苏步青老先生在他近90岁的时候，到浙大来做了一次给师生的演讲。他当时就回忆起当年他亲耳听到李约瑟称赞浙江大学是东方的剑桥。但他紧接着说，我希望能够在多年以后，你们到西方去访问，人家会说，西方的某一个大学会是西方的浙大。
但就在李约瑟离开后不久，被他称赞为“东方剑桥”的国立浙江大学却遭遇了流亡以来最大的困境。
1944年12月2日，日军沿黔桂铁路进攻至贵州独山，贵阳告急，贵州省政府下令紧急疏散，逃难的人群像潮水一样涌进遵义。国立浙江大学所在的遵义和湄潭顿时处于了战争的前沿。
日军占领独山后，竺可桢发电报向国民政府教育部请求，要求指示应急办法，并拨发应急费用，但得到的回复却是：国立浙江大学撤消，合并到中央大学，全体学生从军。
战争又一次把已经历了五次搬迁的国立浙江大学推到了濒临解散的绝境。
12月11日中午，收到教育部回复电报后的竺可桢心情复杂。他在日记里写道：从我个人着想，从此可以脱离苦海，的确是件好事。但为浙大着想，如此下场，却很不情愿。
竺可桢校长当然是绝对不想解散浙大，即使是日本人打过来了，哪怕我带着学生上山打游击，我也绝不做解散浙大之人。
当天下午，竺可桢校长拨通了国立浙江大学在浙江龙泉的分校校长陈叔谅的电话，请他通过时任国民党中央政治会议副秘书长陈布雷，说服蒋介石保留浙大。在陈布雷的努力下，蒋介石大概后来想想不对头，把当时最后一点科技储备人才，都拉上战场的话，国内国外会怎么看？他遂同意了竺可桢的请求。
就在师生们为国民政府撤销解散国立浙江大学的命令而高兴的时候，从重庆又传来了一则令人不安的消息，曾担任浙大学校训导长的政治学家费巩教授失踪了。
1945年，费巩准备趁休假期间，应邀赴复旦大学举办为期一年的“民主与法制”特别讲座，他对国民党政府的人事、考试制度等做了一番实际考察，其中涉及到国民党政府的腐败问题，触及了当政者的禁忌。这一年2月，他在由郭沫若起草的《重庆文化界对时局进言》上签名，这份进言向国民党政府提出，应立即召集党派会议、组织联合政府、废除一切限制人民活动的反动法律、释放一切政治犯和爱国青年，进言共有312位文化名人签名。
这些文化名人签了名以后，报纸上发表了，结果国民党当局发现后，还得了，300多人啊，全是文化界的名人啊，将会影响多少年青人啊！在重庆还想组织联合政府，这不是想造反吗？
国民党当局就试图劝阻了其中的一小部分人，叫他们登报声明退出这个签名。那么当时呢，费教授就又发表了文章，在哪里发表现暂未查清，发表了文章，痛骂这些小人是怕死鬼，那么这样一来更激怒了国民党当局了。