黄道周变长途运输为短途运输的话一说，大家都明白过来了。在交通不便的情况下，这长途运输的亏损主要就在运送之人的吃喝花费上，把长途运输变为短途运输后，运送东西的民夫可以带点干粮吃自己，反正他呆在家什么都不做也得吃饭。为了提高这些民夫的积极性，可以在他们运送过一定数额后免除他们当年的徭役，再给他们一些银钱作补助，遇到这样的好事估计他们一个个睡着了都会笑醒。
大家又商议了一阵后，最后定下来先派人通知皇太极，说朝廷准备跟他们进行一次认真彻底的谈判，看他是什么态度。再派人通知蒙古插汉部的林丹汗，就两河口和大凌河沿线的双方兵力布置作个互相交底，免得再生事端或者被人从中挑事。先把水搅浑让女真人和蒙古人都摸不清明军的真实意图，在他们小心猜测疑惑求证过程中，达到拖延时间让其无从进攻的目的。
在原来围困叛匪的官军中，秦良玉据受重庆朱燮元占据贵阳蔡复一固守云南，三人手下加起来约有二十来万。不过这二十多万多为战斗力不强的弱旅，能面对面与敌拼杀而无惧意的强兵劲旅不过四五万，这种情况下固守应该没有问题但要进攻就很困难，即便歼灭敌人也会付出很重的代价。对这些人大家的决定就是原地固守不动，等赵率教的四万辅助兵和张静安的三万山地步兵到了后再说。
在对赵率教四万辅助兵和张静安三万战斗主力的安排上，大家的一致意见是同意侯恂和张祥安的安排，这七万人只当老师教人，真正做事的人从已经在那的十几万守备部队中挑选。想打仗的跟张静安的部队学习山地作战，不喜欢打仗的跟赵率教学习修路建房，两样都不喜欢的让他有多远滚多远。这样一来既可以训练出一批有用的人才，又可以保存实力好对付女真人和蒙古人，这几年的经过让大家明白了能打仗的军队才让人放心。
大致的安排完了后，孙承宗微微有些疲惫了，看着有些疲态的孙承宗，天启说：“先生辛苦了！”
说完天启对大家说：“孙先生已经安排得很周全了，不知道大家还有什么补充的没有？”
孙承宗也说道：“我也是将大家的意见作了个总结，有想不到的地方也正常，大家有什么话就说吧不要有顾虑。”
王永光笑着说：“孙大人智谋深远做事周密，下官一向佩服得紧，其他人有没有话不敢说，反正下官是只有佩服的份了。”说完还向孙承宗微笑致意。
孙承宗对王永光点了点头，低头喝了口茶说：“元璐好像有话要说，有什么就说出来听听。”
倪元璐轻咳了一声说：“军事上的安排恩师已经做得很周全了，学生想说的是另外的事。”
天启看着他说：“你有什么其他方面的事？跟这次平叛有关吗？”
倪元璐点头说：“臣认为有关，而且关系很大！”
天启说：“那你说来听听。”
倪元璐说：“奢崇明和安邦颜叛乱已经有六年了，他们之所以这么猖獗不是因为他们多能打，而是因为他们身后有很多人在支持，这种支持既是物力上的支持也是人力上的支持。换句话说朝廷的军队不是在跟几万叛匪打仗，而是在跟几十万受叛匪蒙蔽的彝族百姓打仗，长久的围困虽然消磨掉了叛匪的气焰，但也使广大百姓遭了殃。这些百姓之所以会跟随着奢崇明和安邦颜造反，吃不饱穿不暖是重要原因。”
洪承畴说：“倪大人的意思是只要我们给彝族百姓些粮食衣物，他们就会离开奢崇明和安邦颜让其成为无根浮萍？官军也可以很轻松地赢得战争？”
见洪承畴又对自己的话挑毛病，说倪元璐面无表情地说：“假如像洪大人说的那样给彝族百姓白送粮食衣物，那么平叛的过程还会延长，因为他们得到免费的粮食衣物后马上就会拿去支助叛匪。”
洪承畴不悦地说：“明明是倪大人在说官军六年没打胜是因为彝族百姓吃不饱穿不暖，怎么又成了我说的呢？倪大人究竟是什么意思不如说清楚点。”
倪元璐说：“下官是说过百姓之所以从贼造反，吃不饱穿不暖是重要原因，但并没说过要白送粮食衣物给人的话。俗话说捡来的娃娃用脚踢，白送的东西没有人会珍惜。但假如让他们通过辛苦劳动获得一定收成，能从这些收成中使全家人不至于挨饿受冻，暂时从贼百姓弃暗投明也不是不可能。”
天启说：“你的意思是给他们分田？这倒有点意思。”
倪元璐说：“皇上，分田分地只是一个方面，这样可以让彝族百姓解决吃饭穿衣的问题。但臣想说的是除了分田地外，还应该把博学院中的新品种粮食作物拿到四川贵州等地推广应用。”
天启想了想眼睛一亮，说道：“你怎么想到这事的？快说来听听。”
倪元璐说：“臣在博学院中跟人商议新型大炮之事时，偶然听人说起玉米、土豆、番薯等新品种粮食作物其实最适合在南方种植，现在朝廷在北方栽种其实并不能产生大效果。”
天启问：“南方水资源丰富适合栽种水稻小麦，北方缺水才栽种玉米、土豆、番薯等耐旱的新品种，北方产生不了大效果这是如何一种说法？”
倪元璐说：“臣听人说耐旱的作物也需要水，只不过需要得少些而已，北方如果滴雨不下的话玉米土豆等也载不活。大明南方的雾气中就含有水，不需要刻意去浇