崇祯说道：“恩，山海关的守军不奉旨不能擅调。”
张秉昆说道：“万岁，目前洪承畴困守锦州，已无力指挥东北全局，微臣以为应另外选人统领东北边境各镇兵马。”
崇祯想起东厂的一份报告称，现在城中已有传言，说洪承畴看明廷不行了，有意投降满清，所以不战而放弃辽西，是将辽西作为给满清的见面礼。这样的人怎么能继续统领东北的守军呢。他略加思索然后说道：“内阁拟旨，将锦州以外的东北其他各镇兵马统统划归吴三桂指挥，另外拟旨严责洪承畴消极避战，不思进取，严令他固守锦州，相机反击清军。调兵增援或退回关内之请免议！”
崇祯两道旨意一下，锦州守军就此陷入了绝境。三个月后，锦州总兵祖大寿实在不忍心看着城中的百姓被全部饿死，背着洪承畴率领已经饿得打晃的守城官兵打开了城门，向清军投降。洪承畴拒绝投降，本想拔剑自裁，被手下阻拦，成了清军的俘虏，锦州陷落。后洪承畴被皇太极劝说投降，成了满清的一名要员，此是后话了。
锦州陷落不久，更加沉重的打击又降临到崇祯头上，在这年的夏天，李自成回师陕西，在潼关大破明军，歼灭西北官军主力近十万人，击毙西北经略大臣孙传庭，攻占了西安、洛阳，杀了福王朱常洵，然后分兵三路，西攻甘肃，迅速夺取了秦陇全境和山西的大部分地区。至此，李自成起义军已控制河南、湖北大部和西北数省，在军事上占着绝对的优势。而大明朝廷在长江以北，山海关以南的广大中原地区，已经没有可以机动调用的军事力量了，大明朝廷已处在风雨飘摇之中。
在这年九月，还发生了一件大事，皇太极过度积劳，心疾发作，突然死亡，连遗嘱都没有来得及留下，清廷内部经过一番明争暗斗，立皇太极的幼子福临为帝，史称顺治皇帝，庄妃玉儿被尊为太后。兵权在握的亲王多尔衮任摄政王，总理国事，实际上执掌了大清的统治权。