就在龙谦连日研究军队整编的时候，全**事局势再起变化。
10月9日，西南传来好消息。
第二师出广西后没有先定贵州而是先进云南，是因为就军事力量而言，云南强于贵州。另外，受孙文在两广武装反清的影响，云南的同盟会反清势力也较强。云南籍留日学生大批加入了同盟会，比较著名的有杨振鸿、罗佩金、唐继尧、叶荃等，这些人回国后大批发展同盟会势力，使得云南成为政治上倾向孙文的省份之一。西南诸省中，云南的军事力量也是比较强的，在1909年初，云南已成立了新军第十九镇，辖三十七、三十八两协四标，虽然装备训练比起北洋六镇差得多，但毕竟是一直成建制的军队了。
龙谦率第五镇进占两广后，即命情报处加强对云南的工作。在1908年初即组建了昆明站，开始了对云南各派力量的调查和渗透。而龙谦平息了新宁之乱，起兵反清后，反复指示经略西南的第二师要稳扎稳打，先切实控制广西后再西进云南。所以，在山东、北方两军捷报飞传，南方军主力势如破竹北伐的情势下，第二师（当时只有一个完整的建制旅）一直停在广西，一面招降清剿广西清军，一面组建训练第六旅，第一师打下长沙，第二师尚在广西停步不前。
长沙之战后，第四旅归建。蓝心治上报了进军西南的计划：集中第二师主力自广西挺进云南，先不管贵州。第一步解决云南问题。而第四旅不必折返广西而是自长沙西进，经湘西叩四川之大门，相机夺取重庆。第四旅的任务不是攻略四川，而是牵制西南，为师主力夺取云南创造条件。
该计划经总部反复研究后批准。但龙谦署名的电报指示蓝心治，就军事而言，第二师主力两个步兵旅加上师直属部队并不战局绝对的优势，尤其要考虑第六旅这支刚组建的部队严重缺乏战争的考验，不堪大用，还要考虑周冯事件后对第二师的影响。加上过于遥远的后勤补给路程。军事解决云南的难度是很大的。但云南问题的核心不在于军事，而在于政治。要善于利用蒙山军全国范围内大胜的声势，并且将这种声势发挥到最大。促使其内部发生有利于我们的变化，要相信。云南的地方势力（主要是满清势力）及同盟会势力在全国局势巨变的情况下是会产生动摇的。要促成这种动摇。以利于军事上的迅速解决。龙谦特别强调，不管什么人，只要愿意与蒙山军合作。一概给予团结，委以重任。
龙谦几次跟司徒均、曹敏忠等人谈起对第二师的担心。其中就有对蓝心治独领一军的担忧。但彼时别无他策了。不过，蓝心治在平定西南的过程中打消了龙谦的疑虑，这是他出任西南军区司令官的主要因素。
跟蒙山军高层预料的一样，南方军夺取长沙后，云南终于乱了。七十四标统罗佩金、二营管带刘存厚、一营管带唐继尧，七十三标三营管带李鸿祥，炮十九标管带刘云峰等利用蒙山军的声势发动了昆明事变，杀死了十九镇统制官，夺取了昆明城，云贵总督等满清高官乘乱逃走，云南成立了军政府，罗佩金为都督，云南脱离满清宣告独立。
按说云南起义后应当在政治上表态站队的，支持同盟会还是蒙山军？必须做出明确的选择。但奇怪的是云南军政府一直没有这样做，令蒙山军总部十分的不解。当时龙谦生病，王之峰自作主张派员携了伪造龙谦签名的信函到昆明，转交都督罗佩金，希望云南加入蒙山军阵营。王之峰这样做是征求了司徒均意见的，司徒均当时被龙谦的病吓坏了，觉得这样做也无所谓，没什么后遗症。等情报处特使去了昆明听了昆明站的介绍，方晓得云南在独立后分成了两派，一派以罗佩金为首，坚决支持孙文的民党，这不奇怪，本来他们就是同盟会嘛。另一派以唐继尧、刘存厚为首，却认为蒙山军大势已成，决不能与蒙山军为敌。两派谁也说不服谁，越谈越僵，渐有火并之势。
这大概就是云南虽然独立，但却在政治态度上模棱两可的缘故。
于是，特使找上了刘存厚和唐继尧，给他们看了伪造龙谦签名的信函，表示既然罗佩金不识大体，蒙山军总部一定支持刘、唐二人，希望他们切实控制手里的军队，待蒙山军第二师逼近昆明时做策应，将来自然跑不了开国元勋的待遇。
刘存厚和唐继尧自然非常高兴。表示一定按照龙大帅的指示办事。这个时候，封国柱已经取得了汀泗战役的胜利，武昌指日可下。刘存厚及唐继尧正想怎么联络蒙山军呢。现在龙谦的人带来了他的亲笔信，自然让决定改换阵营的刘、唐等人十分欣喜。
待第二师进入云南，逼近昆明，唐继尧和刘存厚设计，以大敌当前，云南部队应精诚团结共度时艰为由，邀请罗佩金、刘云峰等人到唐继尧家里商议大局。罗佩金不虞有诈，不听刘云峰劝告欣然赴会，被扣。唐继尧本来是要杀掉罗佩金的，但刘存厚不忍，只是将人给扣了下来。于是忠于唐、刘的部队猝然发难，包围罗佩金、李鸿祥的部队，将其强行缴械。然后派出联络官，引导第二师第五旅进入了昆明城。
蒙山军不战而平定云南。整个事件蓝心治第二师没有战死一人，倒是云南部队死了十几个，李鸿祥在事件中被杀。
这是10月8日的事。消息传至北京已是次日了。刚妥善解决北洋军改编的龙谦闻报大喜，立即以蒙山军总部的名义