这十二条罪状数了出来，毛文龙魂不附体，只有叩头求饶。
袁崇焕问毛的部将：“毛文龙该斩么？”诸将都吓得不敢作声。有人说毛文龙这些年来虽无功劳，但也辛苦出力。袁崇焕叱道：“毛文龙本来只不过是个寻常百姓，现今官居极品，满门封荫，已足够酬答他的辛劳了，为什么他还这样悖逆？”
于是向着北京叩头，宣称：“臣今天诛毛文龙以整肃军纪，诸将中若有行为如毛文龙的，也一概处决。臣如不能成功，请皇上也像诛毛文龙一样的处决臣！”请出尚方剑来，命旗牌官将毛文龙在帐前斩决，向毛文龙部属谕示：“只诛毛文龙一人，其余各人一概无罪。”毛文龙麾下将士无一敢动。袁崇焕命人收殓毛文龙，次日开吊拜奠，说：“昨日斩你，是为了朝廷大法。今日祭你，是为了僚友私情。”
随即将毛部分为四队，派毛文龙的儿子毛承禄、副将陈继盛（陈的女儿是毛文龙之妾）等四人分领，犒赏军士，尽除皮岛毛文龙的虐政。回宁远后上奏禀报，最后说：毛文龙是大将，不是臣有权可以擅自诛杀的。臣犯了死罪，谨候皇上惩处。[8]
崇祯得讯，大吃一惊，非常不以为然。但想毛文龙已经死了，目前又正倚赖袁崇焕尽力，只得下旨嘉奖他一番，又下旨公布毛文龙的罪状，逮捕毛文龙的驻京办事处主任，以安袁崇焕之心。[9]
袁崇焕耽心毛文龙的部下生变，奏请增加饷银。但查核部队实数，兵员比毛文龙虚报时少得多了。崇祯见兵员少了，饷银反增，颇为怀疑，但都一一批准。以崇祯这样刚强的性格，这时迫于形势而不敢得罪袁崇焕，实已深深伏下了杀机。
毛文龙在皮岛，俨然是独立为王的模样，不接受朝廷派文官监察核数、滥杀难民冒功、侵吞军粮、军纪不肃，的确有罪。但袁崇焕以尚方剑斩他的方式，却也未免太戏剧化了些。明朝赐尚方剑给主帅，用意是给主帅以绝对权威，部将如不听指挥，立即可以诛杀。然而毛文龙的罪行都非紧急，也不是反叛作乱。何况毛文龙也是受赐尚方剑的。
毛文龙在皮岛，毕竟曾屡次出兵，骚扰满清后方，是当时海上惟一的一支机动游击队，满清对他也一直颇为重视忌惮。
这十二条罪状中，有几条平心而论并不能成立。毛文龙说取登州、南京如反掌，只不过一时夸口，并非真的要造反，不过皇权专制时代，说这种话确是大逆不道；向外国买马，当是军中需要；擅自封官是得到朝廷授权的，部将喜欢姓毛，旨在拍主帅的马屁，也没有什么大不了；不能恢复寸土，只能说他无能，却非有罪，要打败清兵，恢复失地，谈何容易？在岛上为魏忠贤塑像，更难以加他罪名。天启年间，魏忠贤权势熏天，各省督抚都为魏忠贤建生祠、塑像而向他跪拜。当时袁崇焕在宁远也建了魏忠贤的生祠。时势所然，人人难免。
毛文龙真正的重大过失，是不受节制，在他所控制的军区中独立行事，不听上级指挥。在大战之时，大将独立自主，不奉命令，当然是违反军纪的重大事件。
毛文龙死后，部将心中不服，颇有逐渐叛去的，其中重要的叛将有孔有德（后降清封定南王，镇广西）、耿仲明（降清封靖南王，镇福建）、尚可喜（降清封平南王，镇广东）。这三人投降满清，为清朝出了很大力气，甚至把西洋火器带了过去。清初四大降王，除吴三桂外，其余孔、耿、尚三人都是毛文龙的旧部。不过这也不能说是袁崇焕的过失。[10]
对于“杀毛事件”，当时舆论大都同情毛。一般朝臣认为，毛文龙即使有罪，他是一个大军区司令，也只能由皇帝下旨诛杀。皇帝的统治手段，主要只是赏与罚。袁崇焕擅杀大将，是严重的侵犯了君权。
当时小说盛行，有人做了小说来称誉毛文龙。一部是四十回的《辽海丹忠录》，是杭州人陆云龙所作，大捧同乡毛帅。另一部是作者不署名的《铁冠图》（不是讲李自成事迹的那一部），以毛文龙为主角。
当时大名士陈眉公对“杀毛事件”抨击甚烈。另一个大名士钱谦益是毛文龙的朋友，对朝野舆论当然也有影响。《明季北略》甚至说：袁崇焕捏造十二条罪名来害死了毛文龙，与秦桧以十二道金牌来害死了岳飞完全一样。却又是过份的批评了。
推测袁崇焕所以用这样的断然手段杀毛，首先是出于他刚强果决的性格。其次，文人带兵，一定熟读孙子兵法，对于孙武杀吴王爱姬二人、因而使得宫中美女尽皆凛遵军法的故事，对于“将在军，君命有所不受”的军法观念，一定印象十分深刻。那时候宁远、锦州、蓟州各处军事要地都曾发生兵变，如不整饬军纪，根本不能打仗。袁崇焕明知这样做不对，还是忍不住要杀毛，推想起来，也有自恃崇祯奈何他不得的成份。最后，毛文龙接近魏忠贤，袁崇焕接近东林清流，其中也难免有一些党派成见。
袁崇焕杀毛文龙一事，论者多认为大招崇祯之忌，是袁崇焕被杀的主要原因之一。到底袁杀毛一事，真是合理而必要，还是犯了错误？这在袁崇焕的一生，是一个重要问题。
第一：袁崇焕有没有杀毛之权？袁崇焕于崇