古文献记载并没有解决十二生肖的文化源头问题。南宋理学大家朱熹曾向大弟子蔡元定询问，”十二相鼠，起于何时，首见何书?”蔡元定膛日结舌，不知如何作答。事实上，古今学者对此问题，一直是众说纷纭。>
二八星宿说
古人将黄道与赤道附近的恒星分为二十八个星座，即“二十八星宿”。二十八宿也分别代表一种动物。中国古代有十二辰之说，将周天等分为十二分，用十二支来表示，而十二支又有生肖属配，有人认为生肖与二十八星宿存在对应关系。[6]?明代大学士王鏊认为，以二十八种动物配属二十八星宿，并“以七曜统之”，所成“女土蝠，虚日鼠，危月燕，子也”的格局，是十二生肖的起源。[6]?清代李长卿在《松霞馆赘言》认为，二十八宿配动物“即前十二属加一倍者也“，“亢金龙，辰官也，角木蛟附焉。蛟，龙类也”的句式，也体现十二生肖作为基础，凑齐二十八种星宿动物。[6]?但该说难免有附会成分，因为二十八星宿配动物的记载要晚于十二生肖的记载。
岁星说
木星在黄道上运行，每十二年为一周天，只要看木星所处的位置，便可确定年度的支序。按照《玉函山房辑佚书》记载，每十二年中，“三岁穰，三岁毁，三岁康，三岁旱”，即三年风调雨顺，三年水灾，三年风调雨顺。三年旱灾。还有一种说法是“天下六岁一穰，六岁一康。几十二岁一饥”。[5]?人们又进而研究出在不同年份造成地球上某种动物适宜的环境，使地球上的植物形成周期性的兴衰。从而使食草类动物（鼠、牛、马、羊）和肉食类、杂食类动物在不同年份的生活条件大不相同口”，并认为，“如果不同年份出生的人能够模仿当年适于生长的动物，便有益于他的成长。”而这些动物便成为他的生肖动物，并以此推定各种动物的兴衰与木星年有关，十二生肖、十二辰、十二地支三者是统一的。>
图腾说
在原始社会中，先民常用某种动物、植物、无生物或某一自然现象的图形作为本氏族的保护神和标志，即称之为图腾。《山海经》中所记述的诸如人面马身、人面牛身、人面羊身等神抵形象，就是远古时代各个地区的图腾神。[8]?一般认为。夏族的图腾是熊或鱼，商族的图腾是玄鸟，周族的图腾则有龙、鸟、龟、犬、虎诸说，不一而足。[9]?纵观十二生肖，除龙为虚幻之物，其他十种皆是人们日常所不难见到的。这其中有可分为两类，即“六畜”（马牛羊鸡狗猪）和“六兽”（鼠虎兔龙蛇猴），前者是人们为了经济目的而驯养的兽类和鸟类，后者则是与人类联系密切。一定程度骚扰人类生活，先民对其心生畏惧的动物。[10]?因此人们把这些动物作为本氏族的名号、标记，进行祭拜、崇拜。
民族学学者刘尧汉从彝族的原始图腾遗迹，反推所谓“十二兽”历法的来源。桂西彝和毛道彝的十二兽历法不约而同地皆将人与纪历十二兽同列，认为“是原始人人兽不分的思想意识在现实的遗留”。至今我国彝族仍用十二兽历纪日并且具体用于集市、集场之名（如虎街、兔街）的习俗。[11]?《史记.五帝本纪》记述黄帝“教熊罴貔貅躯虎,以与炎帝战于阪泉之野”，文中所言是各部落图腾的名称。绝非真有降龙伏虎的本事。十二生肖来源于原始社会的图腾崇拜，并非无稽之谈。
外来说
郭沫若有《释干支》一文。他认为中国的十二生肖源于巴比伦人的黄道十二宫，具体途径就是汉代西域诸国仿照十二宫而造十二生肖。[12]?而古希腊、古埃及、巴比伦等古国。也有类似的十二生肖，只是动物不同，由此证明中国的十二生肖也许并非首创。但随着秦简的出土，该说法不攻自破，且世界各国都出现类似的动物崇拜，反过来加强了图腾说的合理性。
我国古籍中记载，古代的中原地区，最初使用的是“干支纪年法”。同时，也有采用地支配合十二种动物来简单纪年。到隋朝时中原历法传至中国西北地区的游牧民族，他们在历法的纪年上仅吸收了十二种动物纪年法。因此才有《唐书》中记载：“黠戛斯国以十二物纪年，如岁在寅，则曰虎年”。另外，《宋史.吐蕃传》中也记载说，吐蕃首领在叙事时，以物纪年，所谓“道旧事则数十二辰属日，兔年如此，马年如此”。正像清代赵翼在《陔余丛考》中指出的那样，“盖北俗初无所谓子丑寅卯之十二辰，但以鼠牛虎兔之类分纪岁时，浸寻流传于中国，遂相沿不废耳”。这种关于12生肖来历的解释，已经被许多人认可。
另外，关于12生肖来历的说法还有：洪巽的《阳谷漫录》中说，12地支中位居奇数者，以动物的指或蹄也为奇数相配，如子位居首位，与它相配的鼠为5指，地支中居偶数位的，则取相属之偶数以为名，如牛与丑相配，为>
明朝叶世杰在《草木子》中，把12生肖的来历解释为：术家以12肖配12辰，每肖各有不足之形焉，如鼠无齿（无磨牙）、牛无牙（无尖牙）、虎无脾、兔无唇、龙无耳、蛇无足、马无胆、羊无瞳、猴无臀、鸡无胃、犬无胰、猪无眉、人则无不足”。它们最大特点都看不到眉毛。
明朝大学者胡俨撰写的十二生肖诗，不仅依次嵌入生肖名，而且一名一典，颇有情趣。诗云：鼷鼠饮河河不干，牛女长年相见难。赤手南山缚猛虎，