明朝后期朝廷最大的心病就是财政危机，这个现象缘于多个因素同时作用，一是税收拮据，二是灾难频繁，三是通货膨胀，这些情况在万历、天启、崇祯三朝尤其明显。
“税收拮据”主要因为税率一直很低，农业税本来就不高，商业税更是少得可怜，农民的负担本来不算沉重，但在朝廷收农业税时是收现银，所以收税期间往往会导致粮价下跌，从而导致农民贱卖粮食缴税，之后粮价恢复正常，如此一来即便不算重的税赋也会成倍增高，并且让商人从中牟取暴利，若是朝廷加农业税，那么只能导致这种现象更为严重，甚至会导致许多拖欠的现象。提高农业税增加了农民的负担，但对整个局面却没有根本性的改观，因为明朝中后期经济重心已经向工商业转移，农业发展处于停滞阶段而商业税收又实在少得可怜，所以朝廷要增加收入就必须增加商业税，但当时文官集团又和商贾相互勾结，甚至在一定程度上文官集团就是商贾的代言人，即便皇帝想加征商业税也会因为文官集团会的阻挠而难以达成，这就造成了明朝税收拮据持续的局面。
“灾难频繁”主要因为万历、天启、崇祯三朝正处于全球气候的一个“小冰河期”（littleiceage）。自1580年起一直到十七世纪中期是著名的小冰河期（littleiceage），几乎所有的太阳黑子消失了长达七十年之久，在这一段时间内宇宙射线的流量降低，而同时气候变冷，这是过去一万年间十数起类似情形中距今最近的一次，是人类有史以来最冷的。酷寒必将使降雨区域普遍南移，这导致了明朝全国各地几乎连年遭灾。先秦晋，后河洛，继之齐、鲁、吴越、荆楚、三辅，并出现全国性的大旱灾。万历、崇祯年间，旱灾变得越来越频繁，同时鼠疫也开始蔓延，波及华北数省的大鼠疫终于在山西爆发，明朝末年蔓延到了京畿地区，这直接导致了北京城的轻易被攻占。
“通货膨胀”主要是因为明朝万历、天启、崇祯三朝海外贸易庞大，出口的商品种类之多，数量之庞大，致使大量白银流入中国，葡萄牙学者马加良斯.戈迪尼奥形容中国如同一个“银泵”吸纳着全球的白银。《晚明社会变迁》中提到：“综合粗估结果，1570—1644年美洲白银总共大约有12620吨流入了中国”（相当于3亿3653万多两白银）。李隆生综合了庄国士、vonglaiki、bradingcroa等众多学者对于明季从日本流入中国的白银的数量估计得出一个平均值的结果：“明季由日本流入中国的白银为1亿7000万两”。综合美洲和日本的白银流量统计，明朝时期从海外流入中国的白银在五亿两以上。如此多的白银堆积在中国，必然导致各种商品的价格飞涨，在灾荒频繁的年月里粮价也随之而飞涨，造成了许多社会问题。
这三种原因的相互作用下，明朝的社会问题越来越多，形成了内忧外患的局面。由于海外贸易的刺激，明朝富庶的南方大片的田亩被用于经济作物的种植，粮食产量随之下降，北方大旱则导致粮食更为匮乏，粮价开始节节攀升，海外贸易收入激增导致的通货膨胀也加剧了粮价的上涨，粮价飞涨带动所有物品上涨。与之相对应的是，明朝中央财政却因为灾荒之年税收相应减少，又由于从海外贸易中赚取了暴利的商贾们开始资本主义萌芽阶段的发展，他们的实力越来越大，导致官办企业纷纷倒闭，朝廷就穷的更为可怜了。随着财政的进一步拮据，赈济和粮饷都成为空谈，而没有了赈济饥民就起事，没有了粮饷军队就哗变，许多农民军正是饥民和散兵组成的，所以明朝末期农民起义此起彼伏，而对于北方少数民族来说，一旦气候趋向严寒，部族和牲畜的食品供给短缺，为了生存三番五次劫掠农耕文明的明朝就不足为奇了，这就是明朝后期边陲频频吃紧的根本原因。
这一系列问题加剧了明朝军队的压力，而明朝军队的问题却更为严重，明朝军队实行屯田制，明朝军队的重兵集中在九边重镇，这九个边镇都在北方，北方受小冰河期（littleiceage）的影响频繁发生大旱，屯田的庄稼颗粒无收，军队的粮饷就成了问题，缺饷导致战斗力下降，军饷问题必须解决，由于屯田没有收成就只有买粮食，可买粮食也需要钱，本来国家税收拮据财政就困难，灾民要赈济，军队要粮饷，为了备战蒙古和后金这些北方民族的入寇劫掠不仅要招募新兵，还得置办军械、增发军饷，更要修筑防御攻势抵御入侵，这一切都要钱。
这个时期成为明朝异常困难的艰危时期，一面是粮价、物价飞涨，一面是朝廷财政收入锐减，但财政支出却飞速激增，这种局面下“财政问题”就成为了关乎明朝生死攸关的大局。这个大局应该如何对应到辽事的处理上就成为了关键，处理不当则可能祸及根本，处理得当能让大明王朝渡过这段艰辛的岁月，实际上就快要熬过去了，因为到了十七世纪中叶以后灾难逐步缓解最终恢复正常，明朝却只撑到了1644年。
《明史记事本末．崇祯治乱》记载了户部给事中黄承昊的上书：“……今出数共五百余万，而岁入不过三百二三十万，即登其数，已为不足，而重以逋负，实计岁入仅二百余万耳。”这是天启初年的事情，可见明朝财政危机是多么严重。
明朝为了边事加征辽响，崇祯更是对袁崇焕全力支持，崇祯凑足辽东的军