毕懋康道：“陛下，臣是这样想的，不如在研究院里专门设一科，名曰杂科，这样不管什么样的人才都可以放在杂科里，然后根据他们的特长，找到相应的教师或者是让他们自行研究，这样会不会好一些？”
朱由校拍手道：“这个办法好，只是听毕卿所言，应该不是一时性起，而是早就有考虑此事，为何不与朕商议呢？难道朕就这么可怕，让你们有话不敢说。”
毕懋康摆手道：“陛下，臣只是有些初步的想法，还未能考虑清楚，自然不敢贸然进言。陛下于研究院里，一直都平易近人，臣怎么会因为怕而不敢说呢。”
朱由校道：“那就好，毕卿能有话就说，这一直是朕欣赏的一种品质。我们搞研究的，还是不要和他们那些人一样弯弯绕绕的好。那就加上文史和杂科两门，在报纸上发一个招考通知，就在一个多月以后开考。”
大明周报在研究院新增文史和杂科的消息后面写了一个编者按，指出在五月十八将在京师大学堂进行这两科的招生考试。并且注明，只要任何与文字有关的技艺，包括杂剧，诗词曲，小说，都将会包括在文史科中。而其他并不在已经有的六科和文史内的，都可以归为杂科。并且举例子说，一个人口技说得好，也可以入文史科，一个人跳绳跳得好，也可以入杂科。但前提是，你做什么的不重要，重要的是你在这一个方面必须是做得很出色的才行。
这时，孙承宗终于回到了京师。朱由校要云台接见了他。行礼过后，孙承宗便开始汇报自己这两年来的情况。
大部分都已经在以前的奏折中说过，但孙承宗最后说出的一件事，引起了朱由校的重视。
孙承宗道：“有两个葡萄牙人找到了臣，提出想和大明联合起来，攻打西班牙人和荷兰人。”
朱由校问道：“这西班牙人和葡萄牙人到底是个什么关系呀，他们原来不是挺好的吗？为什么现在葡萄牙人竟然想联合我们攻打西班牙人？”
孙承宗回道：“臣询问了一下，我大明所称的佛郎机人，其实包括了葡萄牙人和西班牙人，甚至连荷兰人也在内。但他们内部是有区别的。澳门的就是葡萄牙人，而吕宋岛上的是西班牙人，巴达维亚的是荷兰人。而葡萄牙人现在和西班牙人是一国。因为这个原因，臣有些担心葡萄牙人是不是有诈。”
徐光启道：“陛下，臣与传教士曾经讨论过这个问题。传教士所来之地，他们称之为欧罗巴，分成了很多个小国家，并没有象大明如此的大国。他们各国之间的王室有一些亲缘关系。葡萄牙人本来有自己的国王，但是四十多年前，他们的国王死后，是由西班牙国王继承葡萄牙王位的。这样葡萄牙就成了西班牙的一部分。”
朱由校问道：“那葡萄牙人联合我们攻击西班牙人是什么意思？”
徐光启道：“臣听传教士说，其实葡萄牙人并不想让西班牙国王任葡萄牙国王的，当时西班牙人用武力攻占了葡萄牙的京城，而且教会也支持西班牙国王，所以葡萄牙人不得不让西班牙国王兼任葡萄牙国王。这样一来，有些葡萄牙人深恨西班牙人也是有可能的。”
朱由校问道：“那两个葡萄牙人现在在哪里？”
孙承宗道：“臣以为他们不过大言而已，所以随便敷衍了两句，不过臣记下了他们的名字和地址。”
朱由校道：“阁老这个处理方法好，将资料交给黄兵部，他正好要去搞这种事，亚洲是亚洲人的亚洲，这个人我们都要把他们赶出去。现在日本已经没有必要保留大量的海军了，以台湾为基地，朕准备将水军全部变成海军，水军这个名字不用了。”
在收编颜思齐时，已经用到了海军都督这个职衔。但依然保留有水军，现在等于将原来的水军和海军合并在一起了，象张千方原来是水军都督，现在也成了海军了。
黄克缵道：“陛下，以台湾为海军基地，但象颜思齐等人的家眷可否安置在厦门？”
朱由校笑道：“黄兵部的意思朕明白。不过朕一直以为，忠心这个东西与我们本身的力量是密切相关的，我们力量强，他们自然就会忠心。再说，朕相信，做为一个中国人，应该是绝大多数中国人的引以为荣的一件事。所以朕的看法是，首先要相信他们，其次也要保留反制的手段，但扣留家眷这样的就算了吧。”
黄克缵羞愧道：“陛下有大海之量，臣等望尘莫及。臣这就尽快与孙阁老完成交接，前往南边了。”
朱由校道：“我大明以南一直到吕宋，所有的海域都叫南中国海。所有的岛屿，沿海的陆地，都应该是中国之地。命兵部尚书黄克缵为南中国海经略，一切军政民政都由其负责。”
黄克缵跪倒在地道：“臣定不负陛下厚望，用我中华文明来教化蛮夷，让我大明扬威海外。”
朱由校点了点头道：“孙阁老先与黄经略交接一下，朕还有重任要交托给你。”
两天后，朱由校叫来了孙承宗。行礼过后，朱由校说道：“前时孙师弟子袁崇焕之事，想来您已经知道了。”
孙承宗道：“都是臣教导无方，使其不知朝廷法度，其人既有取死之道，那也是他的命。”
朱由校道：“其实说起来孙师可能不相信，朕一开始是对袁崇焕寄予厚望的，可惜他自己不争气，朕也没有办法。”
孙承宗道：“老臣明白，以一知县而直接进入职