在通过一番震撼人心、印象深刻的讲话，让玄门弟子明白为什么玄门要一次次进行制度改革之后，沈奇终于开启了玄门内部构建与制度的第三次改革。
首先，沈奇明确了玄门掌门之下第一层权司，传功、风纪、赏罚、后勤四大殿基本不变。但是，在这四大殿的基础上却又进行了更加细致的部门构建。
传功殿下，设内院传功司与外院传功司分别负责内、外院日常的武学传授。另外，玄门内部收藏秘籍的玄天楼也归到传功殿名下。
沈奇亲任传功殿主事长老，真传季长生负责具体事务，另设内、外院传功司司使各一名，执事若干，辅助处理传功殿日常事务，人员皆从内院选拨。
风纪殿主事长老还是叶红梅，郭重为风纪长老，真传廖霜、周岚、康虎协助处理日常事务。另在各府建风纪分堂，设分堂主一名、风纪使若干，皆从内院弟子中选拨。
在一州之地则建风纪总堂，设总堂主一名，执事数名，风纪使若干，统领州内各府风纪分堂。
赏罚殿主事长老为秦湘儿，李文曦为赏罚长老，秦湘儿真传第五雪、沈奇真传洪瑶、梁凉协助处理日常事务。
另在其下细分任务发布司、考功司、刑罚司、统筹司，各设司使一名，执事若干，人员从内院选拨。
后勤殿主事长老仍是楚蓦然，梦姬为后勤长老，从内院弟子中选取后勤执事若干，从内院弟子家属中选取管事若干，协助处理日常事务。
如绝壁山上灵田、灵池、药园、牧场、养殖场、大食堂等皆归属后勤殿；玄门治下各地灵玉矿、金矿等重要矿产，同样归属后勤殿。外院弟子皆需听从后勤殿征召。
第二层权司是炼丹房、听风阁。
炼丹房依旧由木缺负责，另由真传季长生以及木缺数位真传协助处理日常事务。
听风阁则是玄门的情报网名字，之前是由季长生负责，但现在沈奇需要季长生负责更多门派内部事务，便任命苏沐尘为新的听风阁阁主。
第三层权司需要负责管理玄门分散在领地内各处任职的弟子，如武道司、武学、武阁以及某些重要、敏感地方的治安司等机构的玄门弟子。
如果是各地机构去区分，管理上就很容易混乱，也不好协调。因此，沈奇在各府设立玄门分舵，在一州之地设立一个玄门总舵，进行统筹管理。
至于说各地的府衙、县衙，归政事堂管理，在中下层是完全和玄门分离开的。
玄门在地方上的第一个基本盘是武道司，第二个基本盘是武学，之后才是治安司。
武道司负责武者、武道门派的的登记造册、品级考评，是十分重要的事。因为这个世界武道昌盛，以武为尊，玄门必须密切各地武者具体情况。
武学相当于教育机构，重要性不必多说。
治安司负责一地治安，虽然大部分权利交给了当地武道门派，但玄门却不可以完全放手。必须通过治安司对各地武道门派的武力进行管控才行，否则就和武盟在这方面没什么区别。
至于各地总舵、分舵的架构，会成为玄门的缩小版，四大殿都会向其中派驻人员。这样一来，玄门道场这边只需要将学有所成的弟子按照各地所需的人数进行分配就行，只要不是重要职位和工作，这些弟子去了可以由各地总舵、分舵的四殿办事人员协调安排和管理。
这样一来，各地玄门总舵、分舵的舵主就成了重要的统领者，非常重要，自然是需要从内院弟子佼佼者中选择。
综合起来，沈奇制作出了一张条理分明的玄门职权架构图，让所有玄门弟子、门人都可以一目了然。
第一层自然是掌门，独一无二。
第二层则是主事长老。
第三层是普通长老、真传担任的职位，如听风阁主、炼丹房长老。
第四层是各司司使、各州玄门总舵主、总堂主、
第五层是四殿执事、各府分舵主、分堂主。
第六层就是各种基础的管理者了，如后勤殿管事、武道司司长、武学山长、牧场场长、养殖场场长等等。
而原先内院弟子分四等，再加上面一个内院执事，则被沈奇设定为与职权体系并列的另一个体系——玄门弟子基本品级与待遇体系。
这个体系只和玄门弟子的武道境界、实力有关，和处在什么职位无关。并且，一旦加入玄门，门派是以这个品级来发放基础待遇的，如每月伙食钱、每月应得丹药、在门派内居住什么样的房屋、配置什么样的坐骑、家人如果进入玄门内部又将得到什么样的待遇和被安排什么样的工作，等等。
首先是外院。
倒数第一层是三等外院弟子，标准是武道境界在后天五重至六重。
倒数第二层是二等外院弟子，标准是武道境界在后天七重至八重。
倒数第三层是一等外院弟子，标准是武道境界在后天九重至十一重。
接着是内院。
即倒数第四层是内院三等弟子，目前标准是武道境界在后天九重至十一重。
倒数第五层是内院二等弟子，标准是境界在后天十二重至先天一重。
倒数第六层是内院一等弟子，标准是境界在先天二重至三重。
倒数第七层是内院超等弟子，标准是境界在先天四重至五重。
至于执事之称，则从基础品级体系中消除，成为职位体系中一个名称。
内院弟子往上，便是真传、普通长老。