在地球的某一栋高楼之上，一个只有十来岁的少年独自站在天台旁边，少年默默的注视的逐渐漆黑的夜晚，这个少年名叫阿夜。
阿夜的父母都是世界顶尖的科学家，但阿夜的童年并不缺少父母的关爱，阿夜集成了父母两人的智慧，在两岁时便表现出超人的智力，在父母的熏陶下，阿夜的童年充实而美好，然而，阿夜八岁那年，他的父母在一项危险的试验中遇难了，从此阿夜成了孤儿，再也没有了笑容。
阿夜的父母遇难后，八岁的阿夜开始自己独立生活，虽然父母留下了他永远花不完的资产，但是没了亲情的阿夜却越来越沉默。独自生活了两年，阿夜看起来比同龄人成熟很多，许多见过阿夜的人都不相信他是一个只有十岁的少年。
这栋楼曾经属于他的父母，这里有他与父母的欢笑，如今，这栋高楼只属于他自己，“爸爸，妈妈，两年了，你们在世界的另一边过的好吗”阿夜含着眼泪看着繁星密布的夜空喃喃道，“我好想过去找你们”，眼泪默默划过阿夜清秀的脸庞。璀璨的星空中仿佛出现了父母的面容，默默的注视的他，阿夜仿佛看到了父母的笑容，痴痴的仰望着夜空，一个流星闪过，击碎了阿夜的幻想，“不要走”阿夜向前冲了出去，百米的高楼，带走了阿夜年轻的生命。
神奇宝贝世界中，一个名叫阿叶的少年，拥有成为神奇宝贝大师理想的少年，在即将成为神奇宝贝训练家的前一天晚上，兴奋的睡不着觉的他跑到山上看星星，一颗流星飞过，阿叶兴奋的跳起来准备许愿，可惜不小心掉进了溪中，被冲下瀑布，快晕过去的阿叶模糊感觉到有东西在推他，想把他推到岸边，阿叶睁开眼睛只看到一些红色便晕了过去，一丝细小的白光进入了阿叶的身体。
“我是谁？阿夜？阿叶？”阿叶醒过来后发现自己的记忆有些混乱，没有管身上的湿衣服，阿叶坐起身啦皱着眉默默的思考，“阿夜，堕楼，父母，阿叶，溺水，神奇宝贝，穿越，融合...”许多信息不断地流淌，许久，阿叶慢慢松开了眉头，“今天开始我就是阿叶了，全新的阿叶”阿叶向世界宣布道。
全新阿叶仿佛没有了阿夜的悲伤，可能是原来阿叶开朗的性格的影响，人也看起来成熟了许多，这是阿夜带来的气质，两个人的性格互补，形成了一个全新的阿叶。
“管家爷爷，我回来了”阿叶回到自己的家中喊道，“小少爷，你终于回来啦，把我都急死了”一个大约五十来岁的男人以百米赛跑的速度冲了出来抱着阿叶哭道，“呵呵，对不起啦，管家爷爷，我昨晚出去看星星了，结果不小心掉河里了”，“啊，小少爷，您要是出点事，我怎么能对得起逝去的老爷和少爷啊”，“管家爷爷，您放心吧，我以后会照顾好自己的，不会让您担心的”阿叶说道，“小少爷，你终于成熟了，懂事了，哇，我就现在去见老爷和少爷也安心了”管家又是抱着阿叶的大腿痛苦，“额，管家爷爷，我现在全是还是湿的呢，先让我洗个澡吧”，“对，对，先洗澡，感冒发烧就不好了，我先回去给您放水”说完管家又是一溜烟的就不见了，看着管家爷爷忙碌的身影，阿叶仿佛想起了一份记忆中的悲伤，“失去的在也回不来了，要珍惜现在”阿叶仿佛想通了，看着天空微笑了一下，祭奠逝去的悲伤。
在管家爷爷的安排下，阿叶顺利的洗完澡，换了身衣服就向大木博士研究所走去，“不知道是不是已经晚了，难道跟原著一样，领个皮卡丘”阿叶从一份记忆中找到了一些神奇宝贝世界的动画，由于看的不多，只记得主角是小智，带着一只不听话的皮卡丘旅行，后来皮卡丘开始听小智的的话，并且羁盼越来越深。“小智，额，他今年好像是8岁吧，额，难道我还要等两年才能正式进入剧情？”阿叶想着想着就到了大木博士的研究所了。
阿叶礼貌的敲了敲门，开门的是一个只有七八岁的小孩，酷酷的发型，“你是小茂吧，我是阿叶，是来找大木博士的”阿叶说道，“哦，你就是今天最后一个新人训练家吧，不错，我就是未来最强的神奇宝贝训练家小茂大人”，“额...”
“哦，是阿叶啊，进来吧”大木博士过来看到了阿叶，“对不起，大木博士，昨天我晚上出了点意外，所以来晚了”阿叶想大木博士道歉道，“哦，不晚不晚，你没事就好啊，由于前两个人挑走了杰尼龟和妙蛙种子，所以只有这只小火龙了”大木博士说完将小火龙的神奇宝贝球递给了阿叶，“出来吧，小火龙”阿叶将小火龙放了出来，“等一下”大木博士急忙说道，可惜小火龙已经出来了，刚出来的小火龙对着阿叶就来了招火花，阿叶急忙避开，火花直接命中大木博士，大木博士失去战斗能力，“所以我叫你等一下的嘛”大木博士吐出一口黑烟说到，“额，这只小火龙还挺有个性”阿叶想摸一下小火龙被小火龙躲了过去，“它就是有些不讨人喜爱，所以才没被人挑走的”大木博士复活后说道，“哦，那我就要它了”阿叶说道，“小火龙，我很喜欢你哦”小火龙有些诧异的看着阿叶，“因为我感觉到你渴望变强，怎么样？我希望我们可以一起变强，一起战斗，去打败那些强大的神奇宝贝”，“哩”小火龙看着阿叶点了下头叫道。
“哦，这么快就认可你了，看来你在神奇宝贝训练家的道路上会走的很远