菜恩镇是富人区，遍布着昂贵的小时装店、咖啡馆和餐馆，看上去古雅而又宁静。邵子平家在天惠教堂街上，是栋白色的木头和石材混合结构的三层小楼。
邵子平将张纯如介绍给了妻子和孩子，还借给了张纯如一辆别克，这样张纯如每天就可以开车去耶鲁查资料了。
第二天早上，张纯如来到了耶鲁大学。她穿过图书馆，绕过圆形中央大厅，来到了档案馆。空荡荡的档案馆里，只有张纯如的脚步声在回响。突然间，张纯如停住了脚步，像是发现了什么似的。她扭头看向图书架子上整整齐齐的资料，随后迈步走了过去。
不知道怎么回事，这只是一个普通的镜头，但现场的观众却有一种宿命相逢的感觉。在场的华人和中国人的这种感觉更加强烈，他们知道张纯如在读了《魏特琳日记》后，便将魏特琳视为偶像，而最终她也像魏特琳那样选择了自杀。
张纯如站在图书架子前，抽出了一本厚厚的资料，然后缓缓打开。张纯如翻书的动作很慢，仿佛手里的资料有千钧重。在场所有人都知道这即将打开的不是一本书，而是一段沉重的历史。
就在张纯如翻开日记的瞬间，镜头切换，艾米-亚当斯扮演的魏特琳出现在镜头中。她坐在桌前，不断敲击着打字机。与此同时，魏特琳的声音响起：“11月21日，星期天。昨晚，玛丽-特威纳姆大约在午夜把我们送回来。我永远也不会忘记这一经历。我们发现伤员们一群一群地聚集在火车站的各个地方，也许有200人，但我不能肯定……”
镜头切换，拉贝同样坐在打字去前，敲击着键盘：“我想要一个汽车特别通行证，以便在第二次警报拉响后……”
就在此时，此时呜呜的防空警报响起。拉贝写日记的时候是晚上，房间里还亮着灯。不过镜头切到空中时，却是碧空万里的大白天。此时苏联援华抗日航空志愿队六架战斗机正与日军六架战斗机展开激战，这也是苏联志愿空军抵达中国后的第一战。
斯科塞斯突然笑了起来，这部电影有三条主线，三个主角，而这个三个主角又并不在相同的时空里，电影会在三个人物之间不断的切换，如何平稳的转场，如何流畅的叙事，对任何一个导演来说都会是一个考验。
镜头切到拉贝别墅，拉贝站在窗口，拿着望远镜观看空中的战况。镜头切到空中，双方的激战还在继续。镜头切到金女大，魏特琳也正仰头观看天空的激战，而旁边的程瑞芳则对着日军飞机不住咒骂。镜头切回到空中，一架苏军的伊16战斗机起火坠落，很快一架日军的九六战斗机冒着黑烟坠毁在南面，随后日军飞机撤退。
镜头切回到拉贝别墅，拉贝穿上大衣，让秘书韩湘琳准备车。韩湘琳提醒道：“拉贝先生，现在太危险了。”拉贝坚持道：“今天要讨论成立安全区的事，我必须去。”韩湘琳马上道：“好的，我马上去准备。”
汽车开进金陵大学，拉贝和韩湘琳从车上下来，迈步向校董会议厅走去。房间里已经坐着十多个外国人了，他们见到拉贝进来，便纷纷跟他打招呼。很快，椭圆形的办公桌周围了人，有美国人、英国人、丹麦人，也有德国人。
金陵大学校董会董事长杭立武站起来，用流利的英语道：“今天，我们聚集在这里，是征询各位的意见，能否充当南京市民的保护人？目前的局势诸位都很清楚，南京陷落已不可避免，魔都的雅坎诺神父已为我们作出了榜样。”他扬扬手中的报纸，接着道：“我们能否仿照魔都的经验，成立一个安全区呢？”
这个建议很快获得了一致通过，他们决定仿照魔都难民区的先例，成立一个国际救济机构。他们给这一组织起了一个全球性的名称——南京安全区国际委员会，希望在最危急的时候，让难民有一个躲避的场所能避免日军的轰炸和炮击。
在讨论委员会成员时，有人推举拉贝出任国际委员会主席，并得到了大家一致的赞同。拉贝连忙摆手，推迟道：“这个责任重大，我恐怕难以胜任如此重要的职位。”
现场众人纷纷劝道：“你是德国人，有望更好地同东瀛人打交道。”
“东瀛和德国是盟国，由你出面事情要好办些。”
“你在中国30年，有能力，有经验，完全能胜任这职务。”
“拉贝先生，你是再合适不过的主席人选。”杭立武也劝道，“马吉牧师正在筹备国际红十字会南京分会，他会紧密配合安全区国际委员会的工作的。”
拉贝没有再推迟，站起来，充满激情地道：“德国和东瀛是盟国，我作为德国人，与东瀛交涉，有一定的优势。我20多岁就来到了中国，我一生中最美好的青年时代都在这个国家偷快度过，我的儿孙都出生在这里，我的事业在这里得到了成功，我始终得到了中国人的厚待。我将竭尽全力，不负诸位的厚望。”他的演说，赢得了全体与会人员的热烈掌声。
换面切换，出现在镜头中的是一幅1937年的南京地图。在地图的中心出现了一个红色十字，随即一条红线以红十字为中心，沿着四周的街道游走，勾画出一个六边形，这就是南京安全区。界内共分设交通部大厦、五台山小学、汉中路小学等25个难民收容所。
在红线游走的同时，镜头叠化，安全区的四周屋顶插上了红十字会会旗，难民们向潮水般涌进安全区。随后地图消失