而窦武则是驰入步兵营起兵对抗，当时护匈奴中郎将张奂此前率军出征，此刻刚回到京师，尚未了解局势，宦官等人便假传诏令骗过了他，张奂误以为窦氏叛乱，遂与少府周靖率五营士与王甫所率领的千余虎贲军、羽林军一起进攻窦武，最终窦武被重重围困，无奈自杀，而窦武的宗亲宾客姻属及侍中刘瑜、屯骑校尉冯述等人皆被族灭，虎贲中郎将刘淑、尚书魏朗等也被诬陷而被迫自杀，窦太后被软禁在南宫，李膺等人再次被罢官，并禁锢终生。
而当时的议郎巴肃也参与了窦武的计划，但只是宦官不知道，所以只是将他禁锢而已，但巴肃认为“为人臣者，有谋不敢隐，有罪不逃刑，既不隐其谋矣，又敢逃其刑乎！”，于是自己投县官官衙就案，而县官打算解印与巴肃一起逃亡，结果巴肃不同意，最终被害。
而陈蕃的友人朱震弃官痛哭，收葬了陈蕃的尸体，并将他的儿子陈逸藏到甘陵，最终被人告发，导致朱震全家被捕，都受到了酷刑，然而朱震誓死不肯说出陈逸的行踪，陈逸得以幸免。
窦武的府掾胡腾收葬了窦武的尸体，为窦武发丧，因此也被禁锢终生，而窦武的孙子窦辅，当时才二岁，被胡腾收留并冒认为自己的儿子，之后胡腾与令史张敞一起将他藏匿在零陵，窦辅也得以幸免。
而这时，张奂因为“平叛”的功劳被宦官们提拔为大司农，并且封侯，但是张奂因为深恨自己被曹节等宦官欺骗，害死国家忠良，铸成大错，于是坚决拒绝不肯受印，并在不久后趁天象变化而上书灵帝，要求为窦武、陈蕃等人平反，最终迎回窦太后，并推荐李膺等出任三公，汉灵帝认为他说得有理，但宦官们纷纷进谗言，改变了灵帝的想法，反而追究张奂的责任，张奂自赴廷尉，被拘留数日，罚俸三月，最终也被罢官回家，禁锢终生。
之后郎官谢弼上书也为窦武、陈蕃等人鸣冤，要求迎回窦太后，却被宦官贬职杀害。
宦官势力这时认为窦武、陈蕃、李膺、杜密等人名望仍在，于是不肯罢休，开始向汉灵帝再进谗言，诬陷党人“欲图社稷”，意图谋反，当时年仅十四岁的汉灵帝被他们欺骗，因而大兴大狱，追查士人一党。
于是乎，李膺、杜密、翟超、刘儒、荀翌、范滂、虞放等百余人，再次被下狱处死，而宦官势力在各地陆续逮捕、杀死、流徙、囚禁的士人达到六、七百名，当时的汝南督邮吴导奉诏前往逮捕范滂，到了范滂的家乡，竟趴在驿舍的床上大哭，范滂听说后说：“一定是因为我才会这样。”，然后便要自前往监狱，结果汝南县令郭揖听说后解掉印绶，跟范滂一起逃跑，但是范滂却说：我死了祸事就结束了，怎么敢连累您呢？“
于是乎，范滂与母亲诀别，范母对范滂说：“儿今日能与李膺、杜密齐名，死亦何恨？”遂与李膺、杜密等百余人被执被杀。
此前曾得罪了宦官的张俭四处流亡，在路途上，看见人家就前往投宿（这也是成语“望门投止”的来历），每户人家即便知道收留他会引来杀身之祸也愿意收留他，所以张俭在众人的帮助下，得以逃亡塞外，但是因为收留他而被追究灭门的百姓，前后有数十家之多，其宗族亲戚都被杀害，郡县因此残破不堪，刘鑫对此表示不知道该说什么，所以是为第二次党锢之祸，不过这时并没有真正结束。
在八年之后的公元176年（也就是熹平五年）闰五月，永昌太守曹鸾突然上书为“党人”鸣冤，要求解除禁锢，灵汉帝不但没有听从，反而收捕并处死曹鸾，接着，汉灵帝又下诏书，凡是党人门生、故吏、父子、兄弟中任官的，一律罢免，禁锢终身，并牵连五族，于是乎，第二次党锢之祸的范围扩大，波及更多的无辜者。
到了公元184年（也就是中平元年）春二月，黄巾之乱兴起，汉灵帝因为害怕党人与黄巾一同作乱，遂于夏四月丁酉日开始大赦天下，免除了亲属关系与党人在小功以外者的禁锢。
然后到了公元189（也就是中平六年），汉灵帝病死驾鹤西去之后，汉少帝刘辨继位，外戚何进担任大将军，执掌朝政大权，而何进图谋诛除擅权的宦官张让，赵忠等人，结果反被宦官诱入后宫杀害，于是为替何进报仇，豪族出身的官僚袁绍领兵冲入皇宫，把宦官杀戮殆尽，结束了外戚宦官长期专权的局面，史称十常侍之乱，也是第二次党锢之祸中，士人势力第一次翻身做主人。
等到九月，董卓进入洛阳开始掌权，废汉少帝改立汉献帝，于是便派使者吊祭陈蕃，窦武等人，因此事隔整整22年，东汉朝廷才算正式为陈窦等人平反，第二次党锢之祸才算是正式结束。
虽然刘鑫认为”党锢之祸“本质上是统治集团内部权力斗争激化的一种形式，但是，在面对宦官专权造成的官场腐朽，政治黑暗，一些有见识的士大夫敢于挺身而出，扬清激浊，不仅是对本阶级根本利益的一种自我挽救，也反映了人民群众的呼声，因而带有一定的正义性，应给予肯定，不过也有不少文士有些过激，强行送死，这让刘鑫觉得有些不妥。
不过不得不说一句，这两次党锢之祸的影响可是十分恶劣的，可以说这两次党锢之祸害死了太多的大汉忠