自扬威号冲锋被击沉，济远管带方伯谦如汉城那般故技重施，又是首先逃离战场，致将北洋舰队的阵型牵乱。
广甲与济远组编一队，广甲管带吴敬荣见济远方伯谦撤退，以为有例可援，随之逃跑。因惧怕敌军战舰追及，慌不择路，逃至大连湾三山岛外便触礁搁浅了。吴敬荣率众纵火弃舰，登岸逃命，此时数艘日军战舰追至，广甲被日军战舰一轮齐炮击沉。
日本第三游击队见济远撤走，也曾奋力追击，因相距太远，追之不及，想折回集中火力围攻位于北洋舰队右翼阵脚的致远号。
第三游击队的扶桑号在回撤过程中被黑旗水师天马、飞鹰两艘战舰拦截，在一轮排炮之后，扶桑号的甲板和炮弹室中弹起火，舰长新井有贡的一条手臂给弹片整齐切割下来，当场昏厥。
从整个战斗场面看，黑旗水师的巡洋舰战斗力还算不错。但在摆开阵势的海战来看，很多问题便暴露出来了。
或许是受到吨位的限制，灵活有余，防御性能不足，作战起来的时候，远不如镇远、定远这两艘旗舰那么坚挺。
虽然防御力略显不足，但在炮火方面还是发挥了很大优势的，但凡被黑旗水师集火的日军战舰，无一幸免都会受到不同程度的伤害。
打到这个时候，黑旗军已经损失了天秤、水瓶两艘巡洋舰。水瓶号被击中时，海盗出身的管带林怀仁，机智的率众跳入海中，获赶过来的狮子号救走，才幸免于难。
而天秤号的张来福就没有那么幸运，被吉野、津田的两艘日军战舰首尾包围一轮排射，轮机及蒸汽机被集中。
舰上众将士没来得及反应，船只自燃后断成两截，瞬间没入海底，天秤号管带张来福及舰上的两百余名士兵全部壮烈牺牲殉国，无一幸免。
同一时间，致远号被围剿，日军第三游击队的桥立号战舰先以鱼雷击中致远，后用速射炮一轮猛攻。致远中弹起火，管带邓世昌临危不俱，指挥全舰，奋勇抗御，发炮反攻日军。
以一抵四之下，致远号酣战良久，突然，遭到赶来的千代田号的300克虏伯大炮袭击，邓世昌中炮，颈部被碎片划伤，生死未卜。
致远火势愈烈，烟焰焦天，舰体逐渐向左舷倾斜，不久左舷舰首向水中沉下，在舰体己下沉的危急关头，致远官兵仍继续沉着应战，一直坚持到最后，舰首向东，左舷倾覆，最后在庄河黑岛南老人石海礁附近搁浅，全舰除昏迷的管带邓世昌及30多人获救外，近200多人以身殉国。
战争打到这个阶段，北洋舰队的超勇、扬威、广丙、致远、广甲先后沉没，济远遁逃，总共失去六艘战舰，战斗力大减。
虽然今世有了黑旗水师的加入，但清国水师还是处境不利，黑旗军水师被击沉两艘战舰，另外也有三艘受伤严重，迫不得已退出战斗。
由于北洋舰队的广丙、致远、济远等主要舰只的损失和遁逃，黑旗舰队的天秤、水瓶等五艘的沉没及退出战场，整个清国水师已经很被动。
大家不约而同的放弃主动向敌人进攻，从开始第一阶段的进攻转为防御，局面也由优势变为了劣势。
日本舰队方面虽然比睿、赤城、西京丸……等六艘战舰被击沉或退出战场。但这数艘战舰均系日军中最弱的战舰。
失去了弱舰，对日军舰队的战斗力影响不大，反而由于弱舰的退出，使得日本舰队无需再分散力量保护弱舰，实际上是减轻了负担，得以轻装上阵。
这样此消彼长之下，日本舰队则由第一阶段的劣势转为优势，战局的发展方向是变得对日本非常有利得的了。
天马号的李千千到这个时候才算真正清楚知道日本人的实力，在来之前，他可是拍着胸口跟沈狱说：此战定必等大获全胜。
现在看来，当初在台海战斗，日本人还是保留了大部分实力，李千千皱巴了下眉头呢喃：“吗的，小日本也会示敌以弱这招了。”
从刚才发生的战斗可以看出，黑旗舰队的战斗力还是不行，策略上也陷入了进退两难的境地，靠太近怕给敌军炮火袭击，靠太远又怕己方的炮火殃及到北洋盟军。
自午后开始，由于北洋舰队先后失去六舰，因而在战场上，坚持战斗的只有定远、镇远、来远、靖远、经远……等八舰。而黑球水师的十八艘巡洋舰，损失了五艘之后也只剩下十三艘了。
日本则尚有津田、吉野、高千穗……等十数艘强力战舰。双方军舰数量对比清国方还算占着优势。然而，日本舰队炮火力量超过北洋舰队很多，而黑旗水师也只可远远开炮。
清国水师的处境十分困难，到了这一步，大家都咬紧牙关。李千千知道，狭路相逢勇者胜的道理，不仅用旗语鼓舞黑旗舰队，而且还给北洋舰队的盟友发出信号，表明剩下的黑旗军战舰将死战不退。
定远、镇远收到信号，同样的用旗语回答黑旗军盟友，誓死抵御。这个时候，镇远被敌军舰五艘战舰团团包围，但上至管带下至士兵，人人并无惧色。
定远舰管带刘步蟾在北洋系中虽一直提倡议和，但真正上了战场后，表现却尤为出色，不但作战果敢，指挥灵活。指挥行船时刻变换，瞧水平确实比李千千高出何止一筹。
镇远管带林泰曾、大副杨用霖指挥镇远舰奋击突进，操纵自在，始终与定远保持着互相依恃的犄角骈列阵形。
李千千也率五艘巡洋舰在外围与敌