但是魏晋时期的士族与春秋战国时期的士阶层是不同的，相比较之下，士族是独立的，是有官职和爵位的门阀大家族，而士阶层是依附于卿大夫的最低等贵族，士阶层一般没有土地，士族不仅有土地，而且还有自给自足的庄园经济，并且拥有大量田产，还有大量依附于自己的佃农、部曲、宾客，士阶层政治权力较低，只有靠卿大夫的任命，而士族政治权力则很大，通过其掌控的进入官场的大门，不同的士族相互联合，形成利益共同体，在晋朝甚至左右了皇权。
虽然刘邦的分封与春秋战国的分封不同，但是刘邦分封列侯的行为本质上仍然是分封制，由此产生的直接后果就是创造了一个辉煌了近800年的特殊阶层--士族。士族很多都是几百年以上的大家族，经过数百年的沉淀，无论是财富、官职、爵位、实力、影响力都是非同异常的。
士族的第一来源就是功勋阶层，既包括刘邦所分封的列侯后代是士族的主要来源之外，还包括刘秀分封的功勋后代，除此之外，士族的另一个来源就是皇族。
自汉武帝推恩令后，大量的皇权被迫沦为士族，甚至普通平民，因为上一代的家产需要所有后代一起分，所以越分越少，分到最后，就没有东西可分，只能靠自己实力去做官来赚。比如三国时期的刘表、刘璋、刘虞等人，虽然是皇族的身份，但已经属于士族了，而刘备则是普通平民的皇族。
士族还有一个来源，就是地方上的豪强地主、家财万贯的商人等。
地主有田，商人有钱，这些都是资本，然后他们培养自己的后代进入官场，或者干脆用钱来买官，东汉末年的汉桓帝和汉灵帝都是卖官的典型，所以他们也能摇身一变成为士族。
门阀制度是封建地主阶级特权发展到一定历史时期的一种表现形式。在三国两晋南北朝时期，门阀制度与当时的政治、经济和文化，都有密切的关系。中国中古的门阀制度，整个看来，最主要特征在于按门第高下选拔与任用官吏;至于士族免徭役，婚姻论门第，“士庶之际，实自天隔“等特征，都是由前者逐渐派生的。
所以门阀制度在相当长的时期内，主要当属于政治制度的范畴，社会制度的成分是次要的。只有到了隋唐以后，方才逐渐完全转化为社会制度，并最后退出历史舞台。门阀制度大体萌芽于东汉后期，初步形成于曹魏、西晋，确立、鼎盛于东晋及南北朝前期，而衰落于南北朝后期。
自汉武帝以来崇尚儒术，官僚多以经术起家，至东汉时逐渐形成了累世公卿的状况。曹魏实行九品中正制，使得世族地主能够凭借家世出身参与政权。
西汉中后期，土地兼并十分严重，逐步形成官僚、商人、地主三位一体的豪强地主势力。东汉政权是在豪强地主支持下建立起来的，因此，豪强地主在东汉王朝享有政治上经济上的特权。他们在政治上把持中央和地方政权，经济上兼并土地，经营庄园，渐成割据，逐渐成为名门大族。士族地主(又称世族、门阀地主)在东汉开始形成，为后来魏晋南北朝时期士族制度的确立提供了阶级、经济基础。
士族制度的盛行，依赖于统治阶级颁行的各项法令。法令的出台从制度上维护士族地主在政治、经济、文化、社会生活等各方面的特权。东晋建立后，司马氏为取得世家大地主的支持，对他们继续实行放纵和笼络的政策，从而形成了典型的门阀政治。
东晋政权是司马氏皇权和以王、庾、桓、谢诸大姓为代表的北方士族以及处于非主流地位的江南吴姓士族的联合专政，这种政治格局一直延续到东晋末年，长达一个世纪之久。东晋的士族门阀的势力足以与皇权并立，甚至超越皇权，皇帝都要依赖士族的支持，门阀政治达到鼎盛。
士族在政治上高官厚禄，垄断政权，经济上封锢山泽，占有大片土地和劳动力，文化上崇尚清谈。为维护这种制度，东晋南朝时，士族非常重视编撰家谱，讲究士族世系源流，作为自己享有特权的凭证，于是谱学勃兴，谱学专著成为吏部选官、维持士族特权地位的工具。
士族门阀在汉末三国崛起并主导社会。到了两晋南北朝时期，士族门阀在政治上垄断了选官，在文化上垄断了舆论和教育，在经济上控制了大量人口和土地。士族门阀的统治好似坚如磐石，定可千秋万载。
可是士族门阀从南北朝开始衰落，到隋朝时期仅剩下数个集团苟延残喘，在唐朝初期彻底退出了政治舞台，最终在五代十国时期彻底消失。那么在汉末三国崛起并主导社会的士族门阀是如何衰落败亡的呢？
曹丕建立“九品中正制”后，士族门阀彻底垄断了选官，导致士族子弟凭借血统家世就能当官，根本不需要努力。除了少数子弟以外，绝大部分士族都在不劳而获的环境中日渐颓废，丧失了治国理政的能力。
然而两晋南北朝确实局势动荡、战乱频发的分裂乱世，丧失治国理政能力的士族根本无法应对。无奈之下，士族不得不将很多实际事务交给非士族官员，特别是危险的军事领域，导致士族逐渐丧失了实权。
另外，随着生产力的发展以及大规模的战乱与移民，士族控制人口和土地的庄园模式越来越难以维持，逐渐消亡。到了隋朝初年，随着多项新政策法规的出台，士族基本失去了对大量人口和土地的控制权。