靖国神社大都是木质建筑，其守护者车源太郎和小田多喜二连滚带爬跑出来，抱着曹锟的马腿痛哭求中*队不要毁坏靖国神社，曹锟横眉冷对，对身后的军士下令，“来人，抱材火，给我一把火全烧了！”五十个新军每人抱了一捆柴火，堆在靖国神社的四周，浇上了煤油。当是已经是秋天，冷风在耳边呼呼响，曹锟下令点火。
傍晚，这场大火从靖国神社大门开始，借着风势，蔓延到神社里面。当时天干物燥，神社里的木质房子和干枯的树木跟浇了松油似的，沾火星就着。到了下半夜，远处的天际，已经可以看见一片红光。位于中心地带的游就馆也着火了。
火红炙热的火苗噼里啪啦，窜起几丈高，屏风、门窗、楼梯都被熊熊的火焰包围，1893年建立的大村益次郎铜像都热融了，靖国神社里的牌位、祭器、仪仗等都在大火中被烧成灰烬，粗大的楠木柱子烧成了黑炭，残垣断壁随处可见。
被宋骁飞派来协助和监督曹锟的吴佩孚赶到大火现场时，这座历史上臭名昭著的神社，已经毁于一旦，成为一片焦土，吴佩孚惊呼：“曹大帅，这下你闯大祸了！”