战后，岛原、天草几乎成了无人区，幕府只好叫很多赞岐（香川县）的农民迁到这里。 幕府认为“岛原之乱”是教徒造反，决定彻底禁教。第二年的1639年，禁止葡萄牙船来航；2年后，又将荷兰商馆迁至长崎，禁止外国船员和日本人来往，从而，开始了长达260年的锁国政策。此期间，除荷兰、中国、朝鲜船外，和世界其他各国完全断绝了往来。
农民，利用信仰的力量有组织、大规模地反抗幕府封建政权，而且是在一个16岁少年的统帅下，这可谓农民起义史上的奇迹。
新教国家英、荷与先期航来的旧天主教国家西、葡之间矛盾重重，前者因此在家康面前大进谗言，
说天主教传教士乃是妄图将日本变成殖民地的西、葡国王派来的间谍。家康本就不满天主教宣扬上帝万能从而淡化世俗领主的权威，进而看到很多九州诸侯通过与西、葡等国通商获得了大批物资和武器，认为如果不加限制地任其发展，将会动摇幕府的统治基础，恰巧就在此时，发生了著名的“冈本大八事件”，促使家康颁发了禁令。
从此宗教迫害扩大为贸易限制，葡萄牙人首先遭到驱逐，然后是英国人，最后在宽永元年（1624年）严禁西班牙船只来航。日本船只除朱印状外，还必须得到“老中奉书”才许出海，居住在外国的日本人也一律严禁归国，归即处死。
日本就此基本断绝了南蛮贸易，唯一例外的是荷兰人，荷兰东印度公司在日本设置了分公司，向幕府保证绝不传播基督教，同时荷兰商船一到日本，商馆馆长立刻向幕府提交《荷况。但即便是荷兰人也只准在长崎的出岛建造商馆，而不得踏入日本内地一步，就连中国船也只准停泊在长崎港，可以说，整个日本只有长崎一地是半对外开放的，幕府通过直接统治长崎而垄断了所有对外贸易。
有压迫，必然就有反抗，惊世骇俗的“岛原、天草之乱”就在这种禁教锁国的背景下爆发了。
“我们只要放出风声，说明廷有意夺取长崎，德川家光必定不会坐视不理，荷兰人跟明廷更是矛盾重重，如何学会运用对手的矛盾，这才是最为厉害的地方，汉人的孙子兵法不是说上兵伐谋？我们现在和明廷在朝鲜是僵持着的，谁这个时候来，都会改变战争的平衡，谁会不动心？”皇太极自信的看着日本的方向。
多尔衮点点头道，“臣弟明白了，皇上放心，臣弟马上安排下去。”([m.iuu123.com 爱优小说网]。。)