此外，宇文明还设了一个参谋部，算是自己的军事幕僚机构，由大隋的前兵部侍郎斛斯政任参军，主要任务是协调骑兵、步兵和水师之间的配合，以及制订作战计划、装备供给发放及新兵招募分配等。
这样一来，这个参谋部的权力实际上是相当大的，没有参谋部首肯，各军要想单独作战很难。这也是宇文明结合后世的军队管理模式，既能避免军队将领自立的情形，又能避免以文制武，导致军队战斗力下降的情况发生。
在辽东行营元帅部下面，宇文明还设立了三个独立的机构，那就是财政部、锦衣卫和羽林军。
财政部除了制订预算外，还负有招商引资，发展辽东经济的责任，这个部长职位自然责无旁贷地落到了长孙无垢头上，因为在宇文明身边的确没有人比她更合适了。她是长孙家的世家千金，颇有商业头脑，而且对于统筹安排颇有心得。
她又是宇文明的正妻，在宇文明看来，老婆管钱也是顺理成章之事。
同时，宇文明要求长孙无垢尽可能地满足工匠们在研究武器装备时，对于金钱和物资的要求。他打算以后随着人才的不断发掘，还要设立除造船厂和武器研究所之外，其他和科技有关的研制机构，推动技术上的进步。
而锦衣卫则作了更明确的分工，指挥使仍然由红袖担任，内部又细分为三个部门，一个是安全司，主要防止敌人渗透，以及调查内部可能出现的叛变及不稳定情况的。
另一个则是对外情报司，主要收集大隋各地、突厥、吐蕃、大食、日本、南洋诸国的情报。这也是锦衣卫中人最多的一个部门。
而最后一个则是狙杀司，专司暗杀，在需要的时候，会对一些威胁极大的敌人实施定点清除。
羽林军则是直属宇文明管理的亲军，统领是郭子逸。它的主要任务是保护宇文明及其军队、地方各级将领的人生安全，以及元帅府的保卫工作。用现在的话说，它们就相当于是警卫营，或者是缩小了的御林军。
宇文明让郭子逸担任羽林军统领，也是无可奈何的选择。郭子逸这个人对他忠心耿耿，是他还在当伙长时就一起生死与共的兄弟。按理说早就应该提拔他担任八军主将之类的职务的。
但偏偏郭子逸脑子一根筋，打起仗来是不要命，在智谋上却连程咬金都不如。所以他只能当一员勇将，却难以独当一面作主帅。
在经过一番衡量之后，宇文明便只得让郭子逸担任自己的亲军统领，这样一举双得。既给了老兄弟一个地位较高的职务，又解决了自己和行营的安全保卫工作。
至于新归附自己的房玄龄和房玄藻兄弟，宇文明则让他们分别任了平壤郡和扶余郡的郡守，以发挥他们擅长处理内政的能力。待他们在地方上干出一些成绩后，再行提拔。
当所有的官职公布出来后，众人皆是精神大振，特别是那些原先是低级军官，甚至是平民的人，一下子成了朝廷官员了，都不禁喜不自胜。
当然，也有不少人对这份名单有些非议，不为别的，主要就是对于宇文明的三位夫人在辽东行营中也担任如此重要的职务有些不满。这些人大多是些思想保守的文人和百姓，认为女人不能做官。
不少人还专门为此到宇文明的元帅府前跪拜哭诉，列举了许多后宫干政误国的例子，希望宇文明不要重蹈覆辙。当宇文明听到这些人将长孙无垢、李秀宁和红袖与妲己、吕后等相提并论时，不禁哭笑不得。但偏偏这些人还情真意切，性情执着，他劝了半天都无法说服他们。
如果仅仅因为这些人的哭诉，就让辽东行营的任命收回来，岂不让自己的决定形同儿戏，可如果不答应，这些人又一直跪在府衙门前，让人看了也着实不象话。
后来，宇文明只好采用了长孙无忌提议的办法，称她们三人是代理的职务，真正的实权仍在自己手中，只是自己事务繁忙，让她们代为处理，一待找到合适人材，就会将她们免职。这样才算把这些顽固派打发走。
这事也给宇文明敲响了警钟，他不过是任命自己老婆当官员，就有这么多人反对，且还不是对她们能力的质疑，仅仅是一个性别因素，就如此反对。今后自己如果想推行什么重大改革，那反对的浪潮还不知道如何大呢。
想到这里，宇文明觉得进行全民教育的事情刻不容缓了。只是他身边却着实没有教员，虽然百姓中亦有不少文人，但这些人就是刚刚哭诉请愿的主力，宇文明如何敢让这些人来教育百姓。
最后还是红袖给他出了个主意，先从军队教起，军中的士兵往往只认武力和战功，不认性别，不然红袖也不会让那么多士兵服她了。
而这些士兵相对来说，思想要进步一些，能接受男女平等的思想。不过他们大多都不识字，需要先教导他们认字。
于是，宇文明便决定设立辽东军校，让那些文人来教军中士兵识字。不过他也规定了，只能教士兵们认字，什么诗经、论语，四书五经一概不能教。
宇文明给出的理由是步军士兵要经常训练行军布阵，水师官兵则要出海演习，那些四书五经只有以后等他们识字识得差不多了才能慢慢学习。
当然，宇文明已经打定主意，等士兵们一旦识字了，就将这些文人一脚踢开，改由自己和尉迟敬德、秦琼、斛斯政来教育士兵。
现在辽东地位最高的就是军队