1616年，努尔哈赤在赫图阿拉建国称汗，国号金，史称后金，建元天命，起兵抗击明朝。1618年，努尔哈赤发布“七大恨”，誓师伐明。1619年，明朝在萨尔浒之战惨败，几年间丧失辽东七十余城。
1621年，努尔哈赤攻占辽阳、沈阳。1625年春，努尔哈赤迁都沈阳。当年农历三月三日在拜祭祖陵后，便率亲族百官自东京（辽阳）起程，夜宿虎皮驿，翌日抵沈阳。从此沈阳成为后金的统治中心。不过，努尔哈赤在1626年的宁远战役中被明军的大炮打成重伤，不久逝世。
建立大清
努尔哈赤死后，第八子皇太极继位，继续对明朝展开攻势，并联合蒙古各部，势力不断扩大。
1635年，皇太极废除旧有族名“诸申”（女真），定族名为“满洲”。1636年，降服漠南蒙古。同年皇太极称帝且改国号“金”为“大清”，正式建立清朝，改年号为崇德。1637年，降服李氏朝鲜。
1640年，松锦之战爆发，洪承畴在松山被俘，祖大寿在锦州投降。松锦之战标志著明朝在辽东防御体系的完全崩溃，在关外只剩下宁远一座孤城。崇祯十六年（崇德八年，1643年）皇太极病死，福临继位，是为顺治帝，由其叔多尔衮摄政。
统一全国
1644年，李自成率领的大顺军攻陷北京，崇祯帝在景山自杀殉国。驻守山海关的明将吴三桂降清。多尔衮指挥八旗兵，以吴三桂为前导，兼程入关，击败大顺军，进占北京。同年顺治帝迁都北京，祭告天地祖宗，表示他是全中国的君主。后来清廷下令停止一些野蛮政策，并实行奖励垦荒、减免捐税的政策。并且正式开科取士，追尊崇祯帝与明朝忠臣。
清朝定都北京后，南下剿灭农民军。与此同时，南方的明朝遗臣相继拥立皇族建立政权，史称南明。此外还有李自成的大顺政权、张献忠的大西政权。
李自成死后，大顺军余部与南明湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡联明抗清。1647年大败清军于全州，次年几乎收复湖南全境。江西金声桓和在广州李成栋先后反正，出现了第一次抗清斗争的高潮。但永历政权不能团结对敌，给了清军以喘息之机。1649—1650年，何腾蛟、瞿式耜先后牺牲。1652年，李定国率军8万东出广西，下桂林。又攻入湖南、广东，“两蹶名王，天下震动”。刘文秀亦出击四川，克复川南。东南沿海的张煌言等的抗清军队也发动攻势，抗清斗争再次出现高潮。这时孙可望同李定国之间矛盾爆发，破坏了大好形势。孙可望投清后，云贵虚实尽为清军所知。由于华南反清势力较大，清帝册封吴三桂、耿仲明与尚可喜为王以镇守云南、贵州、广东与福建等地，史称三藩。1658年，吴三桂率清军攻入云南，1662年永历帝被杀，南明灭亡。
1661年，延平王郑成功收复了当时为荷兰殖民地的台湾。永历帝被害后，郑成功之子郑经继续使用南明永历年号，礼待南明宁靖王朱术桂，但未再拥立明朝宗室称帝和监国。
1683年，清朝攻克台湾，明郑结束，1684年设立台湾府。清兵入关后历经20多年的战争，基本统一了中国大陆。