由于引入盖伦船，忠勇军水军逐渐向现代水军转变，一个主要特点就是依靠船只，而不是人数组建水军各部。
忠勇军水军最大编制为营，一般由副将（参将）亲率，下辖一个炮船部，1个战船部，2个游击部，其主要编制为：
炮船部包括2艘盖伦船，6艘舢板船。
战船部，每部辖2艘车船，6艘长龙船，12艘舢板船。
游击部，辖10艘长龙船，20艘舢板船。
在东进之前，200吨盖伦船标准搭载人数为180人，车船标准搭载人数为100人，而长龙船为24人舢板船则为14人。
排水量在200吨的靖江级炮艇一般由把担任舰长负责指挥，含3个大队，一个为特混大队，指挥50名水手保证船只正常航行。2个佛郎机炮兵大队，各指挥左右两侧10门2号佛郎机炮以压制对方火力。
车船一般由一位大队长指挥，其排水量一般在100吨左右，有50名水手保证其航行，船上有10门虎蹲炮与1个中队的火枪手以压制对方。
一般情况下炮艇在远距离对敌进行火力压制，车船在近距离冲垮对方，长龙船、舢板船进行接驳站。
长龙船由一位中队长指挥，包括桨手十六人（可抽出六人扔震天雷），橹工四人，头工一人，舵工一人，炮手二人（操控虎蹲炮），共二十四人，其中头工一般担任船长。
舢板船由一位小队长指挥，包括桨手十人（可抽出2人扔震天雷），头工一人，舵工一人，炮手二人，共十四人，一般头工为小队长船长。
在东征之前主角已经组建水军三营，一营副将洪正龙，驻防丹竹口。
二营、三营总兵杨璟新，镇抚周正，驻防夔州府，以随时东出三峡。;