但是，当时依然处于第二次忍界大战期间，岩隐、木叶、砂隐三大忍村还在交战中。雨隐的首领半藏，听闻了这个组织，故意接近了弥彦等人。因为半藏已经无法忽视弥彦等人的存在了。半藏提出以晓作为主体，向三大国提出和平交涉的提案。
为了达成这个和平协议，弥彦等人同意了半藏的建议，答应协助半藏实现雨之国的和平。但这一切不过是祸端的开始，弥彦等人在政治上还很幼稚。一切都是半藏的圈套和陷阱，他担心雨隐的主导权被弥彦夺走，为此处心积虑地要除去弥彦。
果然，在约好交涉的地点，包括木叶的暗部在内，半藏率精锐部下埋伏在那里。半藏和木叶暗部的首领团藏勾结，想要将晓全部抹杀。团藏为了争夺火影的宝座，答应协助半藏。半藏为了维护雨隐的统治，勾结了团藏。在长门眼里，这两个藏，就是狼狈为奸沆瀣一气。
半藏出其不意地抓住了小南，说出了自己的真实目的，以小南的性命为要挟，逼弥彦自杀。半藏掷下苦无，让长门用这把苦无杀死弥彦，“这样的话，我就放你和这个女人逃走。”小南大惊，“住手啊，长门。别管我，你们两个快掉逃走，回头再给我报仇！”
弥彦见情况危急，命令长门用苦无杀死自己，以便救出小南。看到长门犹豫不决，弥彦抓住长门的手臂，把苦无刺入自己的身体，自尽而亡。临终前，弥彦嘱咐长门，“你和小南要一起好好活下去！你也许真的是这个世界的救世主……一定可以的……”
弥彦就此死去，小南悲痛欲绝，长门陷入了痛苦中。半藏见目的达到，晓已经群龙无首，下达了总攻击的命令，“杀！”顷刻间，晓的成员伤亡惨重，长门用神罗天征弹开了雨忍的攻击，趁机接近了半藏，救出了小南。
然而，半藏已经在小南的所在位置，布置了大量的起爆符，长门中了陷阱，被起爆符缠住了双腿。爆炸中，长门的双腿被炸成重伤，从此不良于行。半藏冲过来，以火遁攻击，长门用饿鬼道的技能吸收了这个忍术。看到长门的眼睛，半藏大吃一惊，“真不赖啊，小子！竟然能够吸收我的火遁忍术，并且逃出了起爆符陷阱！”长门道，“小南，抱住弥彦，静静地躺着……”
木叶的暗部和雨忍们一拥而上，长门发动通灵术，召唤来外道魔像，地狱的冥王，把那些敌人杀得落花流水。半藏也是第一次看到这样的通灵兽，大为震惊。召唤完之后长门背部就被插上了黑色铁棒，而且身体变得骨瘦如柴。
长门以此控制外道魔像，从冥王嘴里放出了一条查克拉巨龙，大肆屠杀雨忍和木叶暗部。半藏很快发现，只要人接触那个查克拉巨龙，灵魂就会被吸走。部下们伤亡殆尽，半藏这才意识到晓的真正核心战力是长门，而不是首领弥彦。真正让半藏震惊的是长门的轮回眼。
长门控制巨龙，直接攻袭半藏。半藏发动了瞬身之术，险险逃过了一劫，所在位置被查克拉巨龙凿穿大坑。
雨隐的首领却利用卑鄙的手段杀害了弥彦。弥彦死去之后，长门就代替弥彦，成为了晓的首领。为了他们的目标，组织的成员接二连三的死去了。长门认为只要人存在，憎恨是不会消除的，自来也的想法根本就不切实际。
明明有所成长，可是跟之前没有任何变化。尽管拥有强大的忍术，可依旧不能保护同伴。同伴的死去，不管是身体上还是心理上都对长门造成很大的伤害，“我错了，我注意到我得出的答案，简直狗屁不如。弥彦是我的救命恩人，也是我的梦想，想要拼上性命守护的无可替代的朋友。弥彦的死，就是我第二个最大的痛楚。”失去双亲和挚友，痛苦充满了长门的心胸，化身为佩恩的人生从此开始了。
长门接替了弥彦成为晓的首领，之后又有许多同伴在战斗中死去。长门语气偏激，“很多很多，不断有人死去……沉溺于和平幻觉之中，你们的火之国民众都是些虚伪的和平主义者。给予木叶村每笔的委托金，都成为了战争资金。火之国的民众明知助长了不少战争的事实，却口口声声地说着伪善的和平。你们大国的和平，不过是建立在我们小国牺牲基础上的。你们的和平是对我们的暴力！人只要活着，就会在不经意之间伤害他人。只要人类还存在，仇恨也将与之共存。在这诅咒的世界里，根本不存在真正的和平！自来也老师所说的话，全部都是不切实际的。”
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木叶，奈良鹿久、山中亥一、秋道丁座三人在一起聚餐，亥一道，“说起来，我们三人这样齐聚一堂，也是很久之前的事情了吧！”丁座不停地往嘴里塞饭，“说起来就是啊！”鹿久道，“大蛇丸的木叶崩溃计划之后，这还是第一次啊！”亥一有些感怀，“并称为猪鹿蝶，被其他国家畏惧，也是过去的事情了。”丁座晃动手里的空碗，“我们还没退役呢！”鹿久道，“好久没做了，试试那个吧！”丁座说好，鹿久大喊，“那就开始吧！”三人摆出姿势，“无敌阵型，猪鹿蝶！”“太帅了！”“是啊，不管多大年纪，同伴都是好东西啊！”井野从窗户外看到，嘲讽三人，“真是的，都一把年纪了，还在那里卖萌！”
三人重新坐下来，鹿久疑