在萧震雷解决北洋第五镇靳云鹏残部的这几天时间里，孙文已经于1912年1月1日这一天在南京就任南京临时政府大总统一职，孙文提议由正在前线的萧震雷当任副总统并请17省代表举行选举通过，萧震雷得到电报之后回电婉言谢绝，说自己参加革命的资历尚浅，能力又不足，实在难以堪当大任，建议由鄂军都督府都督黎元洪当任副总统，武昌是首义之地，应当考虑到首义功臣们的情绪，予以尊重。
孙文、黄兴等人和17省代表们回电给萧震雷，高度赞扬了他的高风亮节，然后推举黎元洪为副总统。
接着各省代表团也联名致电黎元洪：“各省代表会于元月二日决议，选举临时副总统，即于三日上午十时开选举临时副总统大会。我公当选。除通告全国外，并由本会特派员赍各省代表签名书敬呈钧鉴！兼表欢迎。”
南京临时政府也致电黎元洪：“今日参议院选举副总统，经全数投票，举我公充任。共庆得人，谨为中华民国前途贺。”
1月1日晚十点。孙文就任临时大总统一职，宣告中华民国成立。并在大会上发表誓词：“倾覆满洲**政府，巩固中华民国，图谋民生幸福。此国民之公意，文实遵之，以忠于国。为众服务。至**政府既倒，国内无变乱，民国卓立于世界，为列邦公认，斯时文当解临时大总统之职。谨以此誓于国民。”
可是他拟定内阁名单之后，他就想起来自己把萧震雷和铁血救国党给忘了，他遇到了难题，按理说他是希望由黄兴来出任陆军总长兼参谋总长，毕竟黄兴的资历摆在这里。可现在革命军大部分兵权都掌握在萧震雷的手里，不仅如此，临时政府所在地也是萧震雷的地盘，黄兴手上并无兵权，如果让萧震雷任陆军总长兼参谋总长。恐怕黄兴心里会不舒服，其他同志也会有所不满，可如果让黄兴出任陆军总长兼参谋总长，军队会不会因此而不满？要知道现在革命尚未成功啊！
想来想去。孙文睡不着，将黄兴等人叫到自己的房间商量，就陆军总长的事情询问黄兴等人的意见。黄兴本人倒是不在乎陆军总长的位置，他道：“我于革命本身并无多少贡献。顶多就是多在外奔走了数年时间，相比萧寰宇率军北伐。光复神州沃土而言，我所做的实在太少，以我看，就任命萧震雷出任陆军总长一职吧？我愿为次长”。
同盟会其他人虽然有些不情愿，但当事人黄兴都这么说了，他们也不好再反对。于是孙文让人给萧震雷发去一封电报，任命他为陆军总长。
萧震雷接到电令时正在与杨度拖时间，他看了电报之后让人回电说自己从军经历尚浅，指挥战斗的经历和经验都不足，而且年纪太轻，无法服众，电报上还说黄兴指挥过多次革命起义，在全国乃至全世界的军事界都享有崇高的威望，他推举黄兴为陆军总长，自己愿意为次长，否则不受！另外他推举萨镇冰任海军总长，程璧光为海军次长，汤芗铭为巡洋舰队司令，由于程璧光尚在国外，由汤芗铭暂领。
萧震雷的谦让再次赢得了革命党人和南方立宪人士们和各省代表们的高度赞扬，一回歉然没什么，别人也许猜测他是假惺惺作态，可连续两回谦让，这就不是嘉惺惺作态了，这是真正的尊重革命元老和前辈。
于是孙文当即任命黄兴为陆军总长，任命萧震雷为陆军次长兼参谋总长。内阁九部九为部长和次长当中，同盟会、铁血救国党和立宪人士各占了三分之一。
萧震雷看到回电之后当即任命蒋百里为参谋部次长，让他率卫队南下南京组建总参谋部。
萧震雷之所以不当这个陆军总长，是因为他早就知道南京临时政府没钱，在光复南京的时候，张人骏、张勋、铁良等人早就把官府的官银卷走，再加上同盟会林述庆等率先入城又进行了大肆收刮，临时政府哪里还有钱？临时政府新上任的薪水都发不下来，各省当然不可能把财权交出来，既然没有地方政府的财政支持，临时政府又没有存款，政府机构要运作起来就困难重重，毕竟谁都不可能高尚到把自己家钱拿出来倒贴。
既然政府官员们都发不出薪水，军队的军饷等费用就更加筹措不出来了，当任陆军部总长这个职位完全就是坐在火炉上，军队要军饷当然只找陆军总长，萧震雷才不会傻到坐在火炉上烤。
何况他早就知道跟同盟会合作，完全就靠不住，同盟会内部斗争激烈，太过复杂，与这些人合作不仅得不到任何好处，反而会被他们拖后腿，既然同盟会想当老大，萧震雷就决定让他们当老大去与袁世凯干架，等他们干不过袁世凯纷纷跑路之后，他再来收拾残局，到那时候再重新组建政府，就没有人再拖后腿说闲话了。
与杨度的谈判拖拖拉拉进行了三天后，萧震雷才一本正经的与他展开谈判。现在靳云鹏的第五镇已经彻底没了，在通往京城的路上已经没有能够足够抵挡联军的军队了，萧震雷甚至可以一直打到紫禁城，不过后勤上不允许，而且经过这一个多月高强度的作战，将士们都极为疲倦，必须要让部队休整，否则很容易出事。
1912年1月5日，萧震雷正式坐在了杨度的对面，杨度代表袁世凯与萧震雷展开谈判。
实际上，袁世凯一开始只是认为萧震雷是个不错的军人，并且他找到蔡乃煌当后台。蔡乃煌便将此事报告袁世凯之后，袁世凯派人对萧震雷