政治，从来都是不是从一而终的。一个帝国被外敌攻击，也许可以抗很长的时间，但内部的侵蚀，瓦解往往就是一瞬间。在商盟和德西克各自忙于自身事务的时候，动乱最初的发起地，圣何塞，也在经历着巨大的动荡，然后，渐渐趋于平静。
黑暗崛起的老巢一直就在京都城附近，组织的高阶魔法师除了部分宫廷魔法师之外，还有不少是属于各大地方贵族家族的。也许和京都城的大人物相比他们不算什么，但是在各自的郡省，这些家族的能量还是不小的。黑暗崛起做了多年准备，他们对军届、政届做了大量的渗透工作。
当然这些肯定是不够的。在京都城动乱开始的初期，京都城内的平民反抗是被温德尔将军带来的西部边防军强行镇压的。边防军士兵将城内仅有的近卫军、学生兵屠戮一空，尤其是那些学生兵，很多都是各大贵族家的子弟。一时之间京都城暴乱四起。
然而，黑暗崛起是一个魔法师组织，恐怖的魔法师让所有的平民在最初的混乱过后，不得不屈服于他们威胁。黑暗魔法师在京都城中，召唤出了四只巨大的元素怪兽，风火水土各一只。每一只元素怪兽身高都达到50度克，面目狰狞，稍有异动元素怪兽就会发出攻击。这些元素怪兽身上发出的无论是一束水还是一团火，都不是普通人可以抵挡的。
在魔法师和军队共同的镇压下，京都城经历了超过七天的时间的动乱，然后逐渐恢复了平息。虽然大多数人敢怒不敢言，但动乱总算是结束了。
在这场动乱中，流了太多的鲜血。
首先是莱因克尔和他的京都城守军。在大图书馆中，梅林最终还是没有放过这个皇室的坚定支持者，莱因克尔最终和他的近卫军士兵全部死在叛乱之中，近卫军的尸体被黑暗魔法师利用空间魔法，不知道传送去了那里。大部分只知道，一夜之间，那些白盔白甲的近卫军，就从京都城消失了，换成了穿着皮甲的边防军。
魔法师同样如雨后春笋般冒了出来。在以前，只有白色法袍的宫廷魔法师，他们大多数情况在红堡和大图书馆活动。但是现在，京都城的大街小巷，许多人开始身穿魔法师的黑色法袍，见面就是一套宫廷礼仪，以表明自己的魔法师身份。
许多反对黑暗崛起的贵族，被从家中拖出，集中关在了原近卫军的军营中。
“这些反对的人怎么办，总不能都杀光吧！”自从完成政变，梅林大魔导师总喜欢把自己关在红堡城最高的那座星辰塔中。在战争期间，梅林和贝宁皇帝，曾经在这见过一面，当时梅林从贝宁皇帝中，第一次看到了当年圣何塞皇室和宫廷魔法师的那纸盟约，也就是他现在手中的这张。
“盟约是盟约，一千年了，那时候适用的东西，现在可不一定适用。贝宁啊，你已经意识到了宫廷魔法师不可靠，可是，却还是希望依靠这样一张纸，即使，是被魔法永固过得纸。”
不过，梅林也是头疼，圣何塞的南方各郡省的接收并不顺利。按照黑暗崛起的计划，原本是要一切准备妥当之后，才会发动政变。但是德西克和圣何塞的战争走向一再改变，并没有完全按照最初的计划那样进行。梅林和黑暗崛起的其他高层们，也不得不根据形势调整了计划。
虽然京都城的夺权进行的相当顺利，但是南方各郡省一直都有一些抵抗的力量的。曼施坦因将军和他的数万名骑兵，是梅林最开始使用的那把“刀”。这些狼骑和游骑兵中，有许多贵族军官早已被黑暗崛起收买，而底层的士兵，也并不愿意再为德西克皇室继续战争。因此，这些人或被威逼、或被利诱，再或者原本就是黑暗崛起准备好的人。
在圣何塞的南方，各省守备军很多主力都已被调到北方库尔斯克战场，留在各郡省的私兵和残余的守备军，根本就不是德西克骑兵的对手。当然，许多郡省的军官、地方官员，原本就是黑暗崛起提前沟通好、联络好的。一旦黑暗崛起在京都城的行动开始，这些组织的外围人员就要开始响应。
所谓的不顺利，主要是从南海郡开始的。
黑暗崛起通过收买、利诱、威逼等方式，暗地里掌握了许多力量。但是从大部分的地方官员来说，他们还是忠于圣何塞皇室的。梅林大魔导师威名远扬，他发动政变之后，圣何塞的皇室几乎被一网打尽，这些地方上的官员，刚一开始就被打蒙了。等他们回过神来的时候，竟然发现他们连效忠的对象都没有了。
这也是梅林计划的高明之处，射人先射马、擒贼先擒王，打掉了圣何塞皇室，地方上的人立刻就没有方向。所以，当德西克骑兵和黑暗崛起的人一扫而去时，各地官员纷纷投诚，金色书券旗纷纷被抛落在地，这个伟大的圣何塞帝国，居然在短短的时间内就此消失。
除了，南海郡的米港。
米港城是圣何塞皇家海军驻地，这里的海军士兵，一辈子都披着皇室的荣耀。在南方的战斗期间，一度损失惨重的圣何塞海军，从东部各郡省的守备军中挑选了大量后备士兵，补充进了队伍中。落荒而逃回京都城的威灵顿将军，也回到了海军统领的岗位上。在芭东海滩最后的决战中，皇家海军冲破德西克海军战船的包围，将近卫军骑兵送上了芭东海滩，为圣何塞的最终胜利做出了巨大贡献。
南方战事结束以后，威灵顿将军和他的皇家海军士兵一直待在米