对于割据一方的四川明军，则采取军事进攻和政治招抚的双重手段。占据保宁、顺庆南明川陕总督樊一蘅就接到了宋友亮以鸿德皇帝名义出的圣旨。
一个是北京的鸿德皇帝，一个是南明的弘光皇帝，似乎都是大明正统，樊一蘅一时难以抉择，于是他赶紧找来自己的部下游击马应试商议，游击马应试是个武夫，哪里能出得主意？于是只能找来之前与顺庆豪杰倡义，建‘中兴’赤帜于江浒，数日众至十余万，军声大振。贼卷甲遁，恢复顺庆十余城的举人邹简臣。
邹简臣看了宋友亮的书信和圣旨，莞尔道：“恕我直言，如今天下局势，就像当年的靖难之役一样。但是以我所见所闻，宋友亮本领不在成祖之下，而弘光皇帝更是远逊建文，因此南帝绝对不是北帝的对手。”
樊一蘅笑道：“简臣啊，这我还看不出来吗？可如今两面都是明室正朔，那我该听哪边的好呢？是北还是南？要不这样，我也效仿靖难之役时的人，回一份书信，就说我是大明的大臣，如今天下二帝，所以不知所措，等天下只有一帝的时候，只消一份公文，我便去跪领谢罪？”
邹简臣笑答：“大人你自己都说了，都是正统，那投哪边都不算投敌，依我看，还是从了北面的好。与其到那时去谢罪，不如早早做了从龙之臣。”
邹简臣有看了看游击马应试，问道：“马将军以为如何？”
游击马应试觉得邹简臣说的话有道理，便点头说道：“末将也觉得邹举人的话有道理。”
樊一蘅郑重其事地点了点头，“好吧，我这就准备准备。咱们去重庆~”
随着樊一蘅的归降，占据綦江的明将王祥，盘据黎雅的参将杨展、川西的松潘副将朱化龙等也纷纷投降了宋友亮。同时，宋友亮派出大军对摇黄十三家和李自成余部西山十三家进行清剿，摇黄十三家中最大恶疾的十多个头领都被俘虏，随即押到重庆，宋友亮在重庆举行了几十万百姓参加的公审大会，历数这些土匪的恶行之后，将他们斩示众。
然而南大学士，总督川、湖、云、贵军务，专办川寇的王应熊却不愿归降，宋友亮便派人将他礼送出境。
四川归入北明囊中，在南明引起了极大的震动，马士英怂恿江北四镇试探性地攻击山东和河南的北明军队，但是都大败而归。马士英又派左梦庚进攻江西，左梦庚阳奉阴违，气得马士英也毫无办法。
天下人这时都能看出来，大明的天下即将为北京鸿德皇帝所有。
这时，一直蛰伏福建老家的洪承畴也来到了福建总兵府，拜见郑芝龙。“飞虹将军别来无恙？”洪承畴用闽南话问候郑芝龙
郑芝龙笑答：“吃得下，睡得好，这不，都胖了一圈了。亨九兄到时清减的很啊！”
洪承畴笑道：“是时候咱们上船了吧？”
郑芝龙笑道：“安国公催了多次了，你就是不肯去，再不去，可就赶不上躺了！”