上，喵喵在自言自语的说着。
这时武藏和小次郎突然从一块岩石后面出来，就开始对着喵喵说开场台词：
武藏：“既然你诚心诚意的发问了～”
小次郎：“我们就大发慈悲回答你！”
武藏：“为了防止世界被破坏～”
小次郎：“为了保护世界的和平～”
武藏：“贯彻爱与真实的邪恶～”
小次郎：“可爱又迷人的反派角色～”
武藏：“武藏！”
小次郎：“小次郎！”
武藏：“我们是穿梭在银河的火箭队～”
小次郎：“白洞，白色的明天在等着我们！”
喵喵：“就是这样……不对！你们两突然将这废话干什么！？”
一通疯狂乱抓后……
“所以炸药埋好了吗？”喵喵对着已经满脸抓痕的武藏和小次郎问道。
武藏：“当然全部埋好了。”
“就是啊，只要炸掉这一带的岩盘的话，隐藏的神奇宝贝化石一定就可