陈英士在上海的兵变在四个小时之内就被粉碎，令袁世凯和北洋军士气大增，袁世凯任命段芝贵为第1军军长，统一指挥前线的作战。随后，段芝贵坐镇河南信阳，以李纯为左路军司令，王占元为右路军司令，同时将北洋军兵分两路，一路由第六师二十二团团长张敬尧率领，另二路由第二师旅长鲍贵卿率领，直扑苏北。
但是江苏并不是那么好打的，一年前，黄兴在南京留守处裁撤整编南方革命军的时候，也特别留了个心眼，那就是在将那些兵员素质不高的部队加以裁撤的同时，却对一个部队进行了严格整编，并秘密吸收了其他裁撤部队中的中下级军官，以充实到这个部队来，这就是驻防南京的第八师。第八师的基本部队由来自广西的新军组成，当时本是汇集南京准备参加北伐的。在整编后，这支部队的干部队伍异常强大，从师旅长到营连长，基本都是由保定军官学校毕业或者从曰本士官学校回来的同盟会员所组成，而且武器也很充足，不但充分装备了现部队，另还有一份预存在军械库。黄兴为了加强第八师的实力，还把自己的警卫团也编进了第八师。
第八师可以称得上是兵强马壮，而且对国民党和孙文、黄兴绝对的忠诚。
御儿干殿下的第一军进攻苏北的同时，第二军的冯国璋、张勋、雷震春等部也已经进入江苏，摆出一副进攻南京的架势。在程德全出走后，黄兴组织了讨袁军司令部，随即令驻徐州的冷遹第三师向邻近的北洋驻军立即发起进攻，又令第八师骑兵团及机关枪连、炮兵营、工兵营组成混合支队，开赴徐州前线支援第三师，第一师第一旅也随后跟进；第一师和第八师的其余部队，暂时驻防南京。
在受到冷遹部的攻击后，北洋军在第五师师长靳云鹏的指挥下坚守待援，多次打退讨袁军的进攻。辨帅张勋得知徐州已经爆发战事后，不待袁世凯的命令便派出三营如狼似虎的辫子兵前去支援，田中玉的巡防营也从山东兖州开到前线，随即加入战斗。冷遹部在被北洋军左右夹击后，势不能敌，只得后撤到徐州以北二十公里的柳泉待援。
这时，第八师的混成支队和第一师第一旅也相继赶来增援，南北军再度展开激战，双方你来我往，阵地几度易手，不分胜负。在辛亥革命中，张勋曾被江浙联军打得落花流水，宠妾小毛子还被淮上军给抓了，张勋拿出从南京掠走的四十辆火车头和八十节车厢，才从柴东亮的手中将小毛子赎回来，更可恨的是陈英士竟然要将小毛子剥光衣服关在笼子里展览，如果真要是搞了这么一出，张勋哪里还有脸活在人间？这口恶气他已经憋了很久了，张勋命令部下向讨袁军发起猛烈进攻，而冷遹部刚退守徐州，土匪出身的骑兵团团长张宗昌在所部被打散后突然叛变，以致军心大乱，讨袁军被迫退出徐州。
在讨袁军撤出徐州后，北洋军步步紧逼，讨袁军中的高级将领们斗志十分消沉，而坐镇南京的黄兴也是一筹莫展，整个司令部充满了悲哀失败的情绪。这时，逃到上海的程德全也来捣乱，他发布取消江苏读力的电报，并密令捉拿黄兴。在此情况下，黄兴也觉得事无可为，便在夜间乘船离开南京，一走了之。
黄兴从南京不声不响地出走后，其他高级将领洪承点、冷遹等也当即出走，局势陷入了混乱。这时，代理江苏民政长蔡寅、第八师师长陈之骥和代理一师师长周应时等人干脆宣布取消读力，并派人到上海去将程德全请回。程德全是个老官僚，政治经验丰富，他见南京此时尚未安定，怎肯轻易回来。
福建都督孙道仁本就是在师长许崇智等人的胁迫下宣布读力的，当许崇智提议出兵援赣及北伐时，孙道仁总以饷械缺乏为由，加以拒绝。等到大局明朗，孙道仁自然发出通电，向袁世凯陈述“冤情”，宣布取消读力。
在广东，袁世凯的手法也非常成功，他不仅安排了龙济光和陆荣廷两个楔子迫使广东讨袁力量无可动弹，还用金钱收买了广东的将领，使得胡汉民和陈炯明失去了对军队的控制。无奈之下，陈炯明特意派人去上海请了专门与袁世凯作对的前清官僚岑春煊来广东，试图利用他之前与龙济光、陆荣廷的部属关系缓和局势，但岑春煊这个老上司在龙济光、陆荣廷面前已经过气，这两人非但不听岑春煊的劝告，反进兵广东。陈炯明追随孙文的脚步出走曰本。
湖南的情况和福建差不多，也都是阳奉阴违、见风使舵。在江西和南京的讨袁军失败后，湖南都督谭延闿也就宣布取消读力，然后悄悄逃离了长沙。袁世凯随后派出曹锟的北洋第三师进入湖南。
四川都督熊克武见势不妙，自己宣布解职下野，从成都秘密潜逃到东京。
黄兴走的时候，甚至没有通知讨袁军的高级将领，他走的无声无息，远在上海的孙文也带着一帮子亲信在曰本驻上海总领事的协助下，登上一艘曰本货轮逃到了东京。宣布读力的各省都督也都带着亲信和家眷以及金银细软逃到了海外，他们走的轻松自在，不带走一片云彩，却将千万誓死追随他们的士兵扔给了如狼似虎的北洋军。
这时，何海鸣、张尧卿、韩恢等人建立的铁血监视团在得知黄兴离开南京后，急忙从上海星夜赶来，试图挽回局势。但他们到达南京的时候，为时已晚，黄兴等人早已是人去楼空。像武昌起义一样，在高级将领