各军区的督军和大总兵定下来后其他的就简单了，大家商议了一下把军政处的文震孟、袁化中、魏大中、洪承畴、黄道周、侯恂六人全部派了出去，加上最早定在北京军区的倪元璐刚好一个军区一个监军。曹文诏、左良玉、祖大寿、刘兴祚等人也各派出去作副将，军参处张祥安、陈奇瑜都不动在京里当参谋，只有孙传庭在王永光的一再要求下被派去西北随军参谋，毕竟西北地方情况要特殊些。
年初时张静安和赵率教就带着人去了贵州，培训士兵外带传授修路、建房、修建新型农庄等技术，同时还把博学院中很多新培育出的农作物带去栽种，据说贵州、云南、四川等南方各省种植土豆、番薯、玉米等新品种的效果非常好。在军事和建设方面西南军区应该已经学到怎么做没有问题了，张静安到东南军区赵率教到南京军区应该也能够打开局面，唯独西北军区还没人去传授这些全靠马世龙在那里自己摸索。
本来辽东军区的袁可立跟刘兴祚在中前所也在培训士兵，但辽东离陕西太远只得就近培训直隶和山东的士兵，陕西那边一直是个空白。马世龙离开山海关后手中只有当年红山卫那帮犯了错误的人，这些人经过在皮岛短暂培训后去了嘉峪关，算是马世龙的开创班底。这些人一直在红山卫种田战斗力不怎么样，皮岛培训其间也多为灌输些忠诚方面的教育，何况南方人到了北方还有个水土不服的问题，所以马世龙经常跟军务院叫苦。
王永光跟孙承宗走得近，知道孙承宗欣赏马世龙于是也关注得多，开始本想讨好一下孙承宗就多提了两句西北方面的事，结果让天启认为他对西北边事感兴趣，西北军区督军的胆子就落在他肩上，这让他有苦难言。后来见人员分配定了需要自己先去嘉峪关实地考察，王永光知道自己不能再客气了，于是把西北军区士兵没有经过培训一事提了出来，天启一想也是个事，加上孙承宗从旁说话，就把考虑问题周到的洪承畴派去当监军，顺便多派了个孙传庭当参谋。
由于西北人马太弱，按开始推算的假如蒙古人吃了败仗要向西走，无论是为了抄近路还是抢补给都很可能进长城捞一把，为了到时候能制止住蒙古人，天启跟孙承宗商议后决定把曹文诏的三万轻骑兵派到西北军区去，同时将曹文诏和祖大弼都升为副将协助马世龙。祖大弼的锤兵经过不断增加现在也有三千人，他们中除了拿锤的还有的拿开山斧、大关刀、方天戟等重兵器，身批重甲准备在关键时刻与敌硬拼力气。曹文诏的人是清一色的快马砍刀以快取胜，两人轻重搭配应付敌人也能相得益彰。
等一切安排停当孙承宗问道：“皇上，你开始说到军情处，前几日听孙云鹤说皇上准备对他们进行分工，说是为了更好的跟内卫配合，不知道具体情况是什么？”
天启说：“是这样的，杨公春说内卫分为内务部和外务部两大部门，有时候有行动要与军情处联系时现锦衣卫负责情报的人内外不分，如此一来很容易耽误事。因为除了被派到各地对官员进行经济审察的人外内卫一般不出京，杨公春说需要军情处专门有人去外面替内卫办事，就像当年东厂要出外办事也需要锦衣卫调人过去协助一样。”
见孙承宗没有说话，天启笑了一下说：“先生不要担心，朕绝对不会让内卫变成另外一个东厂的，内卫创建之初朕就说过他们只管对官员进行有必要的监视和审察，绝对不会象原来的东厂那样随便抓人。不但是内卫，连锦衣卫中的诏狱朕都准备撤销了，有罪的普通人送刑部而官员就送大理寺关押审理，审理过程让大家都看得清清楚楚不会担心被牵连，朕正在考虑诏狱撤了后就让刘侨去军情处主管外务，先生既然问起就说说这样行不行？”
孙承宗说：“原来是这样，刘侨川西一趟立了功也可见可以担当重任，现在又跟杨涟杨大人和钱谦益去江南一带巡视各地锦衣卫，等他回来可以任命他做这件事。”
天启这时候说：“说起刘侨朕想起一件事，杨涟中途给朝廷送了封奏报，说现在各地的工场和矿山越建越多，而民间大户不得再增加田产，这种情况下农忙时就会出现田间劳动力不足的现象。杨涟提出两个建议，一是将女子组织起来集中做工，这样一来就可以把有体力的男子空出来抢种抢收，但监政院他们商议调查后现短时间不可行。杨涟的第二个建议是平时不管，只在农忙时让当地卫所军出来帮忙抢种抢收，不知道先生怎么看这事？”
孙承宗说：“臣听说过这事，也清楚出现这些问题的原因，以前大户们自己有田有矿有工场，人手不足时自己就可以调配。现在朝廷强行要求所有人家中的无论私田公田都得交税纳粮，而且还定了封顶田租只是在开矿和开工场方面要宽松些。种田和经商都有封顶利润只有工业上利润高一些，于是很多卖了田去搞工业，所以就出现农忙时田间劳动力不足的现象，因为没有人愿意自己的工人去帮别人种田。”
天启说：“本来朕也想到今后退役士兵越来越多后就把这些人组织起来，让他们进入大铁公司组建大农场，不过现在还没有那么些人退役就出现这些情况，确实有些没有想到。”
孙承宗说：“如果是短期行为应该没问题，民以食为天粮食问题是个大问题不容有失，卫所军完全可以在农忙时去帮忙收种。