而此时，永历帝朱由榔已经驾临肇庆，以此为行宫遥控各方抗清形势。
在金声桓、李成栋相继反清复明之后，天下局势为之逆转，在其影响下，郑成功、陈有龙等人纷纷风气而动，率部出击，以攻打当面清军。
在这年四月二十四号，总督堵胤锡率部收复常德，面对全国风起云涌的反清局势，多尔衮迅速的做出反应。
令正黄旗固山额真谭泰为征南大将军，与尚可喜、耿仲明率领所部沿着京杭大运河南下，攻破九江，抚州天险，迫使正围攻戆州的金声桓、王得仁回师南昌，并于这年七月上旬包围南昌。
令济尔哈朗为定远大将军，与孔有德、续顺公沈永忠一起进兵湖南。
令豫亲王多铎统辖满蒙镶白旗，镶红旗与4万绿营兵马驻平绿营兵马驻防荆州、襄樊，以防止忠勇军兵出三峡汉水。
令平西王吴三桂、镶黄旗固山额真何洛会、汉军镶蓝旗固山额真李国翰等人率领4万防陕甘地区，以防止忠勇军兵入关中。
为了鼓舞吴三桂、孔有德、尚可喜、耿仲明、沈永忠等老牌汉奸斗志，声言到时候收复之两广、福建、贵州、云南等蛮夷之地将作为五人封地，要其世镇该地。
看到各路明军纷纷不敌退走，永历帝大惊失色，令人传令杨昭，希望忠勇军能够兵出三峡，以牵制清军主力。
到了这年十月秋收之后，看到董克治与孙可望谈判无果，在谈判过程中孙可望相继出兵攻打不服从土司，到如今云南除了蒙自尚在沙定洲手中，曲靖府、武定府尚在忠勇军手中之外，其他各部都已尽归孙可望。
更让杨昭难以容忍的是在控制云南大部之后，孙可望自称国主，准备派杨畏知前往肇庆求封为王，若孙可望阴谋得逞，他不但盖过自己，而且自己再难以名正言顺的讨伐了。
更为重要的，云南处于四川上方，就像历史上护国军那样可以入猛虎下山般攻入四川。
蒋世铉、殷承柞、江鼎镇、王祥诸人都劝谏杨昭讨伐流寇，若再不动手孙可望可会分庭抗礼。
到这年10月秋耕刚过，杨昭以杨成第5镇镇守成都、广元，以冯双礼第7镇驻守重庆、顺庆、夔州府（大部），王树极第11镇驻防叙州府、嘉定府后，兵分三路讨伐孙可望。
西路以杨?新第1镇，曹勋第19营为西路军，沿着四川行都司、武定府攻击姚安府、楚雄府，以截断鞑子退路。
杨昭亲率护卫镇、王畅第2镇、董大海第4镇、冯有庆王复臣第10镇与娄义骑兵营共4镇兵马沿着曲靖府直接杀往云南府。
令贵州总兵皮熊率部作为侧翼，包抄流寇后路。
由于马凤玉刚刚生孕不能随军，只有让马万年随军身护卫。
听到忠勇军杀来，孙可望派出前贵州巡抚范矿与杨昭和谈。
看到杨昭，范??劝说道：“督宪大人，孙可望正派出使者前往面见圣上，希望能够皈依我大明，大人与孙可望都是同僚，两家切不可再次发生争执了。”
杨昭笑道：“范??，当日张献忠、李自成多次投降朝廷，为何降而复叛，只因让他们独掌一军，军队没有改变而已。
孙可望若要投降我大明没有问题，本督对其部进行改编，老弱病残淘汰之后进行屯耕，精锐留下来随我杀鞑子，若是这样，本督可接受他投降啊。”
范??摇头道：“大人，你这明明是要吃掉流寇所部，无论如何孙可望不会同意的。”
杨昭笑道：“哦，孙可望不同意，那就没有什么谈判的必要，你回去告诉孙可望，我两天之内攻城，到时候兵败被俘之后，我会给他一个痛快。”
范??大惊，瞪着杨昭道：“总督大人，你是不是朝廷命官，孙可望投降朝廷这是何等重要的事情，你为何偏偏要整编其部呢？
总督大人，张献忠在川中烧杀抢掠无恶不作，但自从张献忠死后孙可望等人已经改弦易张，其部在进入贵州、云南的时候秋毫不犯，大人不可因为私愤讨伐他啊。”
杨昭摇摇头道：“范兄，本人率先提出连寇平虏的主张，但历史证明除了他们真心接受忠勇军整编之外，这种主张根本行不通。
孙可望与李干德、袁韬、武大定等人勾结杀害杨展总兵，引起川中内乱，在你口中怎么成为私愤了.
你去告诉孙可望，其罪行不彰，只要交出李干德、袁韬、武大定诸人，只要他肯归附我忠勇军，我可以既往不咎，否则的话我会杀入城中替天行道的。”
范??摇头道：“大人，当日张献忠兵败被杀，流寇所部瓦解，形势如此危险，孙可望等人都没有投降大人，今日他们几乎占据云南全境，在这种情况下怎么可能投降于大人呢？
大人，除此之外，那个李干德袁韬武大定等人分居他处，拥兵自重，你让孙可望如何将他们交出来呢？
杨昭笑道：“如此看来他毫无诚意投降啊，你去告诉孙可望，既然如此，我将督率所部攻城。
听到杨昭如此评价自己，孙可望大为恼火，召集李定国、刘文秀，冯双礼，白文选（艾能奇被土司所杀，其部归冯双礼统辖）诸人说道：“老万岁被杀，杨昭可以说罪魁祸首。现在他竟然要将你我兄弟赶尽杀绝，如此可见其心歹毒。
各位兄弟，云南面积颇大，杨昭虽然兵强马壮，一时半刻之间断难攻取，我等不如退出昆明城，向南方发展，如何？”
众人颇为不舍，孙可望笑着说道：“各