光绪十二年，正在美国学习并和其他人合作建造潜艇的陈真在当时驻美公使张荫桓的邀请和劝说下，回到了阔别五年的祖国。而和他一起回来的，正是在美国和他共同研制、建造潜艇的爱尔兰人约翰.霍兰。
当时，约翰.霍兰已经和原本资助他进行潜艇研究的“芬尼亚社”分道扬镳。刚刚失去“芬尼亚社”的资助时，为了生存霍兰不得不暂时停下潜艇的研究，而到一家汽枪公司担任了描图员的工作。但这时候陈真来到了美国，并找到了他。在陈真的大力支持下，霍兰兴办了‘肛鱼潜艇公司’。之后，炮兵上尉扎林斯基也加入了进来，他们一起建造了潜艇“扎林斯基”号。
1886年，当“扎林斯基”号建成下水时，却因滑道倒塌而全艇被毁。此时的‘肛鱼潜艇公司’已经濒临破产边缘，这时候张荫桓找到了陈真。正好快要走投无路的陈真得到了来自祖国的支持，于是义无反顾的决定回国，而当时没有任何经济来源的约翰.霍兰也就跟了过来。
回到国内的陈真和霍兰得到了清政府的大力支持，朝廷专门在颐和园设立了实验室，对这两个人可以说是有求必应。三年后，这个实验室又加入了一些新人，其中就包括在国内被上司排挤的西班牙海军上尉内马尔.艾萨克伯尔。然而科学研究并非一帆风顺，虽然三人全身心的投入到潜艇的研究中，却并没有收到应有的效果。究其原因，关键的环节卡在了两个方面。
第一是潜艇的动力问题。没有合适的动力，潜艇的续航时间，尤其是潜航时间就会变得极短，而在战争中一次潜航个几十海里根本是毫无作用。可是不考虑潜航的话，那么所谓的潜水艇还有价值么？
第二个瓶颈是攻击手段。当今世界，能够使用的攻击手段无外乎三种：火炮、鱼雷、水雷。火炮不用说了，任何一艘炮艇都比潜艇做得更好；鱼雷方面则受制于鱼雷的水平控制能力和射程，也无法使用；剩下的就只有水雷了。
通过潜艇秘密布雷的确是一个比较好的封锁敌人港口的手段，可是这样一来又绕回去了——没有续航能力和潜航能力的潜艇，怎么去敌方的军港布雷？
但是这一切在光绪十六年开始发生了变化。
这一年，一个来自美国的年轻人尝试用热动力发动机来驱动鱼雷，同时在鱼雷中安装了一种方位角陀螺仪来控制鱼雷——即在鱼雷轴的平衡环中内置一个直径3英寸、重1.75磅的轮子。鱼雷发射前转速2400转／分，确保鱼雷发射后在一条直线上，但不影响鱼雷速度。
随着这两项技术的采用，自光绪十七年开始大清的鱼雷技术取得了飞跃式的进展。有了更加丰富的攻击手段，潜艇的价值将更加明显。随后，陈真和他的团队推出了一艘新型的潜艇。
这艘潜艇排水量二百六十吨，使用汽油机和充电电池两种动力。在水面航行时，汽油机可以提供一千海里的续航时间，这比之前的潜艇的续航能力提升了许多，而在水下航行时的续航时间仍然不尽如人意，只有五十海里。不过即使这样，装备了新型攻击鱼雷的潜艇也不失为一种新的海战利器了。
不过这一点点成就可无法打动光绪皇帝的心。之后，中日战争爆发，清廷将所有的精力都放在了战争上，潜艇因为无法在短时间内形成战斗力而被停止研究，将剩余的制造能力全部用来生产鱼雷。
战争结束后，载湉重启潜艇项目，并将潜艇的试验基地挪到了青岛。光绪二十一年，青岛船厂一号车间再次迎来了一个对潜艇的发展至关重要的人物：尼古拉.特斯拉。
英雄的遭遇似乎总是惊人的相似，都是倒在了‘钱’这个坎儿上。所谓一文钱难倒英雄汉。当时，已经颇有身份地位的特斯拉因为和世界上首屈一指的大发明家、大企业家爱迪生进行‘直流电’、‘交流电’的竞争而被爱迪生打压的债台高筑，甚至还连累到了自己的朋友也濒临破产。为了挽救朋友，也是挽救自己，特斯拉无奈之下接受了载泽的条件，来中国为大清服务五年。
特斯拉的到来立刻解决了蓄电池的问题——人家本身就是玩儿电出身的。之后，在特斯拉的建议下，又将不稳定的汽油机换成了较为稳定的柴油机，即使用柴油机配合电动马达作为潜艇的动力来源。。光绪二十二年，他们造出了第二艘实验性潜艇——刺客二号。
刺客二号获得了空前的成功，其水面续航能力在八海里的平均时速下能到四百多海里，而如果航速下降到四节，则能达到一千五百海里。水下的续航能力如果是四节的航速，可以持续航行二百海里，而且重新通风给蓄电池充电后，还能再次潜航。
刺客二号让载湉真正看到了自己心中的潜艇的模样，于是御笔一挥——开工！
现在停泊在一号车间里的就是即将量产的第一批潜艇的第一艘，‘朱亥’号。
因为潜艇的研制人员多为洋人，因此为迎合‘上位者好’，大家推举中国潜艇第一人陈真来为载湉讲解这艘潜艇。“这艘潜艇采用了西蒙莱克的思路，使用双层艇壳设计，排水量三百六十吨。柴-电双重动力推进，装备三具鱼雷发射管，鱼雷经过特斯拉先生的改进后，射程增加到两千两百米，备弹六枚。也可携带十二枚水雷。另外，艇上根据您的吩咐，并没有安装火炮，仅安装了一门二十五毫米的‘砰砰炮’和一挺马克沁机枪