故事承接前作。
暗影大帝借助小樱的异化之躯，获得了难以想象的力量，妄图献祭霓虹大陆，成为“超越神”的存在。
最终被雄兵连打败！
小樱牺牲自己，保全了整个世界。
在电影最后的彩蛋环节中，一团碎肉被检测出生命反应，逐渐凝聚成心脏的模样。专家破解了“异化细胞”的奥秘，原来这是一种外星文明制造的“资源收集器”。
这一段彩蛋，也被观众视为“小樱复活”的预告。
毕竟黑猪叔叔说过，只要“凋零之花”手办卖得好，小樱绝对、绝对会复活！
孟叔叔从不骗人。
他答应的事，无论如何都会做到。凋零之花手办卖得这么火，小樱在《雄兵连Ⅱ》中复活，这是毫无悬念的事。
在本作中，破解完小樱体内的异化细胞后，专家们利用“培养皿”，打算人工繁殖出一只小樱。
计划进行得很顺利！
投入各种金属、矿石、放射性物质后，那团“心脏状碎肉”很快就繁殖为肉球，小樱复活有望！
可这时候，来自黔州天眼的一则消息，惊动了整个世界。
一艘神秘星舰，正以极快的速度逼近太阳系！
研究异化细胞的专家，被紧急抽调至别的项目。小樱的研究所，变得冷冷清清，没有任何一个人。
这时候，肉团破开了！
一只白嫩的小手伸出，身无片缕的银发小樱爬出肉团，隔着一层玻璃呆呆地望着眼前的一切。
她轻轻一点，玻璃炸裂。
小樱离开了！
没人知道她去了何处，现在是什么状态。陷入“外星人入侵”危机的地球高层，这时候也管不上小樱逃走了。
雄兵连再度集结。
为了应对“极有可能”发生的外星入侵事件，地球高层不仅召回了原有的战士，还从霓虹征召了“假面骑士”。
他们分别是1号、2号、v3、强人与亚马逊。不要问x怎么没来，神敬介这家伙档期排不开呀！
除了假面骑士外，本次新增的战士，还有获得“法界秘宝”，可以用魔法净化人心的魔力少女五人组。
一共增加了10名战士！
加上之前的四灵战士、铠甲勇士、小魔仙与超级战队。观众调侃的“雄兵连升级为雄兵营”，终于变成了现实。
下一作，估计是雄兵团了！
外星战舰逼近地球，所有人都很紧张。社会秩序一度崩坏，各个国家都发生了“打砸抢烧”的骚乱，俨然一副“末日降临”的场景。
漫无目的走在街上的小樱，成为了地痞流氓觊觎的目标。
“你认识我吗？”
“认识！当然认识！小妹妹你来我家，我给你看个大宝贝……”
像一张白纸的小樱，中了地痞流氓的圈套。不过流氓们明显没想到，这个少女的一巴掌，竟然能把人活活扇死。
“鬼啊！”
“救命，警察叔叔救我……”
轻松屠戮了三名人渣后，小樱走出房间，抬头看了眼天空。恰好帝皇侠带领五行铠甲们，骑着光影驹匆匆飞过。
“那个人……”
“不！小樱！”
看到帝皇侠，小樱脑中出现了曾经大战的场景。她痛苦地捂着头，不知所措。
外星战舰来了！
进入地月轨道后，人类联合体对这艘战舰，发出了最后通牒。
“请立刻停下！”
“如果你们继续前进，那将会引起两个文明间不死不休的战争。”
然而，对方始终没有回应。
人类政府，已经将其定性为“入侵”行为。令雄兵连即刻出击，决不能让外星战舰靠近地球，威胁人类自身的安全。
所有人都觉得，这是一场史诗大战。雄兵连或许会赢，或许会输，人类的命运不知走向何方……
万万没想到！
这艘战舰，竟然是假的！
准确来说，这艘战舰只是一个“海市蜃楼”般的投影，并不是实体。人类所想象的的入侵，并没有发生。
正当众人松了口气，打算各回各家时，接近大气层的战舰突然闪烁起来，变成了一张薄薄的“膜”，将地球包裹起来。
那张膜，好似一块屏幕。
上面是另一个世界！
那个世界与地球几乎相同，要说唯一不同的是，那个世界还处于不知年代的远古时期。
临多与古朗基一族混战，一方嗜杀如命，一方守护安宁。通过这层膜，两个世界互相眺望，古朗基一族率先越界，进入了现代地球作乱。
随后，临多战士前来援助。
他叫里克，一名对妹妹爱得深沉的死妹控。同时，他也是一名具有仁慈之心的战士。打败敌人后只会将其封印，而不是彻底杀死。
这个观念，引起了矛盾冲突。
古朗基作乱，残害了无辜百姓，雄兵连战士们想的是尽快消灭敌人，而不是采取仁慈的封印。
里克的做法，不得人心。
可他的实力很强，击败敌人就像吃饭喝水般轻松。为了解决古朗基一族带来的威胁，雄兵连还需借助他的力量。
这可不是长久之计！
人类高层召开会议，定下了“非我族类其心必异”的基调，对临多战士里克充满戒心。认为人类与临多迟早有一战。
里克这么强，而临多一族还不知道有多少个里克！若是双方爆发冲突，人类该怎么保全自己？
必须想个办法才行！
人类对里克与临多的忌惮，逐渐转化为对战力的渴