秦王府诸将领还准备将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府，程知节劝解李世民说：“罪孽都是两个元凶所犯，而他们已经伏诛了，倘若还要牵连他们的党羽，恐怕要天下大乱啊！”
于是李世民让诸将领停止了追杀。当天，李渊颁布诏书赦天下，叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽，一概不加追究。
接着李世民将李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等幼儿都被残忍杀害，还在宗室的名册上删除他们的名字。
原东宫和齐王府的女眷则全部没入宫中，后来成为李世民的后宫组成部分，其中较著名的是原来李元吉的妻子杨氏，李元吉死后被李世民纳为妾，但没有正式封号，宫中呼为“巢剌王妃”，是长孙皇后去世以后唯一一个生下子女的嫔妃。
7月5日，李渊立秦王李世民为皇太子，又颁布诏书：“从今天起，军队和国家的各项事务，无论大小，全部委托太子处理和决定，然后再报告给朕。”
同一天冯立和谢叔方都自动出来负罪。薛万彻躲起来以后，李世民多次让人明示他，于是他也出来了。李世民感慨地说：“这些人都能够忠于自己所事奉的人，是义士啊！”便赦免了他们。
7月10日，李渊政变功臣宇文士及为太子詹事，长孙无忌与杜如晦为左庶子，高士廉与房玄龄为右庶子，尉迟恭为左卫率，刘弘基为右卫率，秦王府旧臣虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为太子洗马，论及政变的功劳，以长孙无忌和尉迟恭为第一，分别赐绢一万匹。
李渊还特别嘉奖尉迟恭，慰劳他说：“爱卿对于国家来说有安定社稷的功劳。”于是把齐王国司的金银布帛器物全部赏赐给了尉迟恭。
7月31日，以秦王府护军刘弘基为左卫大将军，又以侯君集为右武卫大将军，尉迟恭为右武候大将军。
8月3日，以高士廉为侍中（相当于宰相），房玄龄为中书令（亦相当于宰相），萧瑀为左仆射（亦相当于宰相），长孙无忌为吏部尚书，杜如晦为兵部尚书。
8月4日，以宇文士及为中书令，封德彝为右仆射（亦相当于宰相）；又以前天策府兵曹参军杜淹为御史大夫，前任中书舍人颜师古、刘林甫为中书侍郎，左卫副率公孙武达为左卫将军，左虞候刘师立为骁卫将军，副护军薛万彻为右领军将军，右内副率张公谨为右武候将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率李客师为领左右军将军。至此，李世民集团成员和支持李世民的官员控制了国家的要害部门和职位，完全掌握了全国军政大权
太子李建成和齐王李元吉的余党流散逃亡到民间，虽然朝廷连续颁布赦免令，他们仍然感到内心不安，图谋侥幸获利的人争相告发捕捉他们，以此邀功请赏。谏议大夫王圭将这种情况告诉了太子世民。
8月7日，李世民颁布太子令：“六月四日玄武门之变以前与东宫和齐王府有牵连的人、六月十七日以前与李瑗谋反有牵连的人，一概不允许相互告发，对违反规定的人以诬告罪论处。”
朝廷派遣谏议大夫王圭安抚崤山以东地区，允许他见机行事。王圭来到磁州的时候，遇到州县枷送前任太子千牛李志安、齐王护军李思行前往京城。
王圭说：“我奉命出使的时候，对原来的东宫与齐王府的属官已经一概赦免，不予追究。现在又押送李思行等人，那么谁会不对赦令产生怀疑呢！虽然朝廷为此派遣了特使，又有谁会相信他呢！
我不能够因顾虑自身遭受嫌疑，便不为国家考虑。何况我既然被视为国中才能出众的人士而受到礼遇，怎敢不以国中才能出众人士的本色来报答太子呢！”于是，他将李志安等人一律释放。太子李世民得知此事后甚为高兴。
7月14日，李渊将亲笔诏书赐给裴寂等人说：“朕应当加上太上皇的尊号。”表达了自己要退位和内禅的想法。
7月27日，李渊撤销了太子李世民兼任的天策上将府邸，为李世民登基做准备。
8月3日，李渊颁布制书，将皇帝位传给太子李世民，自为太上皇，仍居于大内皇宫正殿——太极殿。李世民坚决推辞，高祖不许。
高祖颁布传位制书的第二天，即武德五年八月初九，太子李世民在东宫显德殿即皇帝位，是为唐太宗，并大赦天下，从此开始了他辉煌的皇帝生涯，在即位第二年正月初一改元贞观。
10月26日李世民下达诏书，追封已故太子皇兄李建成为息王，谥号为隐，是为息隐王；皇弟齐王李元吉为海陵郡王，谥号为剌，是为海陵剌王，以皇家丧礼重新安葬。
安葬那一天，李世民在宜秋门大哭一场，显得十分哀痛。谏议大夫王圭上表请求陪送李建成和李元吉灵车到安葬地。李世民答应了他的请求，并命令原东宫和齐王府的幕僚属官都去送葬。
“参见陛下！”程知节带着段志玄和秦琼等人对着刚刚下朝，有些疲惫，又有些兴奋地李世民躬身施礼。
“五哥，你太客气了。”李世民上前将他们扶住，道：“今日我才明白五哥为什么不做这个皇帝，朝堂上吵得乱哄哄的，真是累人。”
程知节心中暗暗腹诽，不过心