三人继续着旅行，而路上小智受到了大木博士的电文，给博士打了一个电话，问了自己的神奇宝贝的一些问题，而博士也因小智收服到迷你龙、哈克龙和化石神奇宝贝而对小智说了好多的废话，不过最后最主要的是给小智升级了几乎没用过的图鉴，几天后的路上，波克比也在小霞的期待中诞生了。
“啊，好可爱，波克比你好啊”，“叫尅布哩~”，波克比高兴的叫道，就这样小霞收服了波克比，然后传回了蚊香蝌蚪。
而这天，小智、小霞和小刚三人继续向着红莲道馆前进，而路上碰到了一位大叔要求进行神奇宝贝的对决，小智当然是来者不拒。
“上吧，铁甲犀牛”，大叔派出的神奇宝贝是铁甲犀牛。
“妙蛙种子，就决定是你了”，而小智这边则是派出妙蛙种子来应战。
“铁甲犀牛，使用猛撞攻击”，大叔率先下令说，然后铁甲犀牛就向着这边冲了过来。
“皮丘~”，“叫尅~”，“啊——，大地在震动，好像发生地震了耶”，就在铁甲犀牛冲过来的时候，大地也跟着开始震动，小刚抱在一颗树上颤抖的说，“铁甲暴龙的猛撞是很厉害的，要小心啊，小智”，小刚最后还不忘嘱咐小智要小心。
小霞也扶着一棵树，“这只铁甲犀牛的等级好高啊”。
“妙蛙种子，藤鞭跳跃，借力打力，使用飞叶快刀”，看着铁甲暴龙向妙蛙种子撞了过去，小智对妙蛙种子下令说，然后就看见妙蛙种子用藤鞭跳跃躲开了铁甲暴龙的攻击，随后在空中使用了飞叶快刀，铁甲暴龙由于惯性还在继续朝前奔跑，飞叶快刀命中了，使铁甲暴龙更加向前冲去，并且撞到了地上，伤害很严重。
“铁甲暴龙，振作啊”，大叔没想到会是这种情况。
“好，妙蛙种子最后一击，藤鞭”，妙蛙种子用力的使用了藤鞭，抽打在了还倒在地上的铁甲暴龙的身上，草系对地面系和岩石系效果拔群，铁甲犀牛中了两招效果拔群的招式后失去了战斗能力。
“妙蛙种子干的好”，小智赢得了胜利后也不忘对妙蛙种子说。
“哒呐~”，可是就在这时，妙蛙种子痛苦的呻吟着，“妙蛙种子，你没事吧，我马上送你去神奇宝贝中心”，小智看到妙蛙种子背上的种子开始发光，但很痛苦，虽然知道应该是妙蛙种子要进化了，可是在这儿还是有很多事情和动漫不一样的，小智也不敢冒险，所以说完就抱着妙蛙种子向神奇宝贝中心冲去。
“小智，等等我们”，“皮丘~”，而小霞、小刚和皮丘也立刻赶了上来。
终于在傍晚，小智等人赶到了神奇宝贝中心，并且把它交给了乔伊小姐检查。
“你的妙蛙种子没事，只是开始出现进化的征兆罢了”，在认真检查后，乔伊对着焦急的等待着的小智说，。
“它没事就好”，小智怕他现在的妙蛙种子也不想进化，所以没有表现出非常兴奋，只是这样说，小智很顾忌自己的神奇宝贝们心情，他们是自己的伙伴。
“妙蛙种子进化之后会进化成妙蛙草，你们看”，乔伊把小智等人带到窗户边，指着窗外说。
“啊~，跟刚才一样”，这时小霞看着外面很惊讶。
“刚才是指……”，而小刚则是有点不解。
“刚才妙蛙种子被送进来的时候，花瓶里的花就突然开花啦”，继续看着外面草丛开花，小霞有点陶醉。
“花朵发出亮光了”，这时小智看着发出亮光的花朵很是高兴的说，“皮丘~”、“叫尅布哩”，皮丘和波克比也高兴的叫着。
然后就听乔伊小姐说了妙蛙种子的传说，原来是到了某个时期，妙蛙种子就会从各处涌来，聚集在一块，举办进化的庆典。
“看来我们是迎接了重要的时刻了”，小刚听到后发出感慨。
“进化是在哪里发生的？”小霞这时突然问道，看来很是想知道进化的场地，毕竟这是一大奇迹啊。
“在被称为不思议花园的地方哦”，乔伊笑着解释说。
“不思议花园”，小刚重复说。
“可是到目前为止从来都没有人见过那个地方，所以甚至被认为是幻影呢”，乔伊继续解释说。
“我相信不思议花园一定在某个地方”，这时小智肯定的说道。
吃过晚饭后，小霞和小刚开始休息，不过小智知道妙蛙种子要去不思议花园，所以没有睡觉，一只看着外面，就在这时，小智看到了他的妙蛙种子出了门然后朝着花粉流动的方向去了。
“小霞，小刚，皮丘快醒醒”，小智立刻去喊醒小霞他们。
“怎么了小智？”，“皮丘~”，小霞揉着眼睛说，正睡得香呢。
“我的妙蛙种子跑出，而且很是着急。
“什么，那我们赶紧去追吧”，听到这，小霞立马来了精神，她也很担心妙蛙种子，都一起旅行这么久了，和所有的神奇宝贝都是有感情的。
“嗯，我们出发”，小刚也同意的说。
“妙蛙种子到底到哪里去了，我们要怎么找啊”，出来神奇宝贝中心后，小霞不知道要怎么办了。
“跟着花粉飘动的方向走，就可以了”，小智则是随后说，然后大家就向前追去。
“这是什么”，就在大家跑了一段时间后，就看到四周突然出现了许多的藤蔓，小刚看到后惊讶的说。
“你们看，藤蔓要把前面的路堵塞起来了”，小霞看着前方这时也立刻说