对于九师来说，在和北洋军最精锐的第三镇的交手中，他们积累了信心，获得了宝贵的实战经验，也许这才是他们最大的收获。九师师长季海本来打心眼里看不起年轻的指挥柳波成，一直认为他能抓到吴佩孚只不过是运气特别好，但几天的战斗打下来，他的态度由轻蔑，到惊讶，再到尊敬，现在柳波成的每一个指令，季海都毫无疑问，干脆彻底地执行到底。
等江西、安徽方面火速赶到的独立军主力部队到来后，一张对第三镇包围的大网已经形成。得到十一标全军覆灭消息的段祺瑞再想逃，已经来不及了。
山东方面的北洋军，被一师的一旅、二旅以及三师牢牢地狙击在江苏山东的边境，想要救援第三镇，也是有心无力。
民族独立军总参谋部随后组织了“扬州战役”，以陆一师三旅，陆四师，骑兵独立旅，预备役九师，炮兵二旅，加上柳波成的一营绝对的优势兵力，对第三镇展开歼灭战。在一片“为二师死难兄弟报仇”的呼声中，战役进行了三天，最后除段祺瑞带着数百亲信逃跑外，第三镇被干净彻底地消灭在了扬州城外。
而后都付出了重大伤亡的独立军和北洋军，暂时停止了战争，双方的部队重新回到了原有的防线；至于江西安徽方面的清军，在满清主力北洋军息兵后，也仓皇逃出了两省。
这场仓促开始，草草收尾的战争，究竟谁是赢家恐怕很难说得清楚了。独立军方面失去了主力第二师和一个师长；北洋军方面也好不到哪去，丢了最精锐的第三镇和虎将吴佩孚。但独立军此战后却摆正了自己的心态，获得了大量的经验，这却是最宝贵的了。以后的独立军高级将领们共同说的一句话就是：“独立军真正的成长，就是从这一场战斗开始的！”
此时身在南京的李国勇，在1904年的开始，却仿佛嗅到了胜利的气息。