南书房
1677年，康熙帝设立南书房，起初是为了与翰林院词臣们研讨学问，吟诗作画而设。由于南书房“非崇班贵檩、上所亲信者不得入”，所以它完全是由皇帝严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令，这使南书房“权势日崇”。南书房地位的提高，是康熙帝削弱议政王大臣会议权力，同时将外朝内阁的某些职能移归内廷，实施高度集权的重要步骤。
军机处
1729年，清军在西北与准噶尔蒙古激战，为及时处理军报雍正帝始设军机房，雍正十年改称军机处。乾隆帝即位后安排数位“总理事务王大臣”进入军机处，故改名总理事务处。1737年，乾隆服满亲政，总理事务王大臣等自请罢职，恢复军机处名称，自此遂成定制，军机处成为直接对皇帝负责的核心权力机构，满洲议政王大臣会议的地位更被削弱至几乎可忽略不计，政治权力全部掌握在皇帝手中，成为清代中央集权制度的顶峰。直至1911年四月初十清廷宣布成立“责任内阁”，军机处废止
军机处外景
清朝责任内阁
宣统三年四月初十（1911年5月18日），清政府宣布废除军机处，实行内阁制，任命内阁总理大臣和诸大臣组成内阁。由庆亲王爱新觉罗·奕劻组成中国历史上第一个现代意义上的内阁。然而，由于内阁成员中过半数为皇族或满人，又被称为“皇族内阁”。该内阁在辛亥革命后倒台，由袁世凯组成的新内阁所取代。
执行机关
六部（吏、户、礼、兵、刑、工）为清朝最高执行机关，各部长官称尚书，副长官称侍郎，以前尚书均由满人担任。1644年规定尚书及侍郎满、汉各一。
清朝前期重要官员
在六部之外和六部并立的中央行政机构有：大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、国子监、钦天监、翰林院、太医院、理藩院、宗人府、詹事府、内务府、都察院。清朝官员等级分“九品十八级”，每等有正从之别，不在十八级以内的叫做未入流，在级别上附于从九品。
刑律
1647年，《大清律例》编修完成。《大清律》基本上承袭《明律》的内容。后经康熙、雍正两朝屡次增删，并于雍正五年公布。但清朝最经常起作用的是例，而不是律。胥吏都谙熟例案，常可执例以压制长官。清廷对各少数民族地区还有各种特订的法律，如蒙古族有“蒙古律例”，维吾尔族有“回律”，藏族有“番律”等等，以加强对各少数民族人民的统治。
光绪三十三年修订法律馆“专以模范列强”为宗旨，制定大清新刑律草案。草案分总则、分则两编，主刑、从刑两类；并制定了有关国交、选举、交通、通讯等方面的犯罪条款，确立了缓刑、假释的制度。在新刑律颁行前，修订法律馆删修大清律例，以《大清现行刑律》作为过渡，于1910年颁行。
军事
八旗
清前期清军主要分为八旗和绿营二种。八旗制是努尔哈赤在女真牛录制的基础上创立的一种兵民合一的制度。八旗又分为满洲八旗、蒙古八旗、汉军八旗。旗设都统（固山额真），由中央八朴诩统衙门掌握，地方督抚无权征调。1650年，顺治帝对八旗制度进行改革，由自己亲自掌握正黄、镶黄、正白三旗，形成了“上三旗”和“下五旗”，改变了以前八旗由不同王公掌握的局面，同时加强上三旗的实力，满洲议政王大臣会议的权力有所削弱。
八旗军旗
绿营和团练
绿营兵，主要是清兵入关后收编的明朝降军和各省改编的队伍，用绿色军旗，故称绿旗兵或绿营兵。兵种有马兵、步兵和水师。在各省者，由总督、巡抚、提督、总兵等所统辖。
清中叶以后，又有汉族地主自募自练的团练乡勇。后因太平天国运动兴起，由于八旗长期由政府供养，游手好闲，不习武事，逐渐丧失了战斗力，在镇压太平军时屡败，于是各地地主团练武装迅速发展，曾国藩的湘军便应运而生。还有李鸿章组织的淮军，左宗棠的楚军等，这些地主团练武装后改编为练军与防军。