从楚云儿那里回来的石越紧接着就引起了四月份的一场风暴。因为唐棣等人还没来得及接到任命，这也让他们在这场风暴依旧担任着助手的角色。
熙宁三年的四月，本来应当是一个春暖花开的季节，但是从另一个角度来看，这个季节却也是个多事的季节。在朝廷中，王安石开始了对御史台新党异议分子的大清洗，自御史中丞以下，一大批台谏官员被皇帝赶出了朝廷。而在民间，则是刚刚出版《论语正义》、拒绝赴博学鸿儒科考试的石越，再次刊发了惊世之作——《疑古文尚书伪作论》。
〔作者按：《尚书》又称《书经》或《书》，在某种意义，是中国最早的政治典册集，据说保存了上古三代到夏商周三代的一些政治资料，历来是中国的重要经典，儒家更是奉之为“五经”之一。因为秦始皇焚书，又历楚汉战乱，几乎失传，到了西汉初年，才由政府派专人到一些仅存的《尚书》专家那里，由那些老先们背诵，专人抄写，整理成文，后来被立为五经之一，因为是用西汉的文字写成的，所以叫《今文尚书》，《今文尚书》一直流传下来，都是西汉整理的版本。而所谓《古文尚书》，是西汉孔子的后代孔安国在他自家的墙壁里发现的，因为用更古老的文字写成，所以叫《古文尚书》。《古文尚书》孔安国版本，也是真的，因为《今文尚书》是整理出来的，所以实际上还不如《古文》全。但是因为种种原因，《古文尚书》后来失传了，到了东晋才有人又献上一部《古文尚书》，这一版却是假的了。东晋以来流传下来的，自然都是假的《古文尚书》。这是经学界有名的一桩公案。——这一段介绍请不要计入收费字数中。〕
这本书的内容，疏证》和惠栋《古文尚书考》的主要内容，证明东晋梅本《古文尚书》是伪作。另外还一部分内容更是直接攻击《今文尚书》除开《西周书》之外，也全部是后人伪作。
这本书就是石越和唐棣等人自《论语正义》之后一直在做的事情之一，当时今古文《尚书》并没有分开，一直是合在一起出版的，要到朱熹才开始慢慢怀疑到今古文《尚书》，便把今古文《尚书》分开来讲。此时石越直接攻击《古文尚书》是一本伪作，而《今文尚书》则大部分是战国人写的伪书，如何可以不引起轩然大波？石越费尽心思弄出这本书，并公开刊发的目的，一则是为了进一步确立自己在学术上的地位；二则是想要颠覆当时人们对上古三代的认知，关于三代最原始的资料出自于《尚书》，一旦《尚书》的真实性被质疑，那么其权威必然大大下降，而石越便可以重新解释经典，构建一个新的上古三代；三则是引发一点疑古的思潮。
如果说《论语正义》一出来，是赞扬远远多过批评的话；那么《疑古文尚书伪作论》一出来，便是让许多人目瞪口呆，舆论几乎是短暂性失声。而等到最初的惊愕之后，留给众人的，便是一种复杂的心情。《古文尚书》之伪几乎是无法辩驳的事实了，反正是东晋人献的，不是什么古以有之的东西，大家也能平静的接受。但是对《今文尚书》的质疑，却未免有证据不足之嫌。一时间批评的声音都是针对《今文尚书》部分而来，其中攻击得最卖力的，便是*凤。只不过他的反驳，完全是一篇对石越人品的责难，在学术上实在没有太多的意义。而石越对《今文尚书》某些部分是否伪作，并未给出定论，这些反对的声音没有引来石越的辩护，反而引来了不少著名学者的辩护。
《疑古文尚书伪作论》的出版真正引发了一次学术界的大讨论，其直接结果就是朝廷明示天下，从此考试不再考《古文尚书》；其后遗症是今文经与古文经的战火，由此重新点燃，这是石越所始料未及的。
但是四月的风暴并非仅此而已。在四月下旬，石越第一部真正意义上自己创作的作品《三代之治》出版。这本书全文不到五万字，是一部乌托邦式的著作，以复兴上古三代（尧、舜、禹）的名义，讲叙了一个理想化的世界，包括社会、文化、政治制度等等诸方面的内容。石越与苏东坡所谈的民主议会的思想，便反映在这本书中。其中心思想无非是天子是受命于民，而非受命于天，得民意者方能治天下，又指出天子最可倚重的，不是士大夫，而是老百姓……
石越先空洞化对三代的记载，然后对上古三代进行自己的解释，借三代的名义抢占对儒家经典的制高点，再辅以对儒家经典的重新解释，完成对儒家学说内部的改革——这是后世对石越的种种行为的解释。当时的宋代，在文化上实际上和汉武帝时代的情形非常相像，经学经过两晋之变，在唐代复兴，却又慢慢让位于诗赋，到五代士风沦丧，可以说在宋代迟早要有一种新的学说来占领思想界的王座，这完全是一种客观需要。所以先有所谓古文运动，然后有王安石的三经新义，最后有朱熹完成的理学……群雄逐鹿，最后理学捷足高登，主导中国数百年的思想史。此时石越的作为，不过趁古文运动已到最后的辉煌，正准备完成它对晚唐以来艳丽的文风最后一击，而王学尚未问世，理学影响未大之际，趁虚而入，以一系列的新说，加入到这个思想界王座的竞争之中。
在《三代之治》的序言之中，石越提出来“复古、朴实、求是”三原则，继承古文运动的精神，他公