因为迟迟得不到英国国内的答复，5月12日，奕?奏请光绪，电告李鸿章，要求派遣北洋水师及外交人员赴巨文岛向英军舰队提起抗议。16日，丁汝昌及朝鲜的严世永、穆麟德抵达巨文岛。
面对丁汝昌和朝鲜代表的质问，英军分舰队司令、“飞鱼”号舰长麦杰伊坦然的道：“因本国政府探闻俄国欲占此岛，现英于俄有失和之机，故我舰队奉命先来暂守此岛，以资保护。如果贵国有什么异议，可以去日本长崎找皇家海军远东舰队司令官陶威尔先生去说，本人无权做出任何答复。”
无奈之下，严世永和穆麟德只得又乘清舰前赴长崎，找陶威尔抗议。
巨文岛问题虽然李鸿章一直也在参与，但主要是协助奕?在处理，现在真正让他挠头的，是和法国人之间的谈判。
中、法之间的和谈已经进行了好几轮，对于撤军问题和在越南势力范围的划分问题，双方基本上已经达成了一致意见，甚至在之后的通商问题上，也有了眉目。
但卡壳就卡在对马尾船厂的赔偿上面。按照载湉之前的指示，清廷因为马尾船厂是法军炸毁的，坚持要求法国人赔偿；而法国则认为，既然双方处在交战状态，那么因此造成的任何战争损失都是必然会发生的，如今双方的和谈是建立在平等的基础上的，那么双方就都不应该再有战争赔偿的诉求。
5月18日，李鸿章和法方代表巴德诺再次就马尾船厂的赔偿问题展开会谈。
“李大人，关于赔偿问题，我想我已经说的很清楚了。我国政府不会接受任何的赔偿要求，法兰西宁可回到战场上，投入一千万金法郎，也不会为马尾船厂支付一块钱。”
面对坚定的巴德诺，李鸿章据理力争，“马尾船厂当时并没有直接介入战争，而是在马尾海战结束后，法军单纯为了泄愤而被轰炸。我国并没有要求任何涉及战争方面的赔偿，但是在战争之外的毁坏，根据国际公法，法方理应做出补偿！”
面对李鸿章的指控，巴德诺的脑袋摇得像拨浪鼓。“李中堂，难道马尾船厂不能建造军舰么？难道贵国水师的舰船不是出自那里么？马尾船厂既然能够制造炮舰，自然算作军事设施，不管在当时有没有直接参战，都将对战争产生直接的影响，那么被法军列入攻击范围理所当然。这怎么能说是战争之外的毁坏呢？”
巴德诺的反驳正好打在李鸿章的腰眼儿上，他叹了一口气，只得抛出底线。“好吧，不如这样，巴德诺先生，为了贵我两国的和平，为了能够尽快彻底的终止这场本不应该发生的战争，我看我们双方可以各退一步。我国政府可以同意不把重建船厂列入条约，并且可以拿出一百五十万两白银作为新建船厂的费用，而剩下的，则有贵国政府承担。你看如何？”
法国人虽然没吃过猪肉，但有日意格这个自始自终参与马尾船厂的内应在，猪跑还是见过的，这点儿银子还不到当初马尾船厂建设耗资的一半儿，所以自然不会接受清廷的这一条件。
“不不不，李中堂，你的这个建议并不合理。要不这样，出于我们之间的友谊，我国政府可以协助你们重建船厂，但这并不是作为战争赔偿的一部分，只能作为‘友情支援’来办理。而且建厂费用必须由贵国来承担，我们可以向你们提供所需的技术和设备。你看如何？”
谈判再度僵持。
当天晚上，前来拜会的盛宣怀看着愁眉不展的李鸿章，眼睛一转，突然提出：“中堂，既然法国人以利益为先，不如让学生和巴德诺谈谈。”
李鸿章大喜：“哦？杏荪有何妙策？”
盛宣怀道：“中堂，这次皇上不是许了兴办船厂、铁路和钢厂么，学生可以以此为诱饵，不愁法国人不上钩。”
李鸿章想了想，顿时击掌道：“妙！不过杏荪，为了以防万一，老夫不能以正式身份将你引入谈判，你可以私下里去找巴德诺，可好？”
盛宣怀知道李鸿章是顾虑朝中清流、翁同龢那一帮人，怕由此引来口诛笔伐，于是坦然道：“无妨，只要老师从中牵线即可。”
次日，盛宣怀拿着李鸿章的名帖来到法国天津总领事馆，拜见巴德诺。
寒暄过后，盛宣怀道明来意：“特使先生，本官此次前来，是有一桩生意，想要和贵国洽谈一二。”
巴德诺愣了！
大清朝的官员我见得不多，你可别蒙我……
“生意？”
巴德诺的表情盛宣怀看在眼里，任谁冷不丁儿的听这么一出，也得是这表情。
“呵呵……没关系，本官也知道贵使有些疑惑。无妨，待本官详细道来。”盛宣怀一挽袖子，这就要唱……
开个玩笑，这就开始解释——
“贵使自来我大清，可曾发现一个问题？”
巴德诺如坠五里雾中，“什么问题？”
盛宣怀道：“想我大清南北相距万里，却没有一条铁路，这在欧罗巴洲，可有先例？”
巴德诺心中冷笑，这是因为你中国落后，所以才没有铁路。
不管巴德诺心中怎么想的，盛宣怀继续道：“我朝皇帝陛下有感于南北交通不便，于是颁下旨意，决意修建铁路。然而我朝并无任何工厂可以冶炼铺设铁路之铁轨，不得已，只能重新采购，恰好贵使代表法兰西国前来，我知道法兰西乃是欧罗巴强国，设备先进，工艺优良，所以特来询问一下，贵国可能愿意出售铁轨给我国？