天启皇帝朱由校随即批令各部“如议，著实遵守，如或仍前怠玩，视为虚者，听言官指名参劾。”
对丁绍轼的疏奏，首辅顾秉谦认为是挟皇帝令诸臣，颇为不悦。
这时期朝中有人倡议至浙江云雾山采伐大木，用作修葺宫殿，绍轼又上疏劝阻，停止采伐。
御史赵允昌弹劾绍轼，绍轼上疏求退。
熹宗认为绍轼心直口快，婉言挽留，绍轼再辞、三辞，帝仍不准。
这时又有御史吴裕中弹劾绍轼为大奸，恶语极致。
魏忠贤察言观色，见熹宗欣赏绍轼，以吴裕中报复绍轼之由，罢了吴裕中官职，廷杖一百。
绍轼闻知此事，立即上疏为吴求救，疏上，吴裕中已被杖死。
绍轼认为吴裕中死得冤屈，但碍于魏忠贤的淫威，深觉愧疚，而又有口难言。
礼部侍郎冯铨欲追论前朝三大疑案，一是“移宫案”，泰昌元年光宗死，熹宗朱由校当立。抚养他的李选侍与心腹魏忠贤，想利用熹宗年幼的机会，把持政权，据乾清宫。朝臣杨涟、左光斗等不让她与熹宗同居一宫，迫使其迁至哕鸾宫，然后引太子还乾清宫举行即位仪式。
二是“梃击案”，万历四十三年手执枣木棍，闯入光宗朱常洛住的慈庆宫，打伤几个守门太监。被执后供系郑贵妃手下太监庞保、刘成引进。时人怀疑郑贵妃欲谋杀太子。神宗与太子不愿追究，以疯癫奸徒罪杀张差于市，并毙庞保、刘成于内廷了案。
三是“红丸案”，泰昌元年光宗即位后沉湎酒色，不久病重。司礼监秉笔兼掌御药房太监崔文昇下泻药，病益重。鸿卢寺丞李可灼连进红丸，自称仙方，光宗服药后即死去。
当时有人疑是神宗宠妃郑贵妃指使下的毒，引来许多争议。
结果崔文昇遣南京，李可灼遣戍。魏忠贤专权时翻案，免李可灼遣戍，擢崔文昇总督漕运。
诸多朝臣不满魏忠贤妄为，要将三案主要责任的姓名勒于碑上，永远不能翻案。
绍轼担心此事引起诸多朝臣惊恐，极力劝阻不可妄行，使此建议未能实施。
满洲兵侵犯山海关，关门兵少饷浮，熹宗准备下旨遣内臣坐镇指挥，新设一管理机构，负责清兵清饷。
绍轼与诸阁臣以为不妥，同上密揭，述其理由有四。
其一，考察古今，揣度利害，遣内臣坐镇边关一线几乎没有成功者，反而多出祸乱。因为内臣是皇上近臣，代表皇帝说话，一言一行，前方将吏谁敢不听，使臣一到将吏们围着他们转，分散将吏精力，无暇谋划战略战术。
其二，无才者皇帝不会派遣，稍有才智者，往往下车伊始，乱发一番言论。
前线辽东经略熊廷弼主张守，而辽东巡抚王化贞主张战，使臣不熟悉地形地貌和前期战况，支持谁的观点呢？若导致战争失利，责任由谁来负？
其三，文与文、文与武不和导致战争失败的事例，屡见不鲜。
而今将吏不和已是客观存在。
今派使臣赴前线，使臣就成了“凭中”。
文臣武将都要表述彼此是非，“凭中”若不能辨别对错，轻易表态，轻则加深矛盾，重则造成内讧。
既然有如此之弊端，皇上为何要派内臣坐镇山海关呢？
其四，清兵清饷是件好事，然而战争在亟之时能清出多少饷来？而增设一衙门要增加多少供应，并增加多少护卫，这是利少而弊多呀。疏上。
熹宗遣使臣坐镇山海关的敕书已草成，准备发行。
他阅览绍轼与诸臣密揭后，觉得言之成理，下旨暂停发敕书。
数日后，熹宗在魏忠贤、顾秉谦等人唆使下，下旨逮捕东林党人，要将他们一网打尽，朝廷上下一片沸腾。
绍轼上言劝阻，毫无效果，便托病不出。
结果左副都御史杨涟、左佥都御史左光斗、御史黄尊素、文选员外郎周顺昌等惨遭杀害。
就在此时，禁卫吏役在苏州乱抓人，激起民愤，顾秉谦认为是乱党作祟，要强力镇压。
绍轼以为不可打击面太宽，顾秉谦听了他的建议，只惩治了为首者，胁从者一律得以宽恕。
这年四月，熹宗晋绍轼少保兼太子太保，改户部尚书、武英殿大学士，荫一子锦衣卫副千户世袭，复赐银币坐蟒，照新衔给应。
得诰命，绍轼即上辞谢疏。
丁绍轼为官虽近二十年，实际在职仅十年左右。
他性素谨密，忠于国家，为了国家安定，敢于、善于向皇帝直言进谏；处处息事宁人，与同僚和谐相处，视朝中同乡为知己，多方关心他们。
对亲友尊敬，对伯叔兄弟敬爱。
在居家守丧和病休的八年时间里，拿出自己薪俸为乡党修堤筑墩，建造三座宝塔，加固水口，立会庄田以赡后学，并对家庭梓里之间的困难、矛盾，竭力支助，悉心调解，人人称颂其贤德。
“韦爵爷，你对我说句实话，你想开放通商口岸，想控制大明所有水师，究竟想干什么？是不是想培植自己的势力，成为有足够兵权与朝廷对抗的地方实权派？”丁绍轼问道。
“这个话题，我不想多谈，我说绝对没有，丁大人你相信吗？”韦宝道“将大明水师全部收编在一起，可以进一步裁撤军队，现在大明水师的兵额是十万，这还是我主动裁掉了一半登莱水师之后的数字！否则还得更多。一旦合兵一处，实力能得到加强，兵饷能得到缩减，岂不是两全其美？至于开