上有所好，下必应之。朱元璋提倡三教并用，其臣下随之极力鼓吹。宋濂号称明初文人之首，侍奉太祖左右，明太祖旨意，故对禅学也深信不疑，并对佛教的作用也称颂有加。他说："大雄氏之道，不即世间，不离世间，乌可岐而二之?我心空邪?则凡世间诸相，高下、洪纤、动静、浮沉，无非自妙性光中发现。苟为不然，虽法王所说经教，与夫诸祖印心密旨，皆为障碍矣。"明代学者罗钦顺称宋濂学问，"一生受用，无非禅学而已"，可谓一语中的。除宋濂外，明初学者中，主张三教合一，肯定佛、道功能者，颇有人在，诸如乌斯道称："佛亦赞天子之教化"；张孟兼则将道家世俗化，从而达到佛、道相融的目的；而陈琏则更将道、俗合而为一，认为道教虽以清净为本，"而未尝以捐绝世务为高"。如此等等，不胜赘举。
明成祖朱棣起兵靖难，夺取宝座，得佛教名僧道衍(即姚广孝)之力不小。于是即位以后，对佛教多有佑护。成祖朝时大量善书的编撰，说明三教合一的观念已得到朝廷的普遍提倡。如朱棣在《孝顺事实》一书中，显然已将儒家之孝道与道教的感应思想结合在一起。除《孝顺事实》外，明成祖还敕撰《为善阴骘》一书。通过"阴骘"观念，教化民众行善积德，从而使儒、佛、道在"阴骘"观念上趋于融合。而仁孝徐皇后所撰之《劝善书》，无疑是对成祖《为善阴骘》一书的回应，从而将儒、佛、道三教劝善之言熔于一炉。所有上述御制书或敕撰书，均以儒家的五伦甚或孝道为中心，别采佛、道劝善之言，以为佑护、佐证，儒、佛、道融而为一。综所周知，这些书籍陆续被颁发于天下学宫，为天下士子所必读。由此可见，它们对儒、佛、道的合流起了推波助澜的作用。
明中期。
王阳明在明代学术、思想史上具有举足轻重的地位，而在儒、佛、道三教合一观念的流衍或变迁中，王阳明更是起到了至关重要的作用。在他以前，固然明太祖、成祖倡导三教合一，亦有学者宣扬三教合流。然究其本质，不过是藉佛、道的威慑作用，暗助王纲。所注意的是佛、道的善化功能，所采用的方法亦不过是流于表面的援佛、道助儒。而王阳明则不同，他是援佛、道入儒，创制心学，其影响及于整个晚明思想界。尽管阳明集子中也不乏辟佛之言，而其根本则由王门后学陶望龄一语道破天机，即"阳抑而阴扶也。使阳明不借言辟佛，则儒生辈断断无佛种矣。今之学佛者，皆因良知二字诱之也"。阳明学术得益于佛、道二氏之处颇多，尤其与禅宗的关系更深。他的心学，即由禅宗"即心即佛"发展而来，而禅宗关于"定"与"慧"的关系问题，更为王阳明"寂"与"照"的关系所取代。此中关系，明末清初学者张履祥已洞察秋毫："三教合一之说，莫盛于阳明之门。察其立言之意，盖欲使墨尽归儒，浸淫至于今日，此道日晦，彼说日昌，未有逃禅以入儒，只见逃儒以入释，波流风煽，何所底极!"[2]明晚期。
事实确乎如此。王门后学，大多逃于禅释，主张三教合一。在晚明，以王门后学为中心，再有其他一大批学者与之呼应，三教合一之说一时甚嚣尘上，甚至其影响及于科举考试的八股文字。为叙述方便，下举罗汝芳、王畿、袁黄、李贽、屠隆、陶望龄、陶睾龄、公安三袁(袁宗道、袁宏道、袁中道)、竟陵派钟惺、李元阳、管志道、焦竑、林兆恩等人为例，以考察晚明三教合一之风在学术界的流行。
据明人记载，罗汝芳深嗜禅学，家中方僧常常满座，以致"两子皆为所诱，一旦弃父母妻孥去，莫知所终"。王畿虽曾区分儒、佛之异，更深究王学与养生家言的差别，然无论从其为学过程抑或部分宗旨来看，也不得不借重佛、道。他曾说："吾儒极辟禅，然禅家亦有不可及者。”
在明末，袁黄与李贽均是妇孺皆知的人物，他们的学说已深入人心。究他们两人的学术特点，事实上也是"混佛老于学术"，儒、佛、道三教熔于一炉。正如明末学者张履祥所言："近世袁黄、李贽混佛老于学术，其原本于圣人之道不明，洪水猛兽，盖在于人之心术也。"袁黄的出名，其实就是他所作的《功过格》一类善书，而此类善书的中心思想，仍是报应、阴骘，其根本则是儒、佛、道三教合一。而李贽更是断言："儒释道之学一也，以其初皆期于闻道也。"屠隆自称好谈二氏，对佛、道均持肯定的态度。他认为佛"宣教淑人，亦辅儒者之不逮"；他专写《十贤赞》一篇，首列老庄，称老子为"吹万布德，真人是储"。
陶望龄、陶睾龄兄弟对佛、道二教揄扬甚力。陶望龄在参禅方面追求的是"真参默识"，并对当时京城官场中以"攻禅逐僧"为