1861年12月2日，改年号“同治”，两宫太后御养心殿，垂帘听政。执政初期，她在议政王奕訢的辅佐下，整饬吏治，重用汉臣，依靠曾国藩、左宗棠、李鸿章等汉族地主武装；又在列强支持下，先后镇压了太平天国、捻军、苗民、回民起义，缓解了清王朝的统治危机，使清王朝得到暂时稳定。出于维护封建专制统治，她又重用洋务派，以“自强”和“求富”的方针，发展一些军用，民用工业，训练海军和陆军以加强政权实力。客观上对中国的近代化起到了一定积极作用。这一时期，国内起义被平定，两次鸦片战争暂时满足了列强的贪欲，外交上没有吃大亏，洋务运动后清王朝的军事实力有所提高，工商业有了初步发展，被称为“同治中兴”。
同治十一年（1872年），载淳已17岁，慈禧不得已为他选后，次年，两宫太后卷帘归政。但同治帝亲政后仍难摆脱慈禧的干预。慈禧为了享乐，授意同治帝修缮圆明园以供其居住，同治帝也想趁此机会让太后离宫居住以摆脱慈禧干预朝政，然而当时财政紧缺，圆明园又残毁严重，修复耗资甚巨，同治帝坚持开工，引起奕訢等王公大臣多人反对，同治帝竟将他们全部革职。慈禧出面制止了同治帝这一决定。
1875年1月，同治帝病逝。慈禧立她的侄子（丈夫的侄子）兼外甥4岁的爱新觉罗·载湉为帝，改年号为“光绪”，两宫太后再次垂帘听政。
1865年—1870年，中亚浩罕汗国侵略者阿古柏侵入并且窃据了新疆大部分地区；1871年，沙俄出兵占领伊犁地区。1875年，慈禧采纳陕甘总督左宗棠的建议，出兵新疆，清军于1878年1月收复新疆；1881年，中俄通过谈判，中国收回伊犁大部分地区。[7]
1881年4月8日慈安太后暴崩，卒年45岁，官方说法为脑溢血，民间野史认为是慈禧所害。
1883年—1885年，中法战争爆发，双方在军事上互有胜负，但以慈禧为首的清政府却主张“乘胜即收”，与法国签定了《中法新约》，又使法国获得了不少侵略利益。[8]
1884年4月8日，慈禧发动甲申易枢朝局之变，将以恭亲王奕訢为首的军机处大臣全班罢免，开始西宫独裁。
1889年2月，光绪大婚，名义上由光绪帝亲政，慈禧又训政了数年。在训政结束后，朝内一切用人行政，仍出其手，“上（光绪帝）事太后谨，朝廷大政，必请命乃行。”
1894年，醇亲王借慈禧六十寿辰拟“在颐和园受贺，仿康熙、乾隆年间成例，自大内至园，路所经，设彩棚经坛，举行庆典”。挪海军经费，缮修颐和园，布置点景，广收贡献。
是年，适逢日本发动中日甲午战争。光绪主战，慈禧亦主战，“不准有示弱语”。但是，当有人提出停止颐和园工程，停办景点，移作军费的时候，慈禧却大发雷霆，说出了“今日令吾不欢者，吾亦将令彼终生不欢”之语。后来，清军在朝鲜战场上接连失利，北洋水师在黄海之战中又遭受严重挫折。为了不影响自己的六旬庆典，慈禧希望外国出面干涉，尽快结束战争。她支持李鸿章避战求和的方针，以各种借口，打击以光绪为首的主战派。
由于形势日益紧张，面对朝野上下的重重压力，她无法再一意孤行，大摆排场，不得不改变原来的计划，缩减了生日庆典的规模。在金州、大连相继陷落，旅顺万分危急的情况下，慈禧在紫禁城内的宁寿宫度过了她的60岁生日。
次年2月7日，威海卫日舰及炮台夹攻刘公岛，北洋水师全军覆没。